在计税方面，上海采取的是评估应税住房的市场交易价格作为计税依据，而在试行初期按房产交易价值的 70%计算房产税。税率暂定为 0.6%,应税住房交易价格低于上年度新建商品住房平均价格 2 倍的，税率为 0.4%.重庆则认为暂时按照房产交易价计税，待条件成熟了再采用房产评估方式计算。税率 0.5%,但交易单价为上两年主城新建商品住房价格均价 3 倍（含 3倍）到 4 倍的住房税率为 1%,4 倍及以上的税率为 1.2%."三无"人员的税率始终为 0.5%.
3.2.2 征收范围过窄
这两地的房产税试点的确给我们拉开了房产税的序幕，但是问题也暴露了很多。首先重庆与上海试行的房产税条例在征收范围上都存在过窄的问题。每年我国新增房产只占存量房的 5%,而这两地都规定只对新购房产去征收税款，再除开免税的部分，房产税可征收的部分微乎其微。上海与重庆在制定房产税条例的时候都是将调节收入分配作为首要目的，因此他们致力于将税负压力转移到高收入群体。但是由于可征收的范围过于狭窄，征缴上来的税款占总财政收入的比例很小，能起到的调节收入分配的作用及其细微。据重庆市财政局数据显示，2011 年全年房产税（居住型）收入约为 1 亿元，而当年重庆市地方财政总收入超过了 2900亿元。可以看到，重庆市当年房产税占比仅为 0.034%,上海这一数据略有提高但也仅为 0.081%.从上文我们已经知道，西方这一数据普遍在 20%-30%左右，这一点我国相去甚远。而且从房产税的性质上来看，国际公认的一种说法是业主缴纳给政府保证其产权的保护费和资源使用费。从这个层面来看，征税的范围也应当是拥有房产的所有公民，而上海与重庆的这种征收模式更多的是为了调节房价的一种资源配置性能的税种。而遗憾的是，房产税的出台既没有能够抑制房价的上涨，在调节收入分配上也没有起到良好的作用。据最新数据显示，沪渝两地截止到 2013 年由于房价的上涨，房产税的起征点也随之上浮。2013 年上海两级税率的分界点由 2012 年的 26896 元/平方米上涨到 27740 元/平方米，涨幅 3.14%,重庆高档住房应税价格由2012年的12152元/平方米上涨到12779元/平方米，涨幅5.16%.
3.2.3 税负加重
纳税人之所以反对房产税的开征就是因为他们认为房产税只是给政府带来收益而增加自身税负的一种为了征税而开征的税种。事实上，房产税作为税制改革的一个重要组成部分，如果不能建立起联动的改革举措，的确是加重了纳税人的税收负担。如上文所述，房产税开征以来，沪渝两地的房价一如既往的上涨，对于纳税人而言负担只增不减。而税制改革，无论是任何一个税种的改革都是为了给纳税人减轻税收负担，而不是增加。[29]
但是上海与重庆的房产税改革，只有加税的身影，这样的制度不仅很难得到纳税人的拥护，也不符合我国税制改革的初衷。但站在地方政府的角度而言，他们没有权力对其他税种单独进行改革，只能在有限的改革领地发挥作用。这样的情境也的确很是为难，目前只在这两地试点，但是房产税如果想要能够给纳税人减轻税收负担就必须与其他税种改革结合起来，将房产税增加的税负转嫁到其他的税种上，从而实现总税负的降低。而这种税种间的配合是需要有全局眼光以及改革权力的，没有中央的配合，难以成型。
在房产税改革上，中央政府不能只空谈支持，更不能因为房产税隶属地方财产税就认为改革是地方的责任。只有把税制改革当做一个有机的整体对待，统筹协调，支持地方政府的房产税制改革，才能在开征房产税的前提下有效减税，增加居民可支配收入，调节收入分配。
3.2.4 税制不公在沪渝两地的房产税试行条例中，调节公平这个税收的内在属性并没有很好的得到体现。为了保护低收入群体而把房产税首先应用到富裕阶层的做法无可厚非，但是注重了纵向公平以后横向的公平却没能较好的顾及。首先在"新购"政策上，沪渝两地都是在 2011 年出台的房产税试行条例，于是将这个时间点作为评判是否应税的依据。按照这种思路，假设一个富商在 2011 年以前已经拥有了成百上千套房产都不需要缴税，而一个小康家庭在 2011 年以后购买了二套房却需要缴纳税款。房产税保有环节征税不应当将"新购"、"旧购"的房产区分开来，我国实行房产税就是由于当前房地产行业已存在的不正常现象十分严重，以时间点区分应税与否对于解决已有的房屋闲置等问题并无帮助。从这个层面来看，对新购房产征税更像是在交易环节多出的税费，只不过分年来征收。另外一个不公平的地方在于对是否是本地居民的区别对待上。这一政策设置的初衷可能是为了抑制外来炒房的情况，但是单纯因为地域原因就设置不一样的税收制度难免让人有差别待遇的感受。在重庆市无户籍、无企业、无工作的个人甚至不享受税收减免的优惠政策。这也从另一方面说明了建立全国统一的房产税制系统的必要性，要给异地买房的群体一个能够接续的具体政策规定。而顺应我国当前正在展开的户籍改革活动，房产税的设置也不应该有两个标准。再者，两个地方在税收减免时一致以家庭为单位核算免税面积，对于上海而言在征税时就是以家庭为单位的，这就没有大的问题，但是重庆在征税时是以个人为征税对象，在核算免税面积的时候以家庭为单位就稍显勉强。
3.2.5 计税依据不合理
上海与重庆在设定计税依据的时候都提到了评估价值这一手段，但有趣的是在具体实施上却不约而同的选择了房产的交易价格。重庆更是给出了一个模棱两可的说法：在条件成熟时再以房产的评估价值作为计税依据。这个成熟时是靠什么来判断的，没有人能给出具体的答案。而房价的变化不会等房产税的出台与否，几乎每年都有着不小的变动，一味按照房产交易价格计税并不符合运动的房地产市场。可以说稳定的房地产市场，波动不大的房价是以交易价格做计税依据的必要条件。目前的房地产市场仍然处于价格上升的阶段，因此并没有爆发出强烈的反对声音，但是如果房地产市场出现了大幅的动荡，房价下跌至远低于原交易价格，再按这个标准征税就不合时宜了。上海提出只在试点初期使用交易价格计税，当房产符合征税条件就开始使用评估价格，评估价格参照应税房产的市场价格，并应周期性重新评估。
但是对于房产价值有谁评估、如何评估却没有给出具体说法。作为出台的法令，如此模糊的说法是不合适的。而房产价值的评估事实上是一个比较复杂的过程，从评估方法到执行人员都应当有细致的考量。深圳国际房产评估发展中心通过研究，收集了大量数据并花费几年时间研发出了一套房价评估方法可以用于征税。但是即使是经过科学研究得出的评估方法仍然有其内在的局限性，即必须要求房地产市场比较稳定，当前房价大幅波动的房地产市场并不能完美执行该评估方法。除却方法上的困难，在执行人员上也应当严格把关。为了保证公平、杜绝合谋等违法逃税行为理应设置第三方机构来进行房产评估，以此保证房产税征收的公平以及效率。
3.2.6 标准设立缺乏依据
在试点的房产税条例中，有几个关键的数字，首先是免征面积，上海规定的是家庭人均面积 60 平米以上的部分征税，重庆则把独栋房产与高档房产分了两个免税标准：180 平米和 100 平米。在给出免税的具体面积数的时候，我们并不清楚这个数据是从何而来的。根据上海统计局、国家统计局上海调查总队联合发布的2012 年上海市国民经济和社会发展统计公报显示，2012 年上海市城镇居民人均住房建筑面积 33.9 平方米，折合人均住房居住面积为 17.3 平方米。而上海的免税面积，一家三口可达到 180 平方米，显然能达到这个标准的家庭占我国总数的比例十分的小。
这样来看可征税的税基就变得很小，房产税的调节功能几乎没有用武之地。除了免税面积以外，税率这个尤为重要的指标的设置也闲的缺乏理据。上海房产税的税率设置只有两档，0.6%和 0.4%.重庆方面，税率稍微多了几个层级0.5%、1%和 1.2%.显然，上海的税率过低，最高应税税率才与重庆的最低税率相差 0.1 个百分点。单纯两个地方的房产税率就相差甚远，让我们不禁要发问，这个具体的数值究竟是怎么得来的？难道就由地方政府随意指定吗？如果我国希望效仿西方国家将房产税作为一种新型的主要税种，那么在税制设置上就必须尤其慎重。主要税种的意义很大，它势必要影响到 GDP、各部门产出、就业、消费等等各个方面。从这个方面考虑我们必须意识到，税率调整就变成了一个非常复杂的问题，不仅要考虑对国民经济的影响，也要顾及对各个利益团体的收入影响。
