《海关估价协议》中规定了海关可以采用的六种估价方法，其中最基础的方法是实际成交价格法，也是使用最多的方法。通过对海关估价成交价格内容的解读发现：1）货物成交时存在大量的额外费用，如果可以剥离这些因素，则可以减少完税价格的组成部分。例如，企业融资利息如果能与成交价格分离，并且可以提供合理利率水平的贷款合同，那么该部分利息支出就可以不作为完税价格的额组成部分；2）对完税价格组成部分的筹划也可达到降低完税价格的目的。估价协议规定，成交价格如果不包括本包含的费用， 那么这些费用应当计入完税价格。例如，按照规定买方佣金不应当组成完税价格计算内容，因此，只要交易双方在合同中明确约定买方作为佣金承担者，则可以降低完税价格。3）一些特殊因素的规划亦可达到降低完税价格的目的。如受让专利权。专利费的支付不再与货物的销售挂钩，不具备协议规定的将特许权使用费纳入完税价格的条件，因此不能将其与货款一并缴纳关税。再如，按照合同规定支付的违约金，海关由于缺乏将违约金摊销到进口货物完税价格上的法律依据，因此该方法在法律上是站得住脚的，并且不违背独立交易原则，支付违约金很可能成为转让定价的重要手段。
5.4 将海关估价与转让定价一并研究
5.4.1 同期资料的准备
根据税务局《企业年度关联业务往来报告表》和《办法》的规定，纳税人在提交所得税申报表时，需要提供关联方交易报告表，并准备转让定价同期资料。
虽然海关法律法规中没有强制要求企业提供同期资料，但自从税务机关要求企业提供同期资料以来，各地海关在审查转让定价案件时，逐渐要求企业提供同期资料，并将其中披露的关联方数据作为审查的资料，质疑纳税人是否申报了足够的进口价格（尤其当中国企业的利润水平远高于其可比公司时29）。2010 年 10 月 WCO 海关估价技术委员会通过一项重要的评论报告，即“23.1评论”.该报告是世界海关组织为协调转让定价和海关估价的重要成果，主要内容就是海关估价技术委员将会制定指导性文件，允许海关在审查关联交易并进行转让定价分析时，采用 OECD 规则下的转让定价方法及相关资料为审查依据。尽管该评论报告指出，转让定价报告中包含了大量企业销售情况的信息可以作为海关估价的重要信息来源，但是由于适用法律基础、执法目的不同，转让定价报告可能还不是用于检验估价协议下的关联交易情况的充要资料30.
企业需要在能力范围内积极配合税务机关和海关，从一开始就考虑两个主管机关的要求，并准备尽可能完善的分析及证明文件 .跨国公司在实施转让定价申报价格时，应当结合税务机关和海关的审查特点和不同需求，从两个角度分别准备两部门所要求提供的详尽资料文档，该资料文档应足以回复税务机关和海关对交易价格的质疑。在向海关提交其转让定价报告资料时，应主动结合海关估价方法的特点，丰富转让定价报告信息，对转让定价报告中信息的相关性和合理性向海关进行解释，从而降低所提交的转让定价报告及信息被海关拒绝采纳的风险。
此外，转让定价报告毕竟主要还是从税务角度出发，针对税务风险而拟定，因而，进口商也需注意和避免转让定价报告中的信息可能给海关带来的误解。
5.4.2 统一考虑预约定价安排和海关预审价
预约定价安排在税务机关转让定价管理中扮演者重要角色，是税务机关和企业为提前确定申报价格而达成的一项契约，可以有效解决双方在转让定价上的意见分歧并可避免企业被双重征税，为纳税人和税务机关排除更多的不确定因素，税务机关鼓励企业使用这种服务为自己减少纳税成本。《办法》规定了企业申请预约定价安排所必须满足的条件：1）每年关联方交易额在 4000 万元以上；2）依法申报关联交易；3）同期资料符合规定。
海关总署 2011 年发布了进口货物预审核的暂行规定，其中详细规定了企业可以申请价格预审应达到的要求，以及需要提供的申请资料。《预审价决定书》的有效期只有 90 天，与税务机关预约定价安排相比较短，所以在企业签订预约定价的有效期内，需要多次申请预审价，这也便于企业及时调整政策。然而，预审价裁决通常只针对单项交易，而不是核定整个公司跨境交易所使用的估价方法。目前，尚未得知国家税务总局和海关总署是否准备在预约定价和预审价的管理上交流合作，但这可以成为双方协调矛盾的途径，企业也可借此方式减少转让定价的不确定性。事实上，转让定价预约定价协议与海关预审价的协调统一已经成为许多发达国家解决转让定价争议的重要途径。
对企业而言，为了应对不同的监管制度，在制定和实施转让定价政策时，必须从转让定价和海关估价两个角度上出发，将预约定价安排和海关预审价一并研究分析，在报关进口时将转让价格计算公式公开给海关，尽可能邀请税务人员和海关关员共同参与预约定价安排和预审价的磋商，获得税务机关和海关对关联定价的预先审核，减少因两部门定价差异而造成的税务风险。
