既然是在新古典经济学框架内对政治问题进行研究，新政治经济学的研究对象必然与新古典经济学相一致，那就是理性、自利的行为人的选择问题。因此，本文把看似包罗万象的新政治经济学的研究主题归纳为两类：政策选择和政治制度的选择。前者是在既定的政治制度下研究经济政策的最优选择问题，后者是研究选择什么样的政治制度以实现最大配置效率的问题。
第一类研究主题 “借助经济学的基本工具为政策选择建立模型，并将其视为理性人之间的策略性互动作用的均衡结果”.① 这类研究 “主要围绕代表性民主国家的政治决策过程而展开”,② 而 “代表性民主国家”意味着特定类型的一种政治制度，新政治经济学把这种政治制度 “看成是既定的，而且是决定经济政策的重要因素”.③ 在这种既定的政治制度下，“政府应基于公共利益而作为，但政府存在出错的可能。因而，良政必须由能对政府官员提供足够激励的制度框架来保障。但仅有激励条件远不是良政的完备条件，必须确保能选择出卓越领导者---激励条件和政治选举是两大核心主题”.④于是，这一类型研究主题的出发点就是 “政府存在出错的可能”,由此引出的第一个问题是，如何判别政府的 “对”与 “错”?有关 “政府失灵”的讨论，即围绕着这个问题展开。“政府失灵”有两层含义。第一层含义是政府干预失灵，主要是把新政治经济学理论和模型与新古典宏观经济学相结合，得到政府干预无效的传统结论。⑤ 干预经济的政府是 “错”的，不干预经济的政府是 “对”的。第二层含义是政府未能使公共利益最大化，这是新政治经济学主要关注的问题。为公共利益的政府是 “对”的，为私人利益的政府是 “错”的。
从政府失灵的第二层含义中引出了新政治经济学的第一个主要研究领域：政府为什么出错？利益不一致是政府出错的根源。作为经济人的政府官员追求的是私利，选民需要的是公利。由于信息不完全而导致的委托-代理问题，是选民难以实现所需要的公利最大化的一个原因。除此之外，利益集团的影响、政治垄断产生的寻租、集体行动的困难、政治领导人的执政能力等因素，都增大了政府出错的可能性。
如何最大限度地减少政府出错的可能？这是从上述政府失灵的第二层含义中引出的新政治经济学的第二个主要研究领域。第一个办法是按照委托-代理理论的解决方案，设计恰当的激励机制，在制度安排上让政府官员将对私利的追求与公利的实现相结合。与信息问题相关的媒体、民间社团等因素对 “良政”的促进因而也成为新政治经济学的研究领域。但是，由于 “仅有激励条件远不是良政的完备条件”,所以需要在选举制度上做文章，保证 “卓越的领导人”能够当选。
总之，新政治经济学的第一类研究主题围绕着什么是最优政策、为何不能实现政策的最优选择、如何实现最优政策选择这些问题而展开，在进行一般性的理论分析和模型构建的同时，也涉及了货币政策、财政政策、再分配政策、国际经济政策等具体问题。
新政治经济学的第二类研究主题是最优政治制度的选择，其中涉及两方面的问题。
一方面，新政治经济学比较不同政体下的政治决策，具体涉及总统-国会制政体和议会制政体，就两种政体下的政府规模、公共品支出效率等问题进行比较，得到的结论是两种政体各有优劣。另一方面，新政治经济学对所谓 “民主政治”和 “独裁政治”进行比较研究，重点探讨两种政治制度对经济发展的作用。这方面的研究以近年来阿西莫格鲁和合作者的系列着作为代表。① 第一方面的比较难以确定哪种政体为最优，但第二方面的比较得到的结论再清楚不过了。
三、新政治经济学的性质。
新政治经济学作为新古典正统经济学的一个分支，是 “经济学帝国主义”的一种表现，是新自由主义经济学的一个组成部分。
（一）新政治经济学是 “经济学帝国主义”的表现。
虽然新政治经济学家否认新政治经济学与经济学帝国主义有关，认为其目标是“在经济学家具有比较优势的领域产生有关政治的新洞见”,进而 “补充而不是替代社会科学其他分支产生的知识”,① 但这种否定是无效的。
莱昂内尔·罗宾斯把经济学定义为研究用稀缺手段达到既定目的的行为的科学。②这个定义为经济学帝国主义铺平了道路，因为无论人们的行为是什么目的，只要为了达到这些目的必须使用稀缺手段，或者必须权衡将稀缺手段用于哪个目的，这样的行为就是经济学的研究对象。无论是新政治经济学的理论渊源，还是当前的研究主题，都是把理性选择这个西方正统经济学的基本分析工具运用到政治问题的研究中去。公共选择理论这个新政治经济学的主要来源，在20世纪50-60年代与贝克尔 “入侵”社会学、波斯纳 “入侵”法学一起，“入侵”到政治学领域，成为经济学帝国主义的典型代表。新政治经济学虽然已不再局限于公共选择理论的研究范围，但并未改变以理性选择为基础的研究方法，仍然是对政治学的 “入侵”.这种 “入侵”或者经济学帝国主义的特征表现在两个方面。首先，新政治经济学对待政治学研究方法和理论的态度是傲慢的，认为经济学家对政治问题的研究 “具有比较优势”.这种优势表现在理性选择观念上，表现在各种分析模型中，也就是认为经济学家研究政治问题的方法才是“科学”的。殊不知，在政治学家看来，新政治经济学对政治问题的研究不过是 “肤浅的经济学类比”.③ 其次，新政治经济学并未全面补充政治学产生的知识。新政治经济学家之所以认为他们的研究是对政治学研究成果的补充而不是替代，是因为在政治学研究中同样存在一个理性选择传统，这个传统可以追溯到威廉·里克尔的实证政治理论，④ “研究特定政治制度中的集体选择问题，通过非合作博弈论工具为具体的制度规定建模”.⑤ 新政治经济学的方法和主题与政治学中的这一个传统相吻合，所谓补充，只不过是对这个政治学传统的补充，但这个传统远不能代表整个政治学。
无论新政治经济学家如何辩护，都改变不了新政治经济学的经济学帝国主义性质。
相反，真正与政治学相互补充、用跨学科方法开展的经济学研究却被排除在新政治经济学的范围之外。那就是埃莉诺·奥斯特罗姆的 “第二代集体行动理论”.奥斯特罗姆充分吸收了社会学、政治学以及非正统经济学 （主要是康芒斯）在社会资本、合作行为、制度等方面的研究成果，运用演化博弈论对集体行动的研究，克服了奥尔森等人的 “第一代集体行动理论”的缺陷，对集体行动以及相关的政治问题给出了令人信服的解释。① 但是，同样研究集体行动问题的新政治经济学却没有吸收奥斯特罗姆的理论，说明经济学帝国主义的做法与真正的跨学科研究是不相容的。
（二）新政治经济学是新自由主义经济学的组成部分。
新政治经济学是新自由主义经济学的一个组成部分，不过，与新自由主义经济学的主体相比，新政治经济学的新自由主义属性并不明显，因为它以政府和政策为研究对象，从而看似与排斥政府干预、宣称政策无效的新自由主义经济学不相干。然而这只是表面现象。
首先，新政治经济学对政府和政策的研究所持的是新自由主义的市场原教旨主义立场，抛弃了凯恩斯主义研究这些问题的工具主义做法。凯恩斯主义的政府和政策理论看到的是政府在公共利益方面的作为，认为 “政府可以提高公民生活的活动范围，通过界定产权和司法判决为市场体系提供制度基础，对外部性进行规制，弥补市场对公共品供给的不足，规制市场垄断力量的滥用，对有关社会群体在资源分配上予以照顾”.② 而新政治经济学看到的是政府在公共利益方面的无作为---政府失灵。如前述，新政治经济学探讨了政府失灵的原因，其中体现了新自由主义的市场原教旨主义的主要元素。人追求私利的本性是市场原教旨主义的逻辑起点，也是新政治经济学分析政治问题的基本前提，在此基础上其找到了政府失灵的根本原因---利益不一致。自由市场是市场原教旨主义的终极追求，认为自由市场是经济自由从而政治自由的保障。
新政治经济学把经济和政治作了一个简单的类比，用 “政治市场”观念把经济市场的分析嫁接到政治问题上，探讨如何克服信息不完全对政治市场上的自由选择和均衡实现的干扰，以保证自由、平等和秩序。③ 此外，在新政治经济学中广泛使用的契约、产权、制度等理论，都是原封不动地来自新自由主义经济学。
其次，新政治经济学对所谓 “包容性制度”也就是西方民主制度的推崇，更为明显地体现了它的新自由主义经济学属性。① 新政治经济学向发展中国家兜售的 “包容性制度”,与新自由主义经济学向发展中国家兜售的市场化、自由化和私有化药方并无二致。“包容性制度”包括包容性政治制度和包容性经济制度。 “所谓包容性，从政治上讲，强调人民或者说广大群众具有政治权利，能够参与政治活动，选举领导人或当权者，选举政策制定者，领导人或当权者是人民或者选民的代理人而不是统治者，任何人都有成为领导人、当权者或者政策制定者的机会或可能性；从经济上讲，强调自由进入和竞争，任何人……都可以获得生产性收益的绝大部分或者全部，人们具有很高的生产性激励。”② 可见，“包容性制度”从经济上来看就是自由市场经济制度。新政治经济学不仅沿袭了新自由主义经济学对自由市场经济制度的推崇，而且还在新自由主义经济学向发展中国家兜售的药方中增加了西方民主制度这个维度。
