与传统的诈骗不同，电信诈骗犯罪分子与被害人的联系方式均为电话或短信，无须直接和被害人见面，电信诈骗的组织者不抛头露面，使用单线方式进行远程操控，到银行提取或转移诈骗所得的钱款从不出面，只是指使其级别较低的手下或是以提成方式雇佣闲杂人员对赃款进行转移或提取，使侦查机关即使顺着资金流向找到相关线索，抓到取款人或转账者也很难抓捕到首要分子。
大多数的电信诈骗犯罪案件均涉及到国外和我国台湾，其中不乏外国人，还有大量的台湾人。从而在案件办理的过程中，造成了很多的障碍，涉及到国际协作和区域协作的问题。我国大陆和台湾因为历史原因，很多台湾人借两岸的法律协作的空子，采用大陆作案，台湾取款，形成了一条完整的犯罪“产业链”,虽然两岸签订了很多协作协议，但在执行上还有很多差距，对犯罪分子的打击处理力度不够，案件的侦破难度很大。因为电信诈骗有不少是跨国犯罪，各国法律制度不一，给调查取证，抓获犯罪嫌疑人带来了相当大的困难。
为防止公安定位车定位抓捕，犯罪分子作案地点往往选择在深山峡谷之中，山下有专人放哨，每天早上天刚亮的时候，犯罪分子乘坐摩托车或者步行上山，不携带自己的通讯工具，到山上后找出隐藏在山上的作案手机、笔记本电脑（无线上网）等作案工具开始作案，作案时间段与司法机关上下班时间一致，作案手机只允许接听，不允许拨打电话，诱骗受害人转款成功后，由事先联系好的专业取款人对骗到的钱款迅速分转，由下线在全国各地迅速取款，取款成功后，专业取款人提成10%到20%不等，剩余钱款转入犯罪分子事先准备好旳账户或者直接收取现金，后采用各种方法把所得的赃款漂白。
电信类诈骗案件涉及我国的许多省份，案件的侦破查需要办案单位的异地协作，但目前我国公安机关的跨省办案协作机制不够完善，异地协作甚至跨国协作，都需要行政层级的层层审批，费时费力。该类案件在办理过程中往往需要跨省甚至跨境进行侦查，需要投入大量的警力、经费，全国的公安行内行外的办案协作存在困难。办案协作效率的低下和办案人员在层层审批时手续的繁琐，制约了案件及时的侦破，从而使犯罪分子逃脱法律的制裁。
3. 3犯罪嫌疑人归案难
由于犯罪分子流动性强、反侦查能力强，致使抓捕很难，真正的电信诈骗犯罪集团的主要人员或核心人员基本上都位于我国境外，实施抓捕困难，能够抓住的仅仅是集团最低级的人员。作案人数众多，上下层级之间都是单线联系，成员之间不熟悉而且分工细致明确，拨打诈骗电话，幵虚假银行账户，购买手机，转账，不同的地方取款、消费都有专人负责，留下的破案线索很凌乱，给公安机关侦破带来诸多困难。
电信诈骗犯罪的头目一般都在境外，从目前办案所抓获的人员来看，基本都为非核心人员，犯罪分子基本上都是异地作案、跨区域跨行，甚至跨国取款。大多犯罪分子分散于东南亚各国。主要电信诈骗头目和电信诈骗集团的根据地一直位于我国的境外地区，按照我国现行的法律和有关国家签订的协议，以及相关的国际法，将其从根源上打击处理掉是非常困难的。
3. 4赃款追回难
因为公安机关与银行等部门缺乏快速协作机制，银行对涉案资金的冻结和相关信息的查询跟不上案件的侦查需求，公安机关对银行账号的查询不能做到迅速有效，银行所需的手续繁琐，对侦查和资金冻结造成了障碍，在公安机关追查赃款的流向速度上落后于犯罪分子将赃款化整为零，将赃款转移。而用于分散取款的银行账户都是非实名制的账户，所以为打击诈骗犯罪分子增加了难度。有的时候犯罪分子诈骗数百万块钱，在极短的时间内就被打散为小额现金转移到了各地，而且很快就被人在ATM机上取走了。因此，即使案件侦破后，要想追回赃款，难度较大。
当前，公安机关在电信诈骗案件的始发阶段，如能及时冻结诈骗账户，就能及时为受害群众止损。从一定意义上说，群众对追赃止损的关注程度远远高于公安机关破不破案，而公安机关却面临着“有赃不能返”的递她局面。依据《刑事诉讼法》第142条，公安机关有权对涉嫌诈骗的银行账户进行查询、冻结，但无权对诈骗账户内的赃款进行扣划。
目前，已冻结贱户内的赃款处理方法主要视案件侦破情况而定：案件侦破后经法院判结的，由罪犯进行赔偿或由法院依据《民事诉讼法》相应条款进行扣划强制执行；案件未侦破的，公安机关于账户冻结期限（6个月）到期前再次进行冻结固定赃款，但无法进行扣划返赃。
