进入 2004 年之后，行政首长出庭应诉的地方“创举”逐渐为国务院和最高人民法院所认可。国务院《全面推进依法行政实施纲要》第 28 条规定“对人民法院受理的行政案件，行政机关应当积极出庭应诉、答辩。”最高人民法院《关于加强和改进行政审判工作的意见》以较大篇幅对行政首长出庭应诉进行了“一分为二”式的规定：
一方面，人民法院要肯定和支持行政领导出庭应诉，因为地方政府和行政部门领导出庭是对行政审判工作的重视、支持和尊重，也是国家法治水平提升、社会文明进步的可喜现象；另一方面，人民法院对行政机关法定代表人出庭应诉又不宜提出刚性要求和作出强制性规定，但是可以向行政机关或者有关部门提出建议，做好宣传工作，推动这项工作的健康发展。国务院《关于加强市县政府依法行政的决定》第 22 条进一步指出“要认真做好行政应诉工作，鼓励、倡导行政机关负责人出庭应诉。”到了 2009年，最高人民法院在《关于当前形势下做好行政审判工作的若干意见》中的措辞则发生了明显变化，提出“要通过推动行政机关法定代表人出庭应诉制度，为协调、和解提供有效的沟通平台。”与此相呼应，国务院《关于加强法治政府建设的意见》第 25条明确规定“对人民法院受理的行政案件，行政机关要依法积极应诉，按规定向人民法院提交作出具体行政行为的依据、证据和其它相关材料。对重大行政诉讼案件，行政机关负责人要主动出庭应诉。”通过对这些纲领性文件的解读，不难看出，最高国家行政机关和司法机关在行政首长出庭应诉问题上已经达成了共识，这一极富本土化特色的制度创新已经成为当前加快法治政府建设和优化行政审判环境的重要抓手①.
（四）行政首长出庭应诉制度运作中的问题
1. 文本混杂
目前，全国各地有关行政首长出庭应诉的规范文本约有 200 个②,但由于内容文本相对复杂，冲突是显而易见的。主要存在以下几方面问题：
一是行政首长出庭如何界定。从很多地方推行行政首长出庭应诉的情形来看，由何行政首长出庭应诉缺乏统一的规定，所以有大量的文本来对行政首长进行界定，显得很混乱。一些规定行政领导必须出现在法庭上，一些则规定有关负责人出庭即可。
二是出庭案件类型冲突非常明显。行政首长应该主动选择一部分案件出庭，还是以立法的形式强制规定出庭，案件类型也存有非常大的争议。国内有很多专家学者，并不赞同直接规定什么类型的案件行政首长必须出庭，认为不应作出出庭案件比例方面的强制要求。然而大多地方以文本的形式，都规定了行政首长出庭案件类型，具体规定类型达到 10 多种。但这些规定存在不同程度的问题：首先，有关出庭案件类型的相关规定重复性非常高。自下而上是政府行政首长出庭应诉制度的生成模式，而自上而下却是它的实行模式，这就自然无法避免照抄照搬的情况出现。各个地方的文本关于“社会影响非常重大”,“本年度本单位第一起行政诉讼案件”的相关规定都超过了 50%,这就说明我国大部分地区不约而同地赞同：这两种类型的案件发生时，行政首长必须出庭。其次，界定出庭案件类型缺乏可操作性。例如，如果被诉具体行政行为涉及金额达到一定数额，对于这种案件，该如何判断“一定数额”,判断标准是什么，由于各区域间经济水平方面的差异，是否会有所不同，这些情况准确结果是无法得到的。另外，规定出庭案件类型也缺乏合理性的依据。有关“本年度本单位第一起行政诉讼案件”,行政首长必须出庭应诉的有关规定，显然是主观臆断，为什么选择的是第一件而不是第二件，或是最后一件，必须要求行政首长出庭应诉，这显然无法得到恰当的解释①.
三是应出庭案件数量比较多。在大量的相关规范文本中，行政首长出庭应诉的案件数量在许多文本中得到了规定，占到了总数量的 32%以上。但是相关规定仍然存在以下问题：首先，出庭案件数量规定的比较少。其次，各个地方的规定不是非常统一，随意性也比较大。其三，下限设立的也不是非常科学，比如说如果一年之内行政诉讼的案件有 10 件以上，那么依照规定，这时行政首长出庭应诉的案件数量不可以少于2 件，这就意味着行政首长只需要出庭应诉满 2 件，就可以完成出庭指标要求了。这种片面追求行政首长出庭应诉率，严重忽视实际出庭效果的做法，更加容易造成一种表面出庭比例很高，实质背离的繁荣景象。
四是出庭的具体要求不是非常明确。在实践中，出庭应诉的行政首长通常不会在法庭上说话，或者只是宣读律师或法务人员已经提前写好了的行政答辩状，这对有效地化解行政争议难以起到至关重要的作用，这种满足上级或法院行政首长出庭应诉方式被指“走过场”.但近年来，由于一些地方政府和人民法院共同推动，不仅被告的行政主体的行政首长必须亲自出庭，但还需要在法庭上说话，与原告辩论。但是，相关方面的规范性文本并没有对此直接提出要求，没有规定行政首长出于解决争议的需要，出庭之前应自觉掌握案情并熟悉相关法律知识。
五是不出庭责任的规定比较模糊。各区域文本对行政首长不出庭责任方面的规定可谓是五花八门，各有特点。很多区域文本没有行政首长不出庭责任方面的规定。众多的文本，规定了行政首长不出庭，或者是拒绝出庭主要是由法制、监察部门和政府或上级部门，依法追究相关单位责任人的行政责任。不过政府的法制部门，是否拥有问责的权力还存有疑问，相关的行政过错责任、行政责任方面的表述，也比较陈旧模糊，严重缺乏可操作性。
2. 实践困境
一是出庭率低，各地发展不平衡。通过最高人民法院分司法统计分析可以看出，我国各级法院审理的行分政首长出庭应诉分的行政案件占行政案件总数的分比例还不到 1%①.
且各地区分推行行政首长分出庭应诉工作的分进度很不平衡。2003~2007 年的上半年，河南省南阳市的两级人民法分院，受理分行政诉讼案件近 6000 件②,行政首长分出庭应诉的比率仅分占受理案件分的 0.4%左右。根据湖北省高级分人民法院司法统计分析，2002~2006 年，全省各分地法院审理的，行政机关负责人分出庭应诉的案分件 132 件，占全省行政诉讼分案件数量的比分例仅 0.7%③.广东和长三角地区行政首长分出庭率较高，如在分广东佛山市，2011年，两级人民法院分共受理一审行分政诉讼案件分673 件，其中行政机关分负责人应当出庭分应诉的案件分为 122 件，实际出庭应诉的为分 86 件，负责人分出庭应诉率为分70.5%;佛山市两级人民政府，2012 年上半年，按规定分行政首长应出庭分应诉的案件分为 119 件，实际分出庭 112 件，出庭率分高达 90%以上④.又如江苏地分区，2009 年，盐城、南通、宿迁、扬州等 9 个省辖市的行政机关分负责人，一审分出庭应诉率超过 50%,其中南通市分达到96.1%;有近分一半的县（市、区）超过 80%,其中，海安县分连续 5 年保持 100%⑤,形成行分政诉讼着名的分南通现象和海安样本。
以合分肥市为例，2007 年，除了 6 个试点分单位行政首长应当分出庭的 51 件行政案件，相关单位分行政首长全部出庭以外，其他单位分鲜有行政首长主动出庭应诉。2012 年底，合肥市人民政府决定，在全市分各级行政单位推行行政首长出庭应诉制度。2013 年，全市两级人民法院共受理行政案件 831 件。根据《合肥市行政首长分出庭应诉工作办法》规定的应当出庭的五分种情形，审结应当分有行政首长出庭应诉的案分件 245 件，行政首长实际出庭分的只有 85 件，出庭应诉率仅分为 35%.根据安徽省合肥全市的 10 个基层法院报送的数据，可以看出，有的区县至今尚没有一起案件行政首长出庭的例子，有的行政机关出庭应诉率较高，却不属于五种应当出庭情形的案件，政府行政首长也主动出庭应诉。
二是一把手难见出庭不出声。梅春来律师有着多年行政诉讼经验，他告诉《工人日报》记者，在他知道过的行政诉讼案中，他发觉按规定出庭的部门领导非常少，而单位一把手更是罕见有出庭的，多是各个部门的处长或者科长出庭，就算真正的行政首长出庭，也绝大部分坐在一边一声不吭。大部分的行政机关被告上法庭后，经常找一名律师和行政首长一起出庭，行政首长通常是坐在被告席上不说话，质证答辩全由代理律师来办，这种行政首长出庭不出声的出庭行为，对行政争议的化解很难起到实质有益的作用，因而被指为“走过场”.
笔者认为行政首长既然出庭坐在法庭的被告席上，就应该积极发言辩解，为本机关的行政行为的合法性作出正确解释，不能像“花瓶”一样被摆在法庭之上，中看不中用。人民群众作为原告时，除了希望在法庭见到被诉政府行政机关的首长之外，更加希望能与之当面“对话”,“出庭”只是形式，“对话”才是目的。在当今社会的法治环境下，一般老百姓经常认为，只有被告的行政机关首长亲自出庭答辩，才表明有关领导真的注意到了原告的诉求，才会认真对待这个案件，而不是为了迎合有关文件的规定，象征性地出庭应诉，至于具体行政行为是否有问题、老百姓的权益是否受到了侵害，出庭行政首长一点也不知道。如果行政首长只是为了作秀而出庭大可不必。
究其成因，可以从以下几个方面进行分析：
首先是严重缺少法律层面的强制性规范，对于行政诉讼中被告法定代表人是否必须出庭应诉，在我国行政诉讼法中并没有作出强制规定。目前，政府行政首长是否出庭应诉，一般由被告自行决定就可以，作为被告单位的法定代表人，绝大多数都不会决定自己亲自出庭应诉，这就造成了一个现象，行政首长出庭率普遍低下。
其次是行政首长事务繁多无暇顾及出庭应诉。行政首长不出庭的理由非常多，经常出现的借口是行政事务多、行政程序较为繁琐，没有多余时间顾及出庭应诉事务。
随着行政管理体制的膨胀化和技术化发展趋势日益增强，现代政府部门，包括其职能部门行政首长，都需要处理面广，量大且日益复杂的各类行政事务，尤其是那些涉诉较多的政府部门，行政首长行政事务更是极其繁多。出庭应诉占用行政首长的时间与精力会非常多，不但要求出庭行政首长看案卷材料，了解相关案情，还要其熟悉相关的法律知识，行政首长忙于处理大量的公务，大多没有时间出庭参加行政诉讼。再者，行政首长大多数并非法律专家，对法律知识和行政诉讼程序都不是很专业，而且行政首长一般不具体经办执法案件，由行政机关的普通工作人员实施具体行政行为，其对行政争议纠纷事例的了解情况，远远低于具体的办案人员，就更不愿意出庭应诉了。最后是人民法院无权强制行政首长出庭。我国宪法制定，行政诉讼法的主要目的是为了切实保护好行政相对人的合法权益，使其不受行政机关的侵犯，把行政机关的具体行政行为纳入到司法审查的范畴，通过司法权来监督行政权①.由于我国司法的独立程度并不高，司法权相对行政权还偏弱，加上现行法律没有相关刚性规定，规定行政首长必须出庭应诉，这使行政首长不轻易出庭应诉有了很好的借口。行政首长是否出庭，一靠自觉，二靠上级领导部门的行政压力，被领导的人民法院对此也是无能为力。
