4.2.2 激励效果不明显
绩效工资的激励效果不明显，是我省科研事业单位绩效工资改革过程当中显现出来的问题。目前的激励措施相对较为复杂，但也存在一定的随意性，有的时候单位在进行激励时找不到一个明确的激励对象，也就是说不知道去奖励谁。由于我省在绩效工资改革进程当中也是处于探索阶段，在岗位设置上缺乏合理的规划，没有对岗位的职责进行明细，因此，在绩效考核中无法按照岗位职责进行考核。目前我省大多科研事业单位的工资分配主要看职工的职称和职务。也就是说，绩效工资的激励效果在职称和职务较高的职工身上体现的较为明显。但是这种缺乏公平的陈旧的不符合历史趋势的制度必须改变。在研究过程当中，我们发现部分单位的职工仅仅是在做表面功夫，领导在时一个样，领导不在时另一个样，完全忽视了自身的岗位职责。中国人从古至今都有着一种“不患寡而患不均” 的不良心态，在科研事业单位工资改革当中也同样存在这样的心态，部分科研事业单位对所有的职工采取一视同仁的态度，宁愿奖励所有的职工也不愿意根据实际情况去处罚某些人。因此，就算单位上的绩效考核奖惩措施落实了，也不能够发挥出其应有的激励作用。诸如此类，绩效工资的激励作用淡然无存，将会严重阻碍我省科研事业单位的发展。
绩效工资的激励效果无法体现，就意味着绩效工资的调节作用失效。综上所述，江西省科研事业单位绩效工资改革必须充分发挥绩效工资的调节作用，将绩效工资的激励效果充分发挥，才能够进一步推进江西省科研事业单位的发展。
4.2.3 监督管理体系不完善
与旧的科研事业单位工资制度不同，科研事业单位绩效工资更加的强调透明。所以需要更加严格的监管体制来实行分级分层的监控。利用统分结合的监管体制，对收入分配秩序进行维护，将职工的绩效情况与工资收入结合起来监管。收入分配政策的严肃性需要各级政府部门来维护，特别是针对主管的人事部门，要严格的按照政策定期对各单位的绩效工资分配实行调控指导和检查，对违纪违规现象及时纠正。严肃分配秩序，使绩效工资被更广泛的接受。
一项制度体系的改革是一项漫长而又艰难的进程，当然，就江西省科研事业单位绩效工资改革而言，也存在着监督管理体系不完善的薄弱之处。科研事业单位职工的切身利益与科研事业单位绩效工资存在着十分紧密的联系 .从以往的经验告诉我们，无论是企业还是事业单位，在监督体系不完善的情况下，就会导致一系列的问题发生。缺乏一个科学、合理、有效的监督管理体系会导致我省科研事业单位绩效工资改革过程当中出现不公平、不公正、不科学、不合理等现象，甚至导致单位职工产生心理不平衡现象。这些都是与我省科研事业单位绩效工资改革的初衷和原则相违背的，这一现象将会严重的制约我省科研事业单位绩效工资改革。
4.2.4 岗位评价与绩效评估有待改进
1、岗位评价不科学
我国科研事业单位内部按岗位性质不同分为专业技术职务、管理职务以及工勤技能岗位三类。总体上涵盖了纷繁复杂的科研事业单位内各种岗位，据此可以进行各类岗位设置工作。
但是目前很多科研事业单位中存在着“双重身份”,甚至是“多重身份 ”的员工，例如，管理岗位工作人员不仅承担管理的职责，还同时兼任一定的技术岗位，如何聘用他们、给予什么样的岗位待遇，是完全按管理职责或是完全按技术职称还是两者兼有之？
2、绩效评估需要改进
在改革过程中绩效评估工作作为一项管理手段，虽然取得一定的成效，但更多的是受到大家的批评、责问，鲜见有成为典型、示范性的绩效评估案例可供大家借鉴。事业单位的绩效评估往往受本身单位性质的影响，容易忽视周围工作环境对员工工作的绩效影响。因此，也导致为了搞好内部平衡，出现的分配不公平。从而，岗位绩效制度因科学绩效评估的缺失难以真正发挥实效。
科学的绩效评估机制目前的事业单位还没有真正建立起来，绩效考核也只限于年度考核等几个主要形式的评估，在考核中又缺乏科学的衡量机制，往往带有情感因素、轮流思想、主观评价等因素影响考核结果。
4.3 对绩效工资改革认识不足
一项旧的制度改革、新的制度推行必然会给人们带来一定的影响，而科研事业单位自身的特殊性会造成职工对绩效工资改革认识上的偏差，将会严重阻碍我省科研事业单位绩效工资改革的推进。就现有存在的问题来看，绩效工资改革被看成是工资的普涨是一个较为严重的问题。现在很多科研事业单位的职工希望通过这次改革工资会普涨，这就使科研事业单位和职工都对绩效工资改革产生了一种预期。进行绩效工资改革要有正确的引导，例如提高效率、创新创造、多劳多得等。此次我省实行绩效工资改革并不是给单位职工普涨工资。
目前我省科研事业单位的数量较多，职工数量也很大，如果普遍涨工资的话，会加重政府的财政困难。有些管理层在设置他们单位的绩效工资系统时，对管理者与职工的工资故意拉大差距，这种严重倾斜的现象根本不能使职工提高工作积极性。在进行绩效考核时，有不少情况是按照管理者的意见来进行的，这种主导绩效考核的问题很容易发生不公平的现象。
一些职工简单的认为将绩效工资改革等同于涨工资，但是实际上，绩效工资改革仅有一部分的职工工资涨了，而大部分的职工工资总数没有明显的变化，甚至有一部分职工的工资相对以前来说减少了。甚至还有一些想法较为偏执的职工认为，实行绩效工资是使得自己本来应得的钱分给了别人。
目前，我省财政部门是按照科研事业单位职工在编人员工资的比例拨付奖励性绩效工资。因此，在一些科研事业单位当中，职称、职位高的职工得到的奖励性绩效工资相对较高，反之，职称、职位低的职工得到的绩效工资相对较低。当一些科研事业单位按照财政拨付的奖励性绩效工资总量来进行分配工资时，以往能够得到高工资的职工会认为单位是将自己本应得的那部分工资分给了其他职工，如此缺乏对绩效工资认识的情况将会导致职工之间产生心理不平衡，甚至产生直接矛盾。
4.4 缺乏政策指导
绩效工资考核是一个难度非常大的系统工程，然而我省科研事业单位的情况非常复杂，在一定程度上加大了考核的难度，因此，绩效工资改革的实施将会是一个长期的过程。我省科研事业单位绩效工资改革尚在探索阶段，缺乏绩效考核方面的经验。虽然现在有大批学者、政府关注绩效工资改革这一热点事件，但是现有的研究大多是根据企业的绩效工资体系作为参考对象，在事业单位方面仍缺少理论和实践相结合的研究案例，因此，我省科研事业单位也没有掌握一个行之有效的绩效考核办法。
我省此次绩效工资改革是根据国家改革办法同步执行的，但是，具体的改革细则还是由我省科研事业单位自行制定。如此一来，我省科研事业单位存在着一个严重、亟待解决的问题：缺乏规范性的政策指导。
我国在 2011 年出台的《事业单位岗位绩效工资制度》根据单位不同，将岗位工资和绩效工资的比例确定为 7:3、6:4 和 5:5 三个档次。科研事业单位的公益性质越强，其岗位工资所占比重越大 .岗位工资的实质是“以岗定薪，岗变薪变”.对岗位进行评估是科研事业单位实施岗位工资首要解决的问题，然而由于我省在科研事业单位岗位的管理上缺乏经验，为了要满足国家要求的岗位结构比例和规定的编制数，大部分科研事业单位只能按照结构和编制定岗，从而加大了科学规范定岗的难度，会导致我省科研事业单位绩效工资的实施缺乏科学性和合理性。
