三、完善存疑不起诉的建议
由于存疑不起诉制度存在着适用程序过于繁琐，一些立法规定不明确，被追诉人和被害人的权利保障不完善等弊端，导致我国存疑不起诉的适用率非常低，再次追诉缺乏必要的限制，对相关主体的权利缺乏保障，为了规范存疑不起诉的行使，提高其在实践当中的效用，更好地实现立法的预期目的，笔者认为可以从以下几个方面来完善我国的存疑不起诉制度。
（一）健全存疑不起诉决定机制
1.实行拟存疑案件分流制度
笔者认为检察委员会作为检察机关的最高集体决策机构，其职责主要应在于对全院工作的统筹和对有关事项的监督，以及对于确属疑难复杂，社会影响较大的案件的讨论。对于一般的刑事案件，这里指确属疑难复杂，社会影响较大以外的案件，在作出存疑不起诉决定时检察委员会不应该就案件过分的参与，而应该着眼于对于此类案件的监督。
③对于基层人民检察院而言，有必要由检察委员会决定的重大存疑案件应该是法定刑为我国刑法所规定的可能被判处 10 年以上有期徒刑的案件，这样规定一来对于一般的存疑案件承办人可以不经检察委员会讨论就作出存疑不起诉的决定，提高存疑不起诉的作出效率；二来可以节约司法资源，保证检察委员会就确属疑难复杂，社会影响较大的案件加以讨论。第三，有利于发挥检察委员会对承办人办理的一般存疑案件的监督。而且实践当中，一起案件的讨论检察委员会的判断主要取决于承办人对案件证据的重现，即承办人对于案件的汇报，这不仅有悖于直接全面裁决原则，④容易使承办人的意见左右检察委员会的思想，而且实践当中许多案件存在着证据不足的问题，也就是说需要作出存疑不起诉的案件是比较多的，虽然法律规定作出存疑不起诉的决定由检察长或者检察委员会作出，但是在法律实践当中绝大多数存疑不起诉的案件都提交到了检察委员会，从而使大量案件最终还是由检察委员会作出存疑不起诉的决定。⑤所以从案件可能判处的法定刑上对存疑不起诉决定权加以区分，不仅有利于提高诉讼效率，也更好的节约了诉讼资源，保障人权。
2.赋予承办人存疑不起诉决定权
那么一般的存疑案件应该由谁作出存疑不起诉的决定呢？笔者认为承办人是一起刑事案件在检察机关的具体经手人，对于证据不足经过补充侦查的案件，他更是从一开始就参与了公安机关对案件的侦破工作，所以由其作出存疑不起诉决定比较合理。因为案件的存疑，首先是承办人觉得对案件有疑问，所以才要求公安机关补充相关的证据，而且在作出补充相关证据的过程中由其主导制定补充侦查提纲，侦查机关的工作可谓是在其指引下进行的。也正是因为他对于案情和证据的情况比别人了解的更透彻，并能对案件发展过程中随时出现的新的情况给予一定的预期，所以才决定了他的地位不可忽视，他对案件的意见更应该引起足够的重视。而且随着对具体案件承办人负责制的落实，以及检察官责任终身制的实施，我们有理由相信承办人在工作中能够更好的发挥作用。所以对于一般的存疑案件在承办人认为案件的事实不清，证据不足的时候，应该由其果断地作出存疑不起的决定，减少诉讼浪费，节约司法资源，并使犯罪嫌疑人尽快地摆脱诉累。
（二）再起诉的限制
1.案件适用关于存疑不起诉案件的适用类型，相关的调研报告显示：存疑不起诉案件主要集中于伤害（特别是共同伤害）、盗窃、诈骗、抢劫、拐卖妇女、儿童等侵犯公民人身权、财产权的案件当中。据统计，这些案件约占存疑不起诉案件总数的80%.
⑥可见存疑不起诉在常见且多发的犯罪当中具有广阔的适用空间。作为人民检察院对经过补充侦查依然认为证据不足，不符合起诉条件，决定不将犯罪嫌疑人诉交人民法院审判的一种处理方式，它旨在对于事实不清，证据不足的案件的诉讼终止，避免侦查机关过分的干预甚至是侵犯公民的权利和自由。从本质上看，其针对的是事实不清，证据不足的案件，这就决定了对其适用范围不能作过多的限制，因为每一起案件都有可能存在证据不足的情况。但是对于已经作出了存疑不起诉决定的案件，决定再次对被追诉人进行追诉时则应该考虑案件的具体类型，根据案件的危害程度区别对待。
例如对于我国刑法规定的危害国家安全犯罪，危害公共安全犯罪和暴力恐怖犯罪，笔者认为应当再次追诉。理由如下：第一，通过上述的调研报告可知，此类案件在作出存疑不起诉案件当中所占的比重较小，即使再次追诉也不会造成大范围的对被追诉人的追诉。第二，此类案件的特征决定了应当再次追诉，理由有三个：首先，这类案件的社会危害性大，影响范围广，实施或者一旦实施将会给国家和人民造成严重的损失；其次，这类案件的犯罪分子主观恶性强，大多是基于故意的心态而实施犯罪的，他们对自己的行为和由此造成的严重后果是有认识的；最后，这类案件往往具有“集团性”,他们行为的实施往往是有组织有预谋的，案件不经过侦查机关严密的侦查取证是很难发现线索的，即使发现了线索也不容易收集证据，而且对侦查人员来说此类案件的侦查往往对其人身具有极大的危险性，即取证不易。对这类案件继续追诉不仅可以及时有效地打击犯罪，维护国家安全和社会稳定，而且与我国当前打压暴恐事件的刑事政策相适应，有利于应对国际分裂势力的侵扰，同时还可以最大程度的避免广大人民的人身和财产免受暴力侵害。所以，存疑不诉后对于严重犯罪案件应当再次追诉，对于其他案件则应作限制再次追诉处理，具体应当分情况决定是否追诉。
具体处理上笔者认为应建立存疑不诉案件“复审”机制。即检察机关对于作出的存疑不起诉案件，应当在及时复审之后作出明确处理。即对于危害国家安全案件，危害公共安全案件，暴力恐怖案件应当作“挂起”处理，其性质为应当再次追诉。但是“挂起”并不是毫无期限的，对其追诉应在合理的期限内实施，禁止无休止的对被追诉人进行追诉。笔者认为此时的期限应该根据刑法所规定的具体追诉时效作减半处理。比如根据已经查实的案件事实和证据，可能被判处 10 左右有期徒刑的案件，其“挂起”期限应为 5 年，从检察机关作出存疑不起诉决定宣布之日开始计算。而且应当注意，此时的挂起处理的期限并不是刑法所规定的犯罪的追诉期，公安侦查机关不可主动就案件的事实进行调查，对所缺失的证据进行收集。在此期限内司法机关对于新证据的来源只可依据消极的等待，不可积极主动的出击。即这个期间是司法机关等待新证据出现的期间，而不是主动调查证据的期间，它是有别于刑事诉讼当中的追诉时效的。
