对于其他案件则应该分情况作出处理。例如对于轻微刑事案件，检察机关确实认为没有必要再追诉的，例如小偷小摸行为、偶犯、未成年人犯罪等应该退回公安机关作销案处理。而且在作出这些决定时，检察机关应根据现有的证据材料并结合案件的特点考虑该案件所缺的证据是长期无法找到的证据还是可预期的证据。对于可预期的证据，暂不退回，对于证据确属长期无法取得或者证据可能已经灭失的案件，应当予以销案，检察机关不应该再追诉。笔者认为这样规定的合理性在于：第一，对于被追诉者来说，尤其是未成年人罪犯，偶犯和惯犯，由于其人身危险性小，所实施的罪名社会危害性也不大，其犯罪之后，通过这种“宽待”处理可使其悔过自新，不至于被贴上“罪人”的标签，变成“有色”人种。这样做不仅有利于其尽快回归社会，融入社会，而且也有利于其在心怀感恩的基础上回报社会。第二，有些犯罪本身就是基于双方的一些口角而引起的，当事人双方彼此之间并没有什么深仇大恨，尤其是基于一些邻里纠纷而引发的犯罪，尽快的案结事了不仅有助于修复破损的社会关系，实现社会的稳定，而且有利于节约司法资源。第三，随着我国经济的发展一些新型犯罪数量增多，通过对此类案件的集中打击，重点侦破，不但有助于积累新形势下与犯罪作斗争的经验，而且此类案件往往社会影响较大，通过侦破这类案件可以更好的实现社会效果。最后，这么做也和我国当前的刑事政策相一致。面对当前社会多发且频发的暴恐事件，通过集中优势资源快速侦破这类案件，符合当前的刑事政策也实现了社会稳定的目标。综上所述，笔者认为对于某些严重犯罪应当再次追诉，而且对其作“挂起”处理时应在一定的期限内，对于确属轻微的案件对其追诉应该综合考量，谨慎追诉。
2.新证据收集对存疑不诉案件想要再次提起公诉，必须获得新证据，排除合理怀疑。那么如何获得新证据？由谁负责去收集新证据？收集新证据有没有一定的期限？我国法律没有规定。有人提出应由侦查机关或侦查部门去收集，因为它们熟悉情况，容易发现和收集有关证据，并提出由检察机关公诉部门将存疑不起诉的案件卷宗材料退还侦查机关或侦查部门，笔者认为这是极为不妥的，理由有三：第一，案件在经过了侦查终结之后就不应该进行程序回流，这是没有法律依据的；第二，对侦查机关来说案件在作出存疑不起诉决定之前其已经就案件进行了补充侦查，可谓是做足了“功课”,此时就没有必要再次退回侦查；第三，检察机关的公诉部门将案件卷宗材料退还侦查机关或者侦查部门是明显违背案件管理要求的。所以，新证据的收集不应该由侦查机关或侦查部门收集。那么检察机关有没有权利呢？
首先，在案件的退补阶段，检察人员是参与了案件的侦查工作的，如提出补充侦查提纲，对证据的收集已经进行了指导，尽到了努力；其次，公诉部门作为案件的审查起诉部门，法律没有授权其对作出不起诉的案件进行侦查；最后，检察机关在刑事诉讼当中肩负着打击犯罪和保障人权的双重任务，并依法履行对刑事诉讼活动的法律监督，如果由其负责收集新证据也是与其职能相违背的。所以检察机关也不宜作为新证据的收集主体。那么新证据如何取得呢？由于侦查机关和检察机关都不宜作为新证据的收集主体，那么在存疑不起诉决定被撤销前使用侦查手段收集证据就是违法的，因此新证据的取得只能基于在他案或者其他偶然原因的发现。具体如何操作呢？笔者认为在发现新证据之后首先应采取立案前的调查形式，先对有关新情况进行调查，并分析确定其对存疑不起诉案件所能起到的补强作用。其次如果经分析达到了补强的要求并符合了起诉的条件，才可由检察机关撤销原来的存疑不起诉决定，恢复刑事诉讼程序，将这些“新证据”转化为法定证据。最后在审查认为案件达到了事实清楚、证据确实充分的情况下，才可向人民法院提起公诉，并视情形采取相应的强制措施。同时笔者认为为了最大程度的保障被追诉人不被再次追诉，对于新证据的获得只有在一定期限内才有效。如前所述，在对应当再次追诉的案件作“挂起”处理时并不是无期限的，这里挂起的期限即新证据取得的期间，也即下文中的不诉决定之后再诉的追诉期限。
3.新证据认定关于新证据，我国《人民检察院刑事诉讼规则（试行）》第四百零五条规定：“人民检察院根据刑事诉讼法第一百七十一条第四款规定决定不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件时，可以提起公诉。”同时《人民检察院刑事诉讼规则（试行）》第四百五十九条规定，新的事实是指原起诉书中未指控的犯罪事实。该犯罪事实触犯的罪名既可以是原指控罪名的同一罪名，也可以是其他罪名。新的证据是指撤回起诉后收集、调取的足以证明原指控犯罪事实的证据。关于前者所规定的新证据，我国法律没有加以具体明确，对于后者所述的新事实和新证据是针对撤回起诉的案件而言的。由此在作出存疑不起诉决定之后，什么样的证据才是新证据法律并未加以明确。
⑦笔者认为新证据必须是检察机关认为对于案件的事实认定，或是对案件的审判有重大影响的证据。对于新证据的把握应注意以下几点：
首先，应该在性质上加以区分，即区分是定罪证据还是量刑证据，对于定罪证据在严格把握证据的客观性、关联性、合法性的基础上，再综合全案考察该证据对于定罪的作用力，最后在认定是对定罪有重大影响和作用力的基础上才可以作为再次起诉的新证据，对于量刑证据则应该排除在这里所说的新证据之外；其次，这里的新证据是指检察机关针对先前罪行所认定的证据，对于发现的犯罪嫌疑人的其他犯罪事实即新的犯罪的证据则应当排除在外，确有必要对于新罪进行追诉的，应当作为新案进行处理。最后，在对新证据的认定上还应当注意这里的新证据并不是所有的新证据，其还受到前述证据来源和发现期间的限制。即只有在对案件作“挂起”处理的期间内由他案或者基于偶发的原因发现的证据才是这里所说的新证据。
4.再起诉程序《人民检察院刑事诉讼规则（试行）》第四百零五条规定：“ 人民检察院根据刑事诉讼法第一百七十一条第四款规定决定不起诉的在发现新的证据，符合起诉条件时，可以提起公诉”.这就从法律上肯定了公诉机关对存疑不起诉案件的追诉权，但是对再起诉的启动机关、办案期限、是否应该撤销原不起诉决定等事项则没有具体的规定，不仅造成了司法实践中承办人员无所适从，也导致了实际操作上的不统一。因此笔者认为，有必要对基于新证据的再次起诉进行构建，具体包括以下几个内容：第一，重新起诉的启动由检察机关负责。公安机关没有启动的决定权只有建议权，只有检察机关有权决定是否有必要根据新的控告重新审查。
因为公安机关在将侦查终结的案件移交人民检察院审查起诉时它在刑事诉讼当中的任务就已经完成了，因此无权对案件再进行“管辖”,⑧而检察机关是依职权对犯罪嫌疑人作出起诉或者不起诉决定的机关，当其作出不起诉决定后，无论是在哪个环节发现新的证据，都应该由其归口管理。
⑨具体来说：如果是公安机关发现的新证据，它应当将新证据移送检察机关并提出书面建议；如果是检察机关发现的新证据，其首先应对证据进行初步的审查判断，在认为新证据足以证明存疑事实的情况下才能进一步审查起诉；如果是受害人发现的新证据，他必须将新证据提交作出不起诉决定的检察机关审查决定。而且要注意并不是受害人只要提供证据检察机关就必须作出再次起讼的决定，是否再次提起诉讼取决于新证据经过检察机关审查是否符合起诉的条件。第二，先前的存疑不起诉决定应当撤销。公诉程序的重新启动是对原不起诉决定书的否定，而且基于法律文书本身所具有的公定力，所以在作出新的决定之前应当对之前的存疑不起诉决定予以撤销。原不起诉决定由检委会作出的，撤销权由其行使；原不起诉决定由承办人作出的，基于检委会的监督也应由检委会通知撤销。当然实践当中存疑不起诉的决定完全由承办人作出的情况并不多见。第三，不起诉后重新起诉应当有追诉时效的规定。
⑩对于证据不足不起诉后重新起诉应否规定追诉时效，存在不同的观点：一种观点认为，为了不使有罪的人逃脱刑法处罚，对检察机关行使重新起诉权不应有时效的限制。另一种观点认为，对证据不足不起诉后再起诉权的行使应规定一个合理的期限，从检察机关不起诉决定宣布之日起计算，在此期限内，检察机关对被不起诉人未能提起公诉的，不再保留公诉权。
笔者同意第二种观点，而且认为此合理期限应按照该罪法定追诉期限的一半计算。
存疑不诉案件的再行起诉是对被追诉人基于同一犯罪事实的再次追究，就使得他处于二次承受侦讯措施的境地，如果这种再行起诉再缺乏必要的规制，将会使不诉后的重新起诉充满随机性和任意性。2012 年我国《刑事诉讼法》将尊重和保障人权作为其重要内容，强调惩罚犯罪与保障人权应当并重。它要求在刑事诉讼过程中为了更好的保护被害人的利益，检察机关必须及时有效地追诉犯罪。同时要求在追诉犯罪的同时也应该注重保护犯罪嫌疑人或者被告人的合法权利，即在追诉犯罪的同时做到保障人权。在作出存疑不起诉决定之后对被追诉人再次追诉更应做到保障人权，因为对于犯罪嫌疑人的再次追诉极有可能造成被追诉人的再次伤害。所以一方面不能为了追诉犯罪而对被追诉人进行无休止的追诉，对其追诉应当限定在一定的范围之内。另一方面，为了查清案件事实，给被害人一个交代，在发现的新的证据并足以构成对被追诉人起诉的时候也不能听而任之，一味地放纵犯罪。我们应当树立在限制追诉当中打击与保护并重的价值取向，做到再次追诉中的保障与追诉的平衡。
（三）强化当事人的权利保障
1.赋予被不起诉人相应的权利（1）赋予被不起诉人复议和复核申请权。实践当中存疑案件被追诉人在刑事诉讼中的权利极易受到侵犯，应当给予足够的保护，在其对存疑不起诉决定有异议时也应如此。但是由于种种原因，我国《刑事诉讼法》仅赋予了被不起诉人对酌定不起诉决定的异议申请权，却没有赋予被不起诉人对存疑不起诉决定不服时申请救济的权利。笔者认为，存疑案件中被不起诉人的权利保障更加重要，因为与被害人相比，其所面对的是强大的国家机关的追诉，二者之间的地位悬殊；和酌定不起诉案件中的被起诉人相比，其有可能因为新证据的存在被再次追诉，这就意味着其所面临的追诉风险较大。因为存疑不起诉决定不具有实质上终结诉讼的效力，决定作出后检察机关基于新的事实和证据还可以提起诉讼，这意味着对被不起诉人的追诉依旧尚未终结，就使得被不起诉人的法律地位不确定。被不起诉人长期处于一种身份不完全明确的状态，其生理、心理将会遭受极大的痛楚，严重影响身心健康和社会稳定。赋予存疑不诉后被不起诉人异议申请权，有助于使其摆脱身份不确定的状态。所以在制度设计上应该赋予被不起诉人在不服存疑不起诉决定时，向作出存疑不起诉决定的检察机关申请复议的权利，对前决定不服时向上一级检察机关申请复核的权利，通过多层监督制约机制保证存疑不起诉决定的正确性，保障被追诉人得合法权益。（2）从立法上明确对于再诉案件检察机关不得再撤诉。基于存疑案件的特殊性，即它在侦查阶段已经过了退回补充侦查，在审查起诉阶段也经过了层层的讨论决定，以及在检察机关发现新证据之后二次追诉权的行使，笔者认为，基于惩罚犯罪和保障人权并重的理念，在庭审过程中检察机关就不得再次以撤诉为由而使程序倒流。（3）从立法上明确对于这种存疑案件在无罪判决后检察机关不得再以新证据为由提起诉讼，这既是对既判力的遵循，也是对保障人权的体现。
2.完善对被害人的救济存疑不诉后，被害人只能通过民事诉讼来获得经济补偿，但实践中单独提起民事诉讼与刑事附带民事诉讼相比，不仅立案难，胜诉难，而且执行难。被害人往往面临着刑事、民事诉讼胜诉难的双重困境，不仅容易导致其对司法公正的质疑，也易滋生新的社会矛盾。以检察机关的民行检察部门为主体，建立存疑不诉刑事案件被害人的民事诉讼辅助机制，即对于作出存疑不起诉决定后被害人经济损失未受偿的案件，由民行部门就侦查卷宗中涉及的民事部分进行审查并复印相关材料进行备案，当被害人因民事诉讼在法院立案阶段或诉讼阶段受阻时，可请求民行部门给予无偿的诉讼指导以及为其提供相关案件材料，如系法院裁决或判决有误，民行部门应当迅速启动监督程序。
虽然此种设计并不能从根本上解决被害人的赔偿问题，例如在某些案件当中被追诉人尚未明确，刑事附带民事诉讼也就无从提起，即使在刑事诉讼过程中确定了被追诉人的刑事责任，也会因其无力赔付使被害人得不到应有的救济。但是检察机关的民行部门的参与至少可以使被害人先进入到法院的诉讼当中，提升胜诉的可能性。当然对于一些被追诉人确实无法赔偿被害人的案件我们只能寄希望于国家和社会共同筹集资金来补偿。
