2 纳税检查过程中出现的问题。
2.1 纳税检查中职能的失重。
税收收入对于国家经济发展的重要作用同时也凸显纳税检查职能在保证税收收入的关键地位。纳税检查工作人员依法监督被检查单位贯彻执行相关税收法律法规正是纳税检查的最基础职能。除了此项职能，纳税检查还具有事后惩处职能、依法保证税收收入职能及教育化职能。税务机关进行纳税检查最根本出发点是防止企业偷漏税及避税行为从而达到增加税收，从数量上和质量上保证税收发挥其作用。但是某些地区的税务机关在纳税检查的实际工作中过分注重保证税收收入职能，因而忽视了其他职能的辅助作用。如：上级税务机关对下级税务机关制定工作任务，规定每个检查年度应完成定量的查处金额，并将是否完成规定任务量作为对员工工作态度及绩效考核的衡量标准。如果任此现象继续发展，纳税检查机关为了完成任务而去进行纳税检查工作，那么必然会造成纳税检查行为的扭曲、纳税检查实质的误解，失去了纳税检查的真正意义，影响纳税检查其他职能的实现。因而在纳税检查程序的实际操作中则出现了职能的失重，纳税检查主要目的应该是对被检查单位进行监督，从而达到规范企业经营行为、维护市场经济有秩序进行的最终目的，并非一味的追求惩罚企业的偷漏税行为。
2.2 纳税检查选取案例的随意性，增加纳税检查成本。
由于市场经济的蓬勃发展及国家各项经济政策鼓励创业等新型经济增长点，因此企业的数量也实现迅速增长，而中小企业的发展管理机制并不完善，因此为了追求企业自身利益最大化可能导致部分企业通过非法手段偷税漏税及避税，但是税务机关在确定纳税检查对象时思路并不清晰，同时选案并没有统一标准可以参考，通常税务机关根据以下方式进项选案：通过举报方式获知某企业的偷漏税行为、依靠以前年度纳税检查的经验进行选案、根据某类行业普遍可能存在的问题进行例行纳税检查、根据本年度出台的相关税收优惠政策可能造成的税收收入流失漏洞而抽查选案等，以上的选案方式在通常情况下具有较大的随意性、准确性不高，对于企业实际非法偷漏税的行为不具有针对性。这可能造成下列问题：
原以为存在重大偷漏税可能的案件经过检查后并不存在重大问题、有些选案涉税方面简单明了但仍需要立案，并且依次严格执行纳税检查的程序，严重浪费了纳税检查的力量。从而增加了纳税检查的成本。
2.3 纳税检查信息管理机制不健全、办案效率低。
电子信息化时代的飞速发展的要求推动办公效率的提高，然而目前纳税检查的信息化程度不高，如：（1）纳税检查人员在抽查凭证时需要大量复印相关单据造成纸张的浪费，纳税检查仍停留在纸质化阶段；（2）获取被检查单位的信息资源分散，无法对已经获取的信息资源进行更进一步的分析和利用，由于有些选案没有对以前年度的纳税检查相关资料留底，需要重新寻找纳税检查切入点，严重影响了纳税检查的工作效率；（3）某些地方的纳税检查科技水平欠缺，使得导入数据缺乏准确性，执行程序不够规范，导致选案的失真，这在纳税检查的实际操作中制约了信息化水平的提高；（4）某些地方在纳税检查初始阶段忽视了对于财务数据获取来源的判断，只注重后期对于数据的数字化分析处理及与以前年度的纵向比较。（5）纳税检查在全国范围内缺乏规范、完整、统一的检查信息化管理系统，无法实现信息共享及工作交流。目前我国的纳税检查工作过分注重对于流失税款的追缴及对违法单位的惩处，而忽视纳税检查效率的提高，造成低效的管理状况。大多数情况下，纳税检查工作人员主要依靠被检查单位提供的申报纳税相关资料及本年度应缴税款的数据进行纳税检查，一旦信息失真那么会给纳税检查工作带来困难，也会影响纳税检查结果的准确性，造成纳税检查的效率低下。
2.4 纳税检查工作缺乏客观公平性。
税收监督管理工作的基本原则之一是税收公平性，而税收公平性不仅体现在对于纳税对象的确定、应缴税款的规定，在税收政策制定、实施、完善及税收制度的管理监督方面同样需要税收公平性的支撑。而在税款征收的管理过程中，纳税检查扮演着不可替代的关键角色，因此纳税检查也应该严格履行税收公平性的要求，最大限度的满足税收公平性。这既可以保证纳税人在税收征管方面的利益的基本公平又可以维持良好的税收管理秩序，确保国家税收收入的有力征管。然而在实际纳税检查操作过程中，税务机关为了完成定量的税收检查任务而确定选案，其对于税源大户的纳税检查没有遵守税收公平性，同时因为私人交情等关系导致可能存在偷逃税、避税嫌疑的纳税人免于纳税检查，给国家的税收收入造成重大损失，在纳税检查的选案中没有做到客观公平公正。在纳税检查后续阶段对于涉税行为的处罚缺乏统一的标准及规定，不同地区处罚力度不同，也严重损害了纳税人利益公平性的实现。
2.5 纳税检查执行程序缺乏系统化统一的规范。
被检查单位可通过多种途径进行偷逃税、避税，如：（1）对往来科目应收账款、预收账款、应付账款、预付账款、其他应收款、其他应付款进行巧妙的账务处理，转移销售收入、隐瞒采购成本、多结转管理费用等来做减本年利润，调减应纳税所得额，减少应交税金。（2）利用税收优惠政策，将本不符合可享受税收优惠的销售行为确定为享受低税率或者零税率的经营范围。（3）会计实务处理时，在日常生产经营行为中未开具足额增值税发票，或者相关原料购买单据、原料入库单据、销售收入金额发生单据不齐全，以此来隐瞒收入，相应地使得本年利润减少，人为地减少应交税金。（4）由于市场交易环境的时间变化，原料及生产成品发生合理价差，退回金额或者交易过程中产生的包装物押金金额在返还给被检查单位时，被检查单位并没有及时冲减对应科目导致往来款项长期挂账，这样就造成部分原料成本虚增，而销售收入未发生变化，因此企业本年利润虚减。相应地应交税金也随之减少。检查人员在进行纳税检查时并没有清晰的思路来执行实质性程序，而是发现问题时才去查找相关资料，纳税检查的人力配置缺乏优化配置，这必然会造成工作效率的低下及投入成本的增加。另外我国纳税检查的专业人员数量不多，很多检查人员在工作中仅仅是凭借经验进行纳税检查，并且不能独立办案，不熟悉企业的经营运作，对于财务会计知识及企业的财务软件不能熟练掌握，部分检查人员缺少严谨的工作态度及原则性、不能依法办事廉洁自律。
