二、税务机关征管面临的问题
除了上述企业角度存在的问题导致征管效果不理想，税务机关在征管过程中，也面临着不少问题，直接影响征管效率。主要是分支机构主管税务机关征管权责不明、税务机关之间信息交流及沟通不畅以及汇总纳税征管信息平台的使用及更新问题。
（一）分支机构所在地税务机关的权责不明
目前，在实际征管过程中，分支机构所在地税务机关的权利责任不明确，管理人员积极性不高。“征管暂行办法”及“57 号公告”中明确指出跨地区经营总分机构应分别接受所在地税务机关的管理和监督，说明从规定上看分支机构所在地的税务机关对当地的分支机构是有税收征管权的。但在实际的征管过程中，分支机构所在地的税务机关被赋予的税收征管权利行使的范围是很不明确的。例如分支机构所在地的税务机关对分支机构怎么去管？在哪些具体的范围可以行使相应的征管权？这些都没有在规定中予以具体的指明和界定。虽然在相关法规中规定，分支机构所在地的税务机关都有对其所辖区域内的分支机构加强管理的责任，但这里也没具体规定分支机构主管税务机关在对分支机构日常征管中应履行哪些方面的职责。如此看来，分支机构主管税务机关权利和责任并不明确。这主要体现在税款就地缴纳环节对于税款分配表的核查以及日常对于当地分支机构的税务检查和评估这两方面。
首先，分支机构所在地主管税务机关在税款缴纳环节缺乏对税款分配比例的核查权，以及对总机构所在地主管税务机关已审核的企业所得税分配表中比例的合理性缺乏质疑和调整的权利。同时对于其核查的重点内容没有明确、具体的规定，无法有效履行职责。对于所得税在各分支机构之间的税款分配，分支机构所在地主管税务机关是接受经总机构所在地税务机关受理的汇总纳税企业分支机构的所得税分配表，并以此作为征税依据。对此，虽然政策上规定分支机构所在地的税务机关可以对分配表进行查验核对，对分配结果有异议的可以申请总机构所在地主管税务机关进行再次复核。但在实践中，分支机构所在地主管税务机关对此常是被动地接受，负责相关工作的人员只是对申报表和所得税分配表上的数额进行大致的核对，加上公告中并没有具体内容比方说收入、资产等的核查程序等作出特别规定，所以不会对数额的合理性及其来源有深入的核查和分析。
此外，分支机构所在地的税务机关即使对于税款的分配比例提出质疑，并致函至总机构所在地的税务机关要求重新调整，如果总机构所在地的税务机关未及时复函，分支机构所在地的税务机关仍然应按照原分配比例征收税款。尽管保证了税款入库的及时性，但实际分配到的税款不一定与企业在当地创造的税源相匹配，大大削弱了二级分支机构主管税务机关征管的权利。
其次，在对管辖区域内分支机构的日常税务检查和纳税评估方面，分支机构主管税务机被赋予的权利不明确。同时在有关规定中也未特别指明其日常应检查和评估的具体内容。“57 号公告”中指出二级分支机构所在地税务机关应配合总机构所在地税务机关进行税务检查，也可以自行开展税务检查。然而，大多数情况下分支机构所在地税务机关只是配合总机构所在地税务机关进行税务检查，其管辖的分支机构需要查补税款也是以总机构所在地税务机关下发的税务检查结论为主要依据。
另外，即使在日常管理中二级分支机构所在地可以自行检查，但“征管暂行办法”以及“57 号公告”均未指出自行检查有哪些应该是检查的主要内容。目前省内各地区对于这方面的规定也没有一些具体的操作上的指引和评估的指标。而汇总纳税征管本身涉及的面很广，在实际征管中操作比较复杂，需要有明确的专门的评估标准和检查内容。但这些目前都没有明确的规定，这令当地主管税务机关在这方面无所适从。尽管相比总机构主管税务机关而言，分支机构主管税务机关所掌握的分支机构信息较为详细，但由于税务检查的权利不明确，日常检查和评估的内容和标准不具体，使其对分支机构涉税业务的日常监管始终处于真空状态，从而导致对当地分支机构的监管尚未落到实处，造成地方企业所得税流失。
（二）税务机关之间的信息沟通不畅
从研究结果来看，由于浙江省内的总分机构是跨地市经营，其经营地和税款的实际核算地可能不在同一个地区。总机构所在地的税务机关也只是对自身辖区内的总机构比较了解，但对各个分支机构的具体情况却缺乏了解，包括其在汇总纳税企业中的组织层次、日常经营业务、财务核算制度、与总机构的业务往来等方面的信息。这也为其与分支机构主管税务机关之间实现征管上的无缝对接带来了困难。与此同时，分支机构所在地的税务机关对于总机构的信息掌握得也不够具体。包括当地的分支机构与总机构之间的业务关系、汇总纳税企业组织架构、财务状况等以及总机构下属其他分支机构包括经营、业务、财务等方面的详细情况。
由此可见，总分机构主管税务机关双方的信息不匹配，交流受阻，无法对总分机构的汇总纳税形成有效征管。这就使得部分总分支机构利用这个征管上的漏洞，通过认定该分支机构不具有主体生产经营职能或者调整分支机构的组织层次等方法，将其生产经营产生的企业所得税转入到总机构，由总机构集中汇总就地缴纳，使其避免了就地预缴所得税款。或者通过调整税款分配比例将税款缴纳的责任转移到其他地区的二级分支机构，导致税收与税源的不匹配。
（三）汇总纳税信息平台存在的问题
跨地区经营企业所得税征管办法出台的同时，在已有的国、地税征管系统的基础上建立了汇总纳税管理信息平台，目的在于能提高征管效率。但从各地税务机关现阶段的反映来看，在使用过程中仍存在着数据库更新速度慢、对于系统信息的维护程度不一致且缺乏实时监控、系统在传输的过程中会丢失数据等问题，给主管税务机关对企业税款申报缴纳情况的稽核和比对带来了困难。
在对于汇总纳税企业的信息维护方面，从部分地市税务机关反映的情况来看，有部分汇总纳税征管信息系统中存在着总分机构户数与国、地税征管系统中的户数不匹配、税款查询的结果不匹配、各总分支机构所在地的主管税务机关对系统的使用程度不同步等诸多不一致现象。这导致各机构所在地的主管税务机关无法准确获知对应的总分机构全部的涉税信息，给总分机构主管税务机关之间信息的核查和比对带来了比较多的困难。分支机构所在地的主管税务机关不能准确获悉总机构计算的应纳税额，对税款是否足额缴纳的判断也就无从谈起了。
在系统数据的传输方面，比较常见的是在就地申报缴纳环节，总机构与分支机构的申报表在传输过程中发生缺失而导致企业无法正常申报。
在数据更新方面，缺乏对于汇总纳税信息的实时监控和自动提示功能，在手动操作的情况下，部分税务人员有时对于系统信息没有进行及时的修改和补充，信息的更新存在滞后性。比如某分支机构实际已注销，但其主管税务机关并未及时删除其登记信息，至年末汇算清缴时，该分支机构的信息仍然存在于当地的汇总纳税信息系统中，对总分支机构之间的税款分配的审核造成了一定的影响。
除此之外，现今的汇总纳税征管信息系统还缺乏对总分机构的报表分析这一功能模块。如月度、季度或年度总分机构纳税情况报表以及一定时期内总分机构增减变化情况的报表，缺乏实时监控，定期更新的功能。对于总分支机构的建立、注销、变更等状况不能及时准确知悉，因而对于总分机构之间税款分配比例情况是否符合实际也就不能进行准确的判断和有效的核查。对于哪些属于新设立的分支机构或者已经注销的分支机构的具体情况并不清楚，对税款的分配不当之处也就不能予以及时纠正。这里举个简单的例子，去年已设立的二级分支机构因为系统信息缺乏自主更新的功能，主管税务机关未进行及时的信息维护而未对其信息予以完善，致使其在系统中仍显示是今年刚设立的二级分支机构，在税款分配时就不再予以考虑，该分支机构经营产生的企业所得税也就由其所在地转向了总机构所在地或者其余二级分支机构所在地。
