7.取得虚开运输发票进行抵扣由于开票单位开具运输发票不属增值税应税项目，而是按 3%税率缴纳营业税，但取得运输发票单位可以按 7%计提进项进行抵扣，近年来，纳税人取得虚开运输发票进行抵扣问题比较突出，昆明市国税局在日常检查和评估中，发现部分企业运费抵扣过大，不符合经营常规，如某企业取得的一份公路运输发票显示：运输 50 吨铁矿、里程 130 公里、运费 47 万元，不符合经营常规。
8.将不符合抵扣条件的农产品收购发票计提进项进行抵扣从目前发现的农产品收购发票违规抵扣情况看，主要集中在两个方面，一是将非农业生产者开具的农产品销售发票计提进项进行抵扣；二是虚开农产品收购发票计提进项税。
3.1.2 少计增值税销项造成税收流失
纳税人销售货物时未按照规定开具发票核算销项税、帐外经营、未按照会计规定健全账证和核算、取得虚开或伪造发票等，造成少计销项税，直接导致了增值税的流失。具体看，纳税人少计增值税销项税的具体形式主要有以下方面：
1.负数发票冲减销售收入部分企业在销售货物或应税劳务时，如果购货方不需要发票，则企业将其确认为未开票收入，当月申报纳税后，当有需要抵扣的纳税人要求开具发票，企业在没有货物交易的情况下将发票开具给第三方，而之前申报的未开票收入则用负数发票冲减。负数发票冲减未开票销售收入，导致第三方取得虚开发票计提进项抵扣问题。
2.采取账外经营方式，隐瞒销售收入部分纳税人在经营中采用账外经营方法，对购进货物或劳务不予入账，对取得的增值税专用发票不予认证抵扣，形成滞留票，同时对相应销售的货物和劳务不确认收入，致使应纳税款减少。如：2009 年，昆明市国税局开展了大规模的滞留票核查，全市涉及滞留票 3301 份，部分企业涉及隐瞒销售收入，查补税额达2380 万元。
3.开具作废发票减少销售收入部分纳税人在发生销售货物或应税劳务时，采取先开具发票再将该发票作废的方式，从而不确认销售收入减少应纳税额。
4.销售货物或应税劳务不开发票或少开发票长期以来，纳税人销售货物或应税劳务不开发票或少开发票一直是造成增值税流失的一个重要原因，这种情况几乎遍及各行各业、各种企业，特别是在商贸批零兼营企业尤为突出，其销售给终端消费者的货物，只要购货方不需要发票，纳税人一般就不会开具发票，从而少计销项少缴税款。
5.关联交易定价不合理随着企业的规模和经营范围的不断扩大，集团化的企业也日益增多，企业之间的关联关系也变得日益复杂，关联交易随之日常化，同时，关联企业之间交易未遵行独立交易原则的情况也经常发生，纳税人在与关联企业交易时，根据双方税负的不同采取高进低出方式造成增值税额倒挂和增值税流失。如：昆明某经贸公司属某集团公司的投资控股企业，该经贸公司从省外购进粗铜等货物，销售给集团公司，昆明市国税局在检查中发现，企业 2007 年销售给集团公司的货物，价格过低，低于其进价 226,492,227.23 元（不含税），按照关联交易独立交易原则调整后，企业补缴增值税 4,504,930.39 元。
6.应视同销售而未做销售在日常管理中，企业发生应视同销售行为而未做销售的情况比较常见，主要集中在以下方面：一是纳税人将自产、委托加工、购进货物赠送他人未视同销售；二是销售代销货物未视同销售；三是处置固定自产和废旧货物未视同销售；三是将自产货物用于在建工程。
3.1.3 虚开增值税发票，骗取出口退税
部分纳税人采取虚开增值税骗取出口退税也是增值税税收流失的又一表现形式。昆明市国税局在 2011 年检查中，发现辖区内 30 余户服装、伞及伞配件生产企业，在没有生产能力的情况下，虚开大量增值税发票到福建、广东等地骗取出口退税，而其增值税进项发票主要从钢材经销企业处取得，所取得的进项增值税发票货物名称均为“螺纹钢”、“圆钢”等钢材，涉及钢材经销企业 200 余户。
经核实，一些钢材经销企业在没有真实交易的情况下涉嫌虚开，一些钢材经销企业虽有收款、发货记录，但货物由第三方提走，开票对象与收款对象不一致也有虚开嫌疑。
3.1.4 骗取享受税收优惠政策
税收优惠政策是国家针对需要鼓励和扶持行业或企业的税收让渡，同时国家对享受优惠政策制定了相关的条件和门槛，纳税人必须符合国家规定的相关条件才能申请享受优惠政策，但部分企业在本身不符合规定条件的情况下，通过伪造资料骗取享受优惠政策，造成税收流失，目前该现象突出表现在民政福利企业即征即退增值税优惠及资源综合利用企业税收优惠方面。
