而由港口企业去办理这些部门的手续，所需花费的时间与精力不少，常常存在码头竣工验收多年后，才拿到口岸及各口岸查验部门的审批手续，才开展正常生产经营的情况，严重影响了地方经济发展。
4、在港口经营发展与管理方面，存在港口业务增长需求与通关效能低下的矛盾。
近几年来，特别是十八届三中全会以来，随着中央关于政府职能转变的会议的召开与文件下发，各口岸联检单位的工作方式均有所转变，但在数次的港口行业座谈会及相关会议上，均有企业表示希望能提高广州港，特别是南沙港区的通关效率。
在《关于加快广州港发展的意见》（穗府〔2009〕17 号）第十三条中，特意提到了“改善口岸通关环境，提高通关效率。”通过建设电子口岸、港口电子数据交换（EDI）中心，建立货物联合查验作业机制，提高查验技术水平，协调和促进驻穗查验单位创新通关模式，提高通关和查验效率，提高港区国际中转和内河转关能力，优化广州港承接珠三角及周边地区货物的通关流程。
从法律授权和机构职责看，国家通过《进出境动植物检疫法》、《国境卫生检疫法》、《进出口商品检验法》、《海关法》、《出境入境边防检查条例》等法律授予各查验部门相应的监督权、检查权，例如：在旅检方面，检查进出境旅客的证件和物品的有边检、国检和海关；在货检方面， 检查进出境的运输工具、集装箱和货物的有边检、国检、海事和海关；在船检方面，则主要由海事负责。客观上，造成了对企业的多头管理，导致重复检查、开箱和重复收费的现象时有发生，严重影响了企业的正常生产，增加了企业负担，损害了国家形象。
对于企业来说，时间就是生命。一票货物往往这边检查完毕，那边通知还要检；一个集装箱由于多个部门职能不同，开了一次，再开一次，货主满肚怨言；一艘外国籍轮船到港，一批执法人员检查完走了，另一批人又上来检，船东无可奈何。查验环节多，所花费用必然也高，检查时间长，又影响货物进出口效率。
在广州港，万吨级轮船是乘潮进出，一误了潮水又要耽误一天。船舶的滞期费、货物的仓储费、特别是贸易履约时间的超期违约费等等，对企业来说，都是一笔笔不小的成本。通关效率的提高，意味着港口企业经济效益的提升。目前，在通关方面，往往是港口企业单方面联系各口岸联检单位，请求口岸联检单位就某批货或船舶提高检查放行速度。在此种情况下，行政相对人与行政单位的地位不平等，港口企业的压力可想而知。
当然，港口企业也可以请求口岸办出面协调，但广州市口岸办隶属于广州市政府办公厅，为市副局级，面对地方口岸联检单位，也存在协调难的情况，一方面，港口企业与隶属于地方政府办公厅的口岸办日常联系较少，无法及时反馈相关情况，口岸办也无法及时进行协调各查验部门；一方面，各查验部门都被赋予相应的监督检查权，依法行政无可厚非；另一方面查验部门自身的管理体制比较复杂。
四个部门都是所谓的“中央军”,分别属于公安部、质检总局、交通部、海关总署直接领导。广州各查验部门负责人为副厅级别，个别单位为正厅级别，而口岸办负责人仅为市副局级，在级别上也不平等，因此，口岸办在地方同级口岸查验机构中的地位和作用并不突出。
随着广州港疏港铁路的建设、保税港区、保税物流园区功能的不断完善，集装箱班轮航线的增加，广州港口快速增长的业务需求与现有口岸通关效率的提升之间面临的矛盾日益突出。
5、在港口安保方面，未能做到信息共享，未能起到联防共防的作用。
自美国“9.11”之后，国际反恐与安保形势越来越严峻，而国内各种群体事件、暴力事件时有发生，在港口安保方面，广州港务局的安全监督管理职能要求，与海事部门的船舶安全航行监管职能，边检部门的人员安保检查职能，商检部门的商品安全检验职能，皆有重叠之处。在各个重要、政治敏感时期，几个部门都能履行各自的安保检查职能，但如何在港口安保，特别是油品化工码头与客运码头的安保方面，如何做到信息共享，联防共防、快速反应方面，则是一个需要共同探讨的问题。
6、在电子口岸方面，尚需进一步推进。
在发达国家，因为要满足相关法律、法规及管理要求的平台的要求，所以采用的都是标准化的信息和单证，参与国际贸易和运输的各方，通过单一的切入点提交信息和单证，即可实现货物和旅客在各行政部门、相关企业的流转与查验。这种模式，不但能有效地配置资源，从而提高口岸运行效率，还能提高政府管理效能，增强执法的透明度与公信力，从而更加适应国际贸易及物流业的快速发展。
随着我国各级政府对信息化的重视，各部门都建设有适应本单位职能需求的一个或多个独立运行的信息系统，但往往缺乏集成和整合。同时，受管理体制、部门权利、利益和领导观念、思维认识等复杂因素的影响，广州港电子口岸建设推进乏力，运行乏味，要实现与国际先进的电子口岸模式接轨，还有很长一段路要走。
