（2）缺乏对执行机关办案的规制条例，可能造成刑讯逼供
原来在看守所、办案人员受到《看守所条例》的规制，一切行为都是在法律规定授权的范围内进行的，但是如今指定居所进行监视居住，由于其执行地点的特殊性，办案机关对于被指定居所监视居住人的约束处于一种法律空白状态，适用起来高度灵活。而我国侦查机关历来“重口供、轻证据”的执法理念很难让我们相信他们在对被指定监视居住人讯问过程中会“循规蹈矩”.有学者指出，近几年我们致力于杜绝在看守所外办案，同步录音录像就是为了防止刑讯逼供，排除非法证据，但是“指定居所”这一办案环境的无规制状态不得不引发我们的担忧，笔者认为，这样担忧不是多余的，指定居所监视居住作为一种限制犯罪嫌疑人、被告人人身自由的强制措施，办案机关如果没有一定的规章约束势必造成对犯罪嫌疑人、被告人权利的侵害，不排除司法实践中，办案机关甚至会用指定居所监视居住来规避拘留和逮捕。
（3）指定居所监视居住折抵刑期规定的太笼统
指定居所监视居住折抵刑期的规定是一种为了保障犯罪嫌疑人、被告人权利的务实选择，笔者认为该规定是进步的。
不足之处在于，指定居所监视居住的两种情况明显是存在很大区别的，无固定住处的指定居所监视居住和三种特定犯罪的指定居所监视居住笔者认为在折抵刑期方面不能一概而论，无固定住处监视居住在实践操作中不可避免的其人身自由程度会高于特定案件的指定监视居住，立法者没有具体区分而对指定居所监视居住统一折抵刑期笔者认为太过笼统。
4.检察监督规定不完善
96年刑事诉讼法虽然在人民检察院基本原则中规定了人民检察院依法对刑事诉讼实行法律监督，但是在具体强制措施中，明确规定了检察监督的只有批准逮捕，此次刑事诉讼法的修改在第73条第4款明确了： “人民检察院对指定居所监视居住的决定和执行是否合法实行监督。”《人民检察院刑事诉讼规则》第118条和第120条又进一步对于监督主体以及监督内容做了较为细致的规定，笔者认为这是进步的，但是仔细分析不难发现仍然存在以下问题可能影响检察监督的效果：
（1）监所监督缺乏主动性
人民检察院检察监督的一项重要职能就是监所检察。指定居所监视居住的主要监督部门是监所检察部门，监所检察部门进行监督的一个好处是能保证其监督的连贯性，因为其毕竟是一个相对独立的部门，不会过多瘦诉讼阶段的影响。但是在实践中，监所检察在检察院中地位不高，占据主导地位的肯定是刑检部门，因此，检察机关的人员配备，奖惩考核，经费预算等问题都向刑检部门倾斜。长期以来自然导致了监所检察人员缺乏工作积极性，在履行监督职能过程中往往满足于应付了事，主动监督意识不强。笔者认为监所监督的主动性不强是长期历史遗留问题，和监所检察人员的配置、观念以及工作方式密切相关，短时间内很难扭转，监所人员主动性不强很容易出现的问题是不积极发现指定居所监视居住中的违法行为或者对指定居所监视居住过程中的违法行为挣一只眼闭一只眼，敷衍了事。
（2）检察监督方式不明
《人民检察院刑事诉讼规则》中对于监所检察部门的检察监督方式并未涉及。一般认为，检察监督可以依职权做出或者依申请做出。如果是依职权作出的话监所检察部门应当积极主动的发现指定居所监视居住过程中的违法行为，这就需要执行机关的配合，对于执行情况要及时报备；如果是依申请做出，那么犯罪嫌疑人、被告人及其近亲属可以向监所监察部门提供办案机关违法的线索，监所部门再对线索进行调查。监所检察部门对指定居所监视居住的监督方式直接关系，到能否发现指定居所监视居住的决定和执行机关有无错误或违法，但是目前法律规定还没有具体涉及，因此笔者认为监所检察机关可以使用何种监督方式应当明确说明。
（3）监督后程序性处理规定缺乏
《刑事诉讼法》规定的检察机关的监督手段一般是“提出书面纠正意见”及“应当通知执行机关纠正”两种。《人民检察院刑事诉讼规则（试行）》第119条和120条规定了人民检察院监所检察部门依法对指定居所监视居住的决定和执行是否合法进行监督的手段是：“应当及时提出纠正意见”,这样的手段笔者认为是没有强制力的，如果不明确规定检察机关行使法律监督权以后被监督者的纠正错误期限，不纠正的后果等保证强制力和执行力的程序性规定，那么纠正意见能否被釆纳就要完全依靠被监督单位的配合程度，检察监督的工作就会处于一个十分被动的地位，如果双方各持己见，来回扯皮，那么指定居所监视居住的检察监督必定会流于形式。
5.对指定居所监视居住的制约机制缺失
近代以来的人权思想，主要是以刑事诉讼中强制措施的控制和合理化为中心发展起来的，在这个意义上海可以说，刑事诉讼的历史，也就是对强制措施不断加以合理限制的历史。
任何国家权力在被法律赋予的同时都应受到一定的制约，否则会遭到滥用，这是亘古不变的真理。“对公民的荣誉、财富、生命与自由越重视，诉讼程序就越多。” 但是显然，新《刑事诉讼法》在赋予公检法机关更大的强制措施权力的同时，并没有规定太多制约公检法权力滥用的机制。
（1）司法审查制度未确立
当今世界各国普遍都会对强制措施的适用进行司法审查和监督。英美法系国家盛行令状主义，大陆法系国家强调严格的审查制度。35司法审查的目的是为了控制权力和保护权利。《世界刑法学协会第十五届代表大会关于刑事诉讼法中的人权问题的决议》第8条宣称：“影响被告人基本权利的任何政府措施，包括警察所采取的措施，必须有法官授权，并且受司法审查。” 从世界各法治国家来看，司法审查一般都是由中立的法官做出的，这也体现了法制国家的程序正义精神。
法官在司法审查中是作为一个争端解决者，其角色定位应当中立消极。通常做法是，侦查机关在采取强制措施之前会向法官举证从而获取允许其采取强制措施的令状，如果在紧急情况下，侦查机关来不及向法官举证而事先采取了强制措施后，那么也应当及时到法官处登记，以接受审查。不论是事前的审查或事后的审查都能看出法官对强制措施的制约。
但是在我国的刑事强制措施中，并没有确立真正的司法审查制度。我国刑事诉讼法只明确规定了 “逮捕犯罪嫌疑人、被告人，必须经过人民检察院批准或者人民法院决定，由公安机关执行”.这样的规定确保了逮捕的批准或决定权和执行权相分离的原则。尽管法律对于逮捕作出这样公检法三机关相互制约、相互监督的规定，但这也并非严格意义上的司法审查，因为其批准权并不是由法官来行使，而是由行使公诉权的检察机关行使。而指定居所监视居住制度连最起码的第三方审查批准的要求都没有达到更勿论严格的司法审查。
（2）被指定居所监视居住人的救济权利不足
西方有一个着名的法律谅语：“有权利必有救济”.也就是说再个人权利收到国家机构侵害时必须给予个人获得法律救济的机会，否则，被侵害者状告无门，那么法律规定的所有权利也就流于形式了。
细看法条之规定，法律目前对于被指定居所监视居住人的法律救济规定仍然比较原则。新法仅在第77条第2款对于监视居住期满的解除做了原则性规定。
但是没有涉及到指定居所监视居住错误的变更或撤销规定。《人民检察院刑事诉讼规则》112条稍加细化，规定了犯罪嫌疑人及其法定代理人、近亲属或者辩护人的申请变更强制措施权力，但是对于人民检察院做出的答复没有更多的救济方式，也就是说，人民检察院如果答复了还应当继续指定居所监视居住的，被指定居所监视居住人只能接受。第119条对于指定居所监视居住人及其法定代理人、近亲属或者辩护人发现指定居所监视居住中的违法情形的控告或者举报权。《公安机关办理刑事案件程序规定》则没有涉及到关于犯罪嫌疑人、被告人权利救济的相关条款。
从条文的分析中我们不难发现以下问题：（1）对犯罪嫌疑人、被告人是否被采取指定居所监视居住这一强制措施，均由作为控诉方的办案机关自主决定，决定机关作出的决定往往是终局的，作为被追诉的犯罪嫌疑人、被告人只能被动接受，而无任何对抗的权利。（2）对于办案机关作出的不变更指定居所监视居住等的决定缺乏异议救济程序。（3）对于办案机关侵害犯罪嫌疑人、被告人权益的行为，没有相应的制裁处理规定。（3）指定居所监视居住的事后救济不足
基于指定居所监视居住因为执行地点的特殊性以及目前对办案人员执行指定居所监视居住缺乏规范性制约的现实，笔者认为在指定居所监视居住中很有可能存在刑讯逼供或者违法执行指定居所监视居住来获取证据的行为，如果对于非法和违法取得的证据都作为认定案件的依据的话会导致实践中指定居所监视居住制度的滥用。
但是现行刑事诉讼法对于指定居所监视居住中的非法证据排除以及违法适用该制度所涉及到的犯罪嫌疑人、被告人申请国家赔偿的问题均未做出规定，这不得不说是一种较为明显的缺憾。
