但是由于我国《刑事诉讼法》修正案及其相关解释并未明确违法所得没收程序的法律性质，且不同的法官对该程序认识程度的不同，导致实践中不同的司法机关适用违法所得没收程序时对其定性不一，采取不同的证明标准。关于违法所得没收程序的性质，相关立法并未对其进行定位。在准确定位违法所得没收程序的性质前，需经由以下两个角度剖析后加以总结：
（1）违法所得没收程序与传统刑事诉讼审判程序不同。原因在于，违法所得没收程序处理的事项仅是对拟没收的财产进行单独处理：属于违法所得及其他涉案财产的予以没收；属于非涉案财产的要及时返还给财产权利人，并不处理犯罪嫌疑人、被告人的刑事责任，也就是说没收程序是以物为中心的。而普通的刑事审判程序是以人为中心的，着重判定犯罪嫌疑人、被告人的刑事责任，对其进行定罪量刑后再对其违法所得进行处理。虽然违法所得没收程序是以刑事诉讼程序的启动为前提，且在实体结果的作出时，会考虑犯罪嫌疑人、被告人如果到案的刑事责任承担之因素，但仍是单独对物进行处理的程序，因此并不同于普通的刑事诉讼程序。
（2）该程序区别于其他相关程序。首先，从上述分析可知，其不同于与普通的刑事审判程序；其次，与刑事附带民事诉讼程序也不一样。附带民事诉讼程序本质上是一种民事诉讼程序，解决的是犯罪嫌疑人、被告人的民事赔偿问题，但没收程序仅是对拟没收财产进行单独的处理，并不解决犯罪嫌疑人、被告人的民事责任问题；最后，其与民事没收程序不同。民事没收程序的程序结果具有补偿的性质，处理的是平等主体之间的财产纠纷问题，而违法所得没收程序审理的对象虽然仅是财物，但是该财物来源的性质是涉嫌犯罪的违法所得，因而该程序体现的是国家公权力对犯罪嫌疑人、被告人个人财产的处分，也就是说适用没收程序的前提必定是行为人涉嫌刑事犯罪。
事实上，违法所得没收程序在国外许多国家发展的较为完善，并将其视为一种特殊的民事诉讼程序，如美国的民事没收制度与英国的民事追缴制度。而在我国，违法所得没收程序究竟应该还属于哪一种程序，如何对其性质予以定位呢？下文将结合我国司法实践现状和学界主流观点详细探讨。
4.对证明规则要求不一致
虽然有关没收程序案件的实证案例迄今为止还很少，但笔者通过搜集相关实务机关人员结合其审判经验发表的文献资料中可以发现：无论是在修正案中，还是在后面颁行的修正案司法解释中，在适用过程中这一程序对证据适用的问题均缺乏系统明确的规定。主要是人民法院审理违法所得没收程序案件的证明标准不明确的问题。
刑事诉讼法修正案没有明确没收程序案件的证明标准，只是使用了"经查证"三个字。违法所得没收程序作为修正后刑事诉讼体系中的一种特别程序，在一些规则的适用上肯定存在其特殊性，但是由于 2012 年刑事诉讼法修正案对这一程序并没有作出详细的规定，而仅对其内容作了原则性规定，因此在司法实践中就会面临许多难题，比如没收程序中证明规则的适用尚不明确的问题。由于人民法院审理没收程序过程中会涉及开庭审理的问题，因而不可避免会面临举证和质证等程序问题。在没收程序中对于以上问题就有两个证据规则方面的问题：
第一是证明标准，在没收程序中也就是证明要达到何种程度人民法院才可以作出没收违法所得的裁定？按照 2012 年《刑事诉讼法》的规定，对犯罪嫌疑人、被告人定罪审判的证据必须达到"案件事实清楚，证据确实、充分"的证明标准，而在违法所得没收程序当中，由于该程序是不需要对犯罪嫌疑人、被告人进行定罪量刑的情况下进行的，因而对于证明财物为违法所得或涉案财产的证据是该与审判定罪的"案件事实清楚，证据确实、充分"的证明标准一致，还是只需要证明该财物为"违法所得"或"其他涉案财产"即可？
第二是举证责任，在违法所得没收程序中也就是指由谁来承担证明财物是违法所得还是合法财产的责任。根据我国现今的刑事诉讼体系一般原则，在没收程序中的举证责任是由提出没收申请的检察院来承担，即由检察院来证明没收财产属于违法所得的事实。但是，立法没有明确规定在犯罪嫌疑人、被告人的近亲属或者其他利害关系人对没收对象主张拥有合法权利时的证明责任由谁来承担。到底是秉持民事诉讼的"谁主张，谁举证"证明原则还是由检察院统一负担所有的没收财产属于违法所得的事实？其实，在利害关系人对没收对象主张拥有合法权利时由提出主张者证明其主张的事实，一方面有利于维护利害关系人自身的合法财产权益，另一方面也有利于利害关系人有证据对检察院的没收申请提出有力的对抗。因此，在有犯罪嫌疑人、被告人的近亲属或者其他利害关系人申请参加没收程序中的情况下，为保护他们合法的财产权利，立法是否该考虑建立由他们来承担证明其对没收对象拥有合法权利的补充规则。
从上述分析可知，违法所得没收程序在具体适用过程中对证据适用的问题缺乏系统明确的规定，为保证刑事诉讼法的预测效果和教育效果，这一问题也亟需统一解决。
5.权利保障不到位
2012 年《刑事诉讼法》第二百八十二条第二款规定了犯罪嫌疑人、被告人的近亲属和利害关系人可以对法院审理违法所得没收程序的审理结果不服的提出上诉，或者检察院不服的可以提出抗诉，但是 2012 年《刑事诉讼法》和随后出台的《解释》均无明确规定违法所得没收程序二审的审理程序，也无具体规定近亲属和利害关系人上诉以及检察机关抗诉适用哪一种程序审理，这导致了财产权利人合法权利得不得有效的保护。此外，2012 年《刑事诉讼法》第二百八十三条第二款规定了人民法院对犯罪嫌疑人、被告人的财产没收确有错误的情况下，应予以返还或赔偿，但是《刑事诉讼法》和《解释》均无对"确有错误"的标准统一认定，还有"确有错误"导致的错判属于何种性质，该赔偿程序如何和其他相关法律制度进行衔接等问题，都还需具体而实用的解释予以补充。
实务机关有人认为，如果在没收程序审理过程中犯罪嫌疑人、被告人自首到案或者被抓获到案的，法院应当终止该程序的审理；若没收程序的审理完毕而尚未执行时犯罪嫌疑人、被告人到案的，审理的结果则效力待定。此种处理的理由是一旦犯罪嫌疑人、被告人到案，司法机关都应当启动普通刑事诉讼程序，对犯罪嫌疑人、被告人的犯罪事实和违法所得一并进行审理。但是如果没收程序已经执行完毕且原没收裁定正确的，对没收程序作出的裁定则予以维持，且在犯罪嫌疑人、被告人定罪量刑后的判决书中予以确认；若经审查后发现原没收裁定的错误的，法院则应依照审判监督程序对该裁定进行撤销，对犯罪嫌疑人、被告人进行审判定罪时对刑事责任及违法所得一并进行处理。
然而对该问题实务机关中有人持不同观点，他们认为如果存在错误的没收裁定，应直接在新的判决中对原没收裁定进行撤销，而不必启动审判监督程序对错误的没收裁定进行撤销，从而节约司法资源。对于存在错误没收财产的情形，有人认为应当通过执行回转程序予以返还，对于造成必要的损失还应当进行赔偿。
