经济犯罪案件的侦查往往分为两步走：第一步是初查，第二步才是正式的侦查，这是由经济犯罪案件的特点决定的。[7]经济犯罪作为法定犯，认定起来需要一定的专业知识，所以必须首先进行初查，判明案件性质，决定是否立案，然后才对立案的案件进行正式侦查。虽然初查在其他刑事案件中也存在，但在经济犯罪案件侦查中更普遍、更重要。
（一）虚开增值税专用发票案件的初查虚开增值税专用发票犯罪的线索来源往往来自税务部门的移送，侦查机关在侦查其他案件中主动发现，有关人员、单位的举报，上级部门的交办等。对于这些线索，除了上级侦查机关交办的案件可以直接定性进行侦查之外，其他来源的线索都必须进行仔细初查，排除非犯罪案件，节省侦查成本。
1. 对于税务机关移送案件的初查。对于税务部门移送的案件，应作一般的程序性审查，首先问清楚移送单位对案件认定的结论和理由，其次根据移送的材料，审查其区分罪与非罪的依据，最后做出立案或者不立案的决定。
2. 对于侦查机关主动发现的案件的初查。侦查工作是一项综合性的工作，我们在侦查工作中强调深挖余罪，扩大战果，也是建立在侦查工作的这个特点上的。在侦查一个案件时，引出另外一个案件的线索，只要沿着该线索继续追查下去，往往会有收获。侦查中如果发现了新的关于虚开增值税专用发票的线索，必须沿着线索追查下去，锲而不舍，一旦发现存在犯罪事实，则立即立案，加大侦查投入。
3. 对于有关人员或者单位举报的案件的初查。对于此类来源的线索，审查应该更加仔细、谨慎。侦查机关一方面不了解举报者的动机、目的，另一方面不了解举报者的能力和水平。贸然立案，很有可能导致立案错误，将经济纠纷刑事化，轻则浪费侦查资源，重者损害政府公信力。甚至还有举报者借助举报的形式打压竞争对手、排挤同行，侦查机关有沦为工具的可能性。因此，对于这类线索来源，一定要问清被举报单位犯案的时间、犯罪的手段、犯罪数额等要素。与此同时，侦查机关还应该通过其他途径来核实线索材料的真实性，防止误判。
对于虚开增值税专用发票案件的初查，必须从立案与否这个中心环节以及与之相应的关键性问题着手。为了避免打草惊蛇，侦查机关在对被调查单位进行调查时，应当避免正面交锋，可以从侧面调查其办公地点场所、主营业务及相关信函传真、合同、银行存汇款转账记录、会计凭证报表账簿、纳税申报记录、增值税专用发票领购情况等有关信息资料，如以税务人员身份、工商管理人员身份等进行调查可能更为适宜。初查的目的在于定性，在经过初查核实以后，发现存在犯罪事实，必须及时立案侦查。
（二）虚开增值税专用发票案件的侦查措施
在认定发生虚开增值税专用发票犯罪并且属于本机关管辖之后，侦查机关应当进行立案侦查。侦查不同于初查，在这个阶段，侦查机关可以使用刑事诉讼法规定的各种强制侦查措施来保证侦查的顺利进行。对虚开增值税专用发票犯罪案件的侦查，应从以下几个方面展开：
1. 重点侦查购销环节。根据增值税专用发票所记载的内容，核实其票面记载的购销关系是否存在相应的业务往来，如果存在，那么实际业务往来与票面记载是否完全符合，进而发现、明确虚开的犯罪情况大致如何。此环节重点侦查的项目有：（1）核实购销合同及有关的凭证票据，看其是否与所开发票一致。（2）核实开票单位、受票单位的业务范围以及购货、销货、库存情况，通过与发票、账簿等进行比对，找出与其经营业务相矛盾的疑点。（3）沿着对增值税专用发票开票点往上下游环节进行仔细侦查，弄清楚其交易的真实情况，包括物流情况、现金流情况，核实其虚开的项目、数量、税额等要素。
2.清查有关账册、凭证、票据。通过对犯罪单位的账册、凭证、票据等进行审查，通过账证核对、账账核对、账实核对的方法发现犯罪事实和证据线索。[8]清查账册、凭证、票据的工作最好由具有财会、税务知识的侦查人员进行。如果缺乏此种人才，可以聘请有经验的税务、财会人员在侦查人员的监督下进行。清查账册、凭证、票据的目的在于发现犯罪单位虚开增值税专用发票的犯罪情况，侦查人员凭借其敏锐的侦查意识，更容易获取有用的信息。税务、财会人员应全面清查有关账册、凭证、票据，重点清查项目有与虚开增值税专用发票有关的货物收发、资金收付凭证和账册，查明犯罪单位是否存在相应的应税货物和劳务，以及该货物和劳务的购销、提供单位与发票所载明的开票单位是否一致，如果不一致，则需要进一步查明具体的差别，涉及的税额等。税务、财会人员进行查账时，侦查人员应与其密切配合，共同工作，防止遗漏某些对于侦查工作有重要意义的线索。同时，由于企业资金往来必须通过银行进行结算，银行对犯罪单位的资金往来留有记录。因此，侦查人员可以对犯罪单位的银行账户进行查询，获取银行的对账单收付款凭证底根，查明其资金的往来状况，从而获得其虚开增值税专用发票的证据。
3. 查明犯罪主体具体的犯罪手段。侦查机关在侦查办案的过程中，要重点查明犯罪行为人具体采取了哪些犯罪手段进行虚开增值税专用发票的犯罪活动。刑法中明文规定的”虚开“犯罪行为有四种：一是为他人虚开，二是为自己虚开，三是让他人为自己虚开，四是介绍他人虚开。侦查人员在具体案件侦查过程中，一定要仔细查明犯罪行为人具体的犯罪手法，是仅仅属于以上其中一种，还是各种手段交织运用。除了要查明犯罪主体所具体使用的行为方式，还要从整个犯罪层面把握犯罪主体所采用的犯罪手法，查清整个犯罪过程的来龙去脉。
4.采取有关措施，搜集犯罪证据。（1）在虚开增值税专用发票犯罪案件中，犯罪行为人需先到工商行政管理部门注册成立公司，到银行验资证明，然后到税务部门进行税务登记、领购增值税专用发票后才能实施犯罪。前期这一系列”合法“的准备活动必然会在工商部门、税务部门、开户银行等处留下大量可供检查的资料。侦查机关在办案中应对这些资料进行认真核对、搜集。（2）要注重搜集开票单位、受票单位的各种会计资料，包括会计凭证、账簿、报表等；搜集虚开的增值税专用发票、伪造的增值税专用发票、空白的增值税专用发票以及记载增值税专用发票使用情况的账册等；搜集交易双方签订的合同、出入库单据、各种银行票据等。（3）要及时对犯罪单位中有关的员工及其他知情人开展询问，获得证人证言。（4）取得银行的协助，及时对犯罪单位的银行账户进行冻结，防止犯罪行为人携款潜逃。
5.鉴定犯罪证据，认定犯罪事实。对于虚开增值税专用发票案件搜集的各种证据要进行仔细的司法鉴定，比如笔迹鉴定、发票真伪鉴定以及印章鉴定等。通过司法鉴定，可以更为准确地了解犯罪活动的发展路径，认定犯罪事实，使证据环环相扣，形成完整的证据链条。同时，侦查人员还能够根据完整的证据链和犯罪事实推测犯罪主体当时的心理活动，认定其主观罪过，有利于正确定罪量刑。
