（三）检察机关自身适用非法证据排除规则难
新刑事诉讼法赋予了检察机关对非法证据的排除权利，但在实践中，检察机关自身适用非法证据排除规则排除非法证据寥寥无几。
1.检察机关承认自身非法取证难。
首先，从客观上讲，检察阶段适用非法证据排除程序不具体。与审判阶段较为具体的操作规程相比，检察环节排除非法证据的规定则较为笼统，即仅从权力赋予的角度明确了检察机关具有非法证据排除的职权，而至于程序应如何启动、依何种标准进行审查排除等关键问题，无论是《非法证据排除规定》还是新《刑事诉讼法》则均是语焉不详。
其次，从主观上讲，检察机关也不愿进行自我排除。《非法证据排除规定》第 3 条确定了审查批捕和审查起诉过程中人民检察院应对非法言词证据进行排除。这是因为在我国检察机关负有法律监督职能，在我国，法律监督职特指人民检察院通过运用法律赋予的职务犯罪侦查权、公诉权和诉讼监督权，追诉犯罪和纠正法律适用中的违法行为来保障国家法律在全国范围内统一正确实施的专门工作。然而，由于检察机关与公安机关都履行追诉犯罪的基本职能，二者具有一致的目标，检察机关与公安机关之间更多的是强调互相配合，而不是互相制约。公安局是做饭的，检察院是端饭的，法院是吃饭的，这句话形象而深刻地描述了我国刑事诉讼的侦查中心主义特征。在这种情况下，侦查活动缺乏应有的控制。特别是职务犯罪案件，因为其本身就是检察机关（主要是反贪局和反渎局）自己侦查的，侦查部门自己不可能认为自己非法取证，至于本院公诉部门和负责逮捕审查的上级检察院侦查监督部门虽然也可以对非法证据进行排除，但往往出于是同一单位或者上下级关系的考虑，对侦查部门所办理的案件中的非法证据一般要求进行补证或者出具情况说明证明其取证合法。
2.检察机关证明自身合法难。
一是公诉人发现、调查非法取证难。
从非法取证的时间来看，非法证据产生与调查存在时间差，非法证据一般产生于侦查阶段，而非法证据排除程序的启动或调查相对集中于审查起诉或法庭庭审阶段。此时，屈打成招所致的伤情难以即时检查、固定或鉴定，讯问环境也多已时过境迁。侦查机关对到案经过、讯问过程等情况说明轻描淡写，侦查监督活动无奈疏于形式，公诉部门与审判机关对侦查活动无从知晓。面对辩方异议，仅凭公诉人之力举证证明侦查讯问过程合法性，难免力不从心.
从非法取证的主体来看，非法取证的主体主要是公安人员与检察人员，上述人员不仅拥有强大的权力，而且一般均具有必要的法律知识，对他们实施的非法取证行为，举证难度很大。因为，为了避免因非法取证行为被揭穿而导致的一系列不利后果，包括由此取得之证据被排除，影响破案率以及本人因违法、犯罪而被追究相应的法律责任等，他们一般均选择隐蔽的、不易为外人发现的时间、地点和方法进行取证。如在深夜提审犯罪嫌疑人，在本机关内部的审讯室讯问犯罪嫌疑人，以及使用不留伤痕的精神折磨等方法逼取口供等。除了犯罪嫌疑人本人以外，很少有其他目击者，也没有可供鉴定的肉体伤或其他物证.
二是公诉人证明合法取证手段有限。
我国侦查机关在卷宗形成过程中处于绝对控制地位，通过案卷笔录深刻影响法庭审判，成为整个刑事诉讼的中心，侦查活动违法情况自然难以显现于卷宗内。公诉人通过查阅卷宗，提讯犯罪嫌疑人等方式，无法全面重现讯问过程，难以充分核查卷宗信息，举证证明讯问过程合法性手段有限。
三是公诉人证明证据合法性的标准过高。
《关于办理刑事案件排除非法证据若干问题的规定》第 11 条规定：对被告人审判前供述的合法性，公诉人不提供证据加以证明，或者已提供的证据不够确实、充分的，该供述不能作为定案的根据。 新刑诉法第 58 条规定：对于经过法庭审理，确认或者不能排除存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，对有关证据应当予以排除。
以上表明：控方的举证要达到确实、充分的程度，使法庭确信该证据系合法取得； 控方如果不能举证，或者已提供的证据不够确实、充分，则应当承担证据被排除的法律后果。该规定对控方的证明责任提出了很高的要求，如果这一标准能得到严格贯彻执行，将起到很好的排除非法证据的效果。如此严格的证明要求，也可能使公诉方感到很困难即公诉人对证据合法性的证明要达到确实、充分的程度。
（四）法院排除难
一是实施非法证据排除规则，法官自由裁量权难以统一。
比如对非法言词证据排除，什么是其他非法方法虽然司法解释已经进行了明确，但在实践中仍难以把握。确认或者不能够排除存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的这个确认是不是合理怀疑?合理怀疑与排除合理怀疑的度又该如何把握？这些问题都无法直接量化和统一，只能由法官行使自由裁量权，根据具体案情具体分析。而不同法官的认识水准和把握尺度存在差异，导致相同情况不同处理，容易引起被告人的异议和不满，影响刑事审判工作整体的法律效果和社会效果。
二是法院实施了非法证据排除，容易恶化法院和检察院之间的关系。因为职务犯罪案件证据时常呈现物证少，书证、言词证据多的特点，非法证据也主要表现为非法言词证据，如果法院对检察机关侦查的职务犯罪案件中的非法证据进行排除，有可能导致被告人无罪，导致检察机关办了冤假错案，这是检察院所不能接受的。基于人民检察院和人民法院在刑事诉讼中是分工负责。互相配合、互相制约的关系，同时人民检察院也是法律监督机关，有权对刑事诉讼实行法律监督，最终导致人民法院对于人民检察院办理的职务犯罪案件中的非法证据排除流于形式。
（五）相关配套制度运用难
非法证据排除规则并非一个孤立的法律制度，要保证其有效运作，必须健全与完善与之相配套的一系列制度。当前，相关配套制度仍不健全、不完善。
1.同步录音录像运用难。
证明讯问取证过程合法性最好的方法是向法庭提供讯问时的录音、录像。新刑诉法第 121 条规定： 侦查人员在讯问犯罪嫌疑人的时候，可以对讯问过程进行录音或者录像； 对于可能判处无期徒刑、死刑的案件或者其他重大犯罪案件，应当对讯问过程进行录音或者录像。录音或者录像应当全程进行，保持完整性。其中关于讯问中录音录像的要求，可以解决非法证据排除规则的证明问题，还有利于防止非法取证，也可以防止犯罪嫌疑人以自残的方式诬陷侦查人员。但同步录音录像运用在实践中也存在许多问题。
（1）同步录音录像的法律性质不明。
新刑诉法和《人民检察院刑事诉讼规则（试行）》，均没有明确规定同步录音录像资料的法律性质。理论界和实务界对同步录音录像资料是不是证据，是何种证据还有较大争议。尽管《人民检察院讯问职务犯罪嫌疑人实行全程同步录音录像的规定》第 2 条规定：讯问录音、录像是人民检察院在直接受理侦查职务犯罪案件工作中规范讯问行为、保证讯问活动合法性的重要手段,检察机关似乎自我解释同步录音录像资料只是辅助资料，不是证据。但在检察机关内部，对同步录音录像资料的属性也有不同看法。有人认为：同步录音录像是证明侦查讯问程序正当性、合法性的试听资料证据。也有人认为：同步录音录像不是证据，更不是试听资料，它属于人民检察院职务犯罪侦查的辅助手段。明确同步录音录像的法律性质的意义在于，如果同步录音录像资料是证据，则在审查起诉阶段，律师就可以查阅、复制、摘抄，在法院审判阶段，甚至还可能被认定为非法证据而排除；如果不是证据，仅仅是检察机关内部的监督资料，则可以不对外公开。
（2）同步录音录像的适用对象有限。
一是并非所有的职务犯罪案件在讯问时都必须录音录像。在讯问时可以录音录像,意味着也可以不录音录像；二是对于询问证人是否必须录音录像没有规定。
（3）同步录音录像的全程性、完整性难以保证。
根据 2014 年 5 月最高人民检察院印发的《人民检察院讯问职务犯罪嫌疑人实行全程同步录音录像的规定》，全程应该是指在看守所、人民检察院的讯问室或者犯罪嫌疑人地点住处等地点讯问的，讯问录音录像应当从犯罪嫌疑人进入讯问室或者讯问人员进入其住处时开始录制，至犯罪嫌疑人在讯问笔录上签字、捺指印，离开讯问室或者讯问人员离开犯罪嫌疑人的住处等地点时结束。完整是指应当对每一次讯问的全过程实施不间断的录音、录像,不得选择性录制，不得剪接、删改.实践中存在的问题在于，一是办案人员往往是先谈好了再录，不供不录,对于犯罪嫌疑人有罪供述录，无罪的辩解则不录；二是录音录像设备安装、调适也需要一段时间，这给讯问人员提供了做犯罪嫌疑人工作的时间和没有进入讯问室就录音录像的借口；三是有时会出现技术故障等客观情况导致无法录音、录像或者录音、录像不完整。
2.证人出庭作证难。
证人出庭作证，有助于法官在庭审的过程中，通过直接向证人质证、认证更好的判断证人证言的真伪，从而有助于发现案件事实并对非法言词证据作出正确的处理。因此，证人出庭作证，是刑事庭审制度的基本要求，同时也是保证司法公正的基本措施。但在司法实践中，证人极少出庭作证的现象普遍存在。
（1）普通证人出庭作证难。
由于证人出庭作证的义务在立法上弹性大、缺乏保障机制、缺乏经济补偿制度、受中国传统法律文化的影响、证人法律意识淡薄，在职务犯罪案件中，普通证人，如贿赂案件的送钱人，几乎很少有人出庭作证。
（2）侦查人员出庭作证更难。
修改后的《刑事诉讼法》第 57 条规定：现有证据材料不能证明证据收集的合法性的，人民检察院可以提请人民法院通知有关侦查人员或者其他人员出庭说明情况；人民法院可以通知有关侦查人员或者其他人员出庭说明情况。有关侦查人员或者其他人员也可以要求出庭说明情况。
经人民法院通知，有关人员应当出庭。三个可以,表明侦查人员出庭作证不具有强制性。在实践中，职务犯罪案件本身就是检察机关自己查办的，一般不会通知自己的侦查人员去出庭作证，法院出于和检察院之间的关系，一般也不通知侦查人员出庭作证，即使通知了，侦查人员一般也出庭作证。
3.落实不强迫自证其罪难。
新刑诉法第 50 条增加了不得强迫任何人证实自己有罪这是不得强迫任何人证实自己有罪的国际准则在我国立法上的体现。新刑诉法增加不得强迫任何人证实自己有罪条款之主要目的是防止刑讯逼供，而刑讯逼供、暴力取证正是职务犯罪案件非法言词证据产生的主要原因。非法证据排除是落实不强迫自证其罪的具体措施之一，不强迫自证其罪还可以通过赋予犯罪嫌疑人沉默权的方式实现。非法证据排除与沉默权制度也是密切相关的，如果赋予犯罪嫌疑人沉默权，可能从源头上就没有了非法口供。遗憾的是，新刑诉法虽然增加了不得强迫任何人证实自己有罪,但是在第 118 条也规定了：犯罪嫌疑人对侦查人员的提问，应当如实回答。这条规定与联合国人权公约中所规定的任何人不强迫承认有罪的精神是不相吻合的。应当如实回答成为被告人的义务，甚至成为强迫被告人作供述的法律依据。
4.非法证据排除责任追究落实难。
虽然新刑诉法扩大了非法证据排除的主体，使非法证据排除的主体包括审判人员、检察人员和侦查人员，但对于审判人员、检察人员和侦查人员不排除非法证据的行为是否应追究责任，法律没有明确规定。
