其实，在论点的层层分解过程中，论文的逻辑结构已经形成。行文的结构，都是按照这个逻辑结构组织和布局的。
在论文的写作中，IMRD ( Introduction-Method-Results-Discussion)模式是最常见的结构型式，即“引言-方法-结果-讨论”。在IMRD框架上，不同的学科会有一定的变化。如自然科学的论文，除了IMRD结构，还会包含模型建立、算法等部分。这个在各学科推荐的论文格式中一般都有体现。
一、结构样式（序论-本论-结论）
由于研究对象、论文内容、写作角度不同，论文的具体结构也多种多样。但总体上，论文的结构有它的基本构型，即根据人们的思维习惯，按照“提出问题一分析问题一解决问题”的思路来写，即通常所说的三段式:序论-本论-结论。这个思路与IMRD模式是一致的。
1.序论
序论是学术论文提出问题的部分。作者应在这一部分说明为什么要研究这个问题，解释或说明研究、讨论这一问题的意义等。
序论的具体写法有如下几种:说明选题的背景、缘由、意义以及研究目的;提出问题，引起读者思考，引|发作者对此问题的结论;阐释此文涉及的基本概念;开宗明义，提出自己的观点和对问题的基本看法;关于此问题研究历史的回顾，本人将有哪些补充或发展;引述谬论，树立批驳的靶子，等等。
序论是学术论文的开头部分，要写得简明扼要，文字不宜过长，要写得精当。
写好序论的关键是要善于提出问题。只有问题提得好，才能进入分析问题、解决问题的阶段，顺利进入本论。作者应站在时代的高度，选择新的角度，采用新的方法，力争有新的发现和新的突破。
2.本论
本论是一篇论文的主体部分，也是论文的核心，作者的观点和研究成果、研究方法、研究过程，都集中体现在这一部分。 如果一篇论文序论部分写得很好，但本论写得很单薄，论证不充分，那么这篇论文也是没有价值的。
本论部分是直接使用材料证明论点的部分。论点是论文的灵魂，材料是论文的血肉，内在的逻辑关系是论文的筋骨。好的论文，其灵魂和血肉是水乳交融的。论点统帅材料，材料说明论点，论证细密周延、富有逻辑性、层次性，才能使论文的主旨显豁、突出。
本论部分一般占全文的4/5左右，因其篇幅长，所以在层次安排上有并列式、递进式、综合式等多种方法。
3.结论
结论是论文的结束部分，内容与序论相关，但绝不是序论的重复。
它围绕本论作出结论，是对本论部分的强调和对论文要旨简明扼要的提示，也是对全文的综合与概括、总结与提高。
结论部分可以包括这样一些内容: 作者对所研究课题的结论性看法;指明进一步研究的方向;对课题研究中尚未解决的问题的预想;对本篇论文写作过程中给予帮助的人的感谢，等等。结论部分要简洁有力，真正起到收束全文的作用。
以上是学术论文的基本型式，但不是一成不变的，写作中可以根据具体内容合理安排论文的结构，称为变式。例如，有的大型学术论文，在这个三段式基础上发展为四段式、五段式、六段式等:
四段式:序论-研究过程-本论-结论;五段式:序论-研究过程-论证-列举-结论;六段式:序论-研究过程-论证-分论-辩驳-结论。
学术论文正文结构的变式有以下几种:
①总论分述式，即先提出总论点，然后分别从几个方面去论证，分述部分都是为说明总论点而设立的。
②先分述后总论，论文分几个层次进行分析论证，共同说明总论点，最后归纳得出结论。
③推进式，各层次之间层层推进、步步深入，是一种从现象到本质、由浅入深的论述结构。
④散述式，论文前面没有总题，后边也没有结论，结论在每个层次的论述中得出，边述边结。王充《订鬼》一文的论述过程就是一个典型的总论分述式。
[总论:鬼是病人思念存想的幻觉]
凡天地之间，有鬼，非人死精神为之也，皆人思念存想之所致也。
[分论1:病人畏惧存想则见鬼]
致之何由?由于疾病。人病则忧惧，忧惧见鬼出。凡人不病则不畏惧。故得病寝衽，畏惧鬼至;畏惧则存想，存想则目虚见。
[分论2:病人见鬼正如伯乐见马庖丁见牛]何以效之?传日: "伯乐学相马，顾玩所见无非马者。宋之庖丁学解牛，三年不见生牛，所见皆死牛也。”二者用精至矣。思念存想，自见异物也。人病见鬼，犹伯乐之见马，庖丁之见牛也。
[分论3:病人身痛见鬼击鬼怒]
伯乐、庖丁所见非马与牛，则亦知夫病者所见非鬼也。病者困剧,身体痛，则谓鬼持筚杖殴击之，若见鬼把椎锁绳绎，立守其旁。病痛恐惧，妄见之也。初疾畏惊，见鬼之来;疾困恐死，见鬼之怒;身自疾痛，见鬼之击;皆存想虚致，未必有其实也。
[分论4:病人见鬼正如做梦一般]
夫精念存想，或泄于目，或泄于口，或泄于耳。泄于目，目见其形;泄于耳，耳闻其声;泄于口，口言其事。昼日则鬼见，暮卧则梦闻。独卧空室之中，若有所畏惧，则梦见夫人据案其身哭矣。觉见卧闻，俱用精神;畏惧存想，同一实也。
二、论文的层次安排（并列式、递进式、综合式）
本论部分是学术论文的主体，作者对问题的分析、对论点的证明，以及严谨的理论推导和缜密的逻辑分析，都在这一部分完成。 因此，本论部分着重体现了论文的整体质量、水平、价值，应该弓|起足够的重视。
本论部分在一篇学术论文中所占比例超过4/5， 不是一个自然段或几个自然段就能够完成的。因此，在安排层次和段落时，必须遵循一些方法。
参考本节第一部分 总论点和分论点之间的逻辑关系，本论部分的层次安排有以下几种方法。
1.并列式
各个分论点并行排列，没有明显的主次先后之分，各分论点从不同角度、不同侧面展开论述，分别说明总论点，称为并列式结构。其特点是，行文自然，条理清晰，能比较充分地揭示事物的全貌。例如，《青少年犯罪的原因及对策》一文的本论部分是这样安排的:
(一)当前青少年犯罪的特点
①.青少年犯罪的总体数字情况;
②.青少年犯罪从犯罪主体看有如下特点: (1) (2) (3)(略) ;
③.青少年犯罪从犯罪形式看有如下特点: (1) (2) (3) (略)
④.从作案手段看，越来越狡猾，趋向智能化、技术化。
(二)当前青少年犯罪的原因
①.社会原因: (1) (2) (3) (4) (5) (略) ;
②.个体原因: (1) (2) (略)
(三)青少年犯罪的对策
①.领导重视，作为大事来抓;
②.制定法律法规;
③.加强思想教育，铲除腐败。
这篇文章无论是说明总论点的分论点，还是支持分论点的小论点，都呈并行排列的态势，层次段落之间是并列的关系，共同说明总论点。
2.递进式
按照人们由浅入深、由表及里、由现象到本质的认识规律来安排层次，层次与层次之间呈现层层展开、步步深入的关系，称为递进式结构。这种结构中，上一层次是下一层次内容的基础，下一层次是.上一层次内容的深化与发展。没有上一层次，下一层次就无法展开。例如，《GIS技术在数字城市建设中应用》一文，首先论述了GIS技术是怎样产生的，接着阐述GIS技术在数字城市建设中的具体内容及发展情况，最后介绍GIS技术在数字城市建设中存在的问题。文章环环相扣，没有上一个层次的论述，就无法展开下一个层次，如同剥笋一样，层层剥开直到笋心。
3.综合式
综合式结构是并列式和递进式两种结构相结合的一种结构型式。
学术论文篇幅一般都很长，单纯使用并列式或单纯使用递进式都不足以安排层次内容，因而更多地采用两种型式相结合的办法。综合式结构通常以一种结构型式为主，来安排大的层次;以另一种结构型式来安排小的层次。例如，从全篇论文的结构上看是并列结构，但在并列结构中的某个小层面上又是递进结构;或者全篇论文结构是递进结构，而在某个递进的小层面上又是并列结构;或者并列、递进交错使用，交互排列，等等。这里不再一例举。
三、论文的段落写作（把握各段段旨，突出段旨安排材料）
论文写作时，为把问题论述得全面透彻，还应把段落安排好、写好。
不同于常说的自然段，论文结构上的段落可以由若干个语言上的自然段组成。段落是作者从写作意图出发，按照一定的结构顺序对一个独立思想内容的表达。段落是构成论文的最小单位，一个一个段落组成层次，一个一个层次组成论文。论文写作时，不光要有篇的观念，还要有层次和段落的观念。
从结构上看，学术论文是一个逻辑构成，由一个总论点和若干论据通过论证而组成，而论文的每一个分论点也是由若干个论据和论证方法组成的。这就是说，学术论文从全篇行文结构看，具有鲜明的论点、论据和论证过程;而从局部看，又由一个个小论点及其论据和论证方法组成。所以，论文的每段落，一般都应具有论点、论据、论证三个要素。也就是说，每一个结构段落,都是一个相对统一的整体，具有逻辑上的完整性。
因此，作者在写作论文时，要注意每一段落都应有一个相对完整的中心意思。段的中心意思就是段旨，即这一段的论点。全段都是围绕段旨展开，并为阐述段旨服务的。段旨通常安排在段首，也有的安排在段中或段尾的，取决于段落的论证方式和需要。这种构段方式，不仅使一个意思在这个段落中集中表达得清楚、完整，有利于阅读理解，也可以更好地把握论文的要点。
段旨在论文写作中十分重要。只有把握论文的各段段旨，为突出段旨安排材料，论文才会层次清楚、段落分明，共同为论述总论点服务。
四、论文结构方面常见的问题（初学者容易出现的问题）
论文的结构基本上是按照“序论-本论-结论” 安排的，遵循这种三段式结构，论文则结构合理、层次清晰，论证逻辑性强，观点阐发有力。但是，由于论文篇幅较长，初学者不易驾驭，容易出现一些问题。
1、结构不完整。论文缺少某一重要部分，或缺少序论，或缺少结论，使文章不能构成完美的统一体。
2、结构不平衡。根据序论、本论、结论三者的关系，一般来讲，一篇文章本论要占4/5以 上，序论、结论比重少于1/5，这样才会结构均衡。有些论文或是序论过于冗长，或是本论过于简短，使得论文主次不分、详略不当，结构布局不合理、不平衡。
3、层次混乱，缺乏条理。作者在安排层次时，对材料的性质把握不准，本该放在前面说的放在了后面，本该放在后面说的又放在了前面;有的内容前面说了，到后面仍然还说，前后重复;还有的论文分段太长，读起来十分费力。导致层次混乱的原因，主要是作者心中缺乏总体布局，写作中信马由缰。如果写作前有一个详细的提纲，写作中又严格按照提纲去写，就不会出现层次混乱的问题了。
4、论证方法单调。很多人都按“现状-原因-对策”或“现状-问题-原因-对策”行文，行文刻板、单调，没有鲜活感，缺少论证的力度和说服力。要改变这种状况，作者应熟悉并掌握论文常见的结构方式。
