（一）食品安全的法制保障体系不完备
《食品安全法》修订后于2015年10月1日实施，但与其配套的相关规定（标准）还没有跟进修订，很多的食品安全标准水平偏低。如明矾（硫酸铝钾）、亚硝酸盐两种物质具有危害性虽然已经成为社会的共识，却依然允许将其作为食品添加剂使用。有的标准还属于推荐性标准（如酒类产品），无法律强制力，与公安机关办案证据需要不匹配。《刑法》及两高的“司法解释”中关于食品安全违法犯罪行为的规定过于笼统，实践操作性不强。在具体办案过程中，相关的权力机关又会出台司法解释、部门规章、办案指导等具有法律效力的文件，易造成法律适用的混乱。[7]
公、检、法和其他有关行政部门在办案过程中证据规格不统一，对检测鉴定结论过于依赖。在办案实践中，由于不同单位检测鉴定的项目不同，同一对象在检测鉴定过程中，会得出不同的结论，往往给办案造成困扰。如湖北省荆州市公安局侦办的销售不符合安全标准的冷冻肉制品案件（即“2013 · 7 ·12”案）中，涉案的冷冻肉制品共 3.4 万件，价值 1100余万元。为对涉案货物金额进行认定，由不同的检测鉴定单位进行认定。在检测鉴定过程中，质量监督部门对涉案肉制品的外包装标签标识进行检验，认为 95%为不合格产品（即涉案货物价值达 1050 余万元）；疾控单位对肉制品中的重金属、致病菌等进行检测，认定不合格产品价值只有 40 余万元；而依据国家质检总局官方网站公布的《禁止从动物疫病流行国家/地区输入的动物及其产品一览表》，则有价值 300 余万元的涉案肉制品来自国家明令禁止的国家和地区。此案中，不同的检测鉴定结论造成了办案分歧。在定性上，是以涉嫌生产、销售伪劣产品立案还是以非法经营立案，依据不同，对涉案人员的处罚会有巨大的差异。两高在《关于办理危害食品安全刑事案件适用法律若干问题的解释》第 21 条，明确规定：“有毒、有害的非食品原料”无法认定的，司法机关可以根据鉴定报告并结合专家意见进行认定。
由此可见，国家并没有对“有毒、有害的非食品原料”进行界定，只是在产生后果后，再由相关部门进行补充认定，而对专家的资质又未明确规定，易造成结论的多样性，鉴定结论的权威性就不高。
（二）检测鉴定难度大
在危害食品安全案件的侦查过程中，罪与非罪的认定对检测鉴定结论的依赖性很强。但在司法实践中，鉴定机制与公安机关刑事案件办案程序规定有诸多的不匹配，给公安机关办案带来不便。主要有以下问题。
1. 办案要求与鉴定周期不匹配。普通的明确物质检测鉴定所需时间按司法鉴定程序规定一般都在20 天左右，而不明物质的检测难度较大，不可能在 20天内完成检测鉴定，可能会长达几个月。实际工作中，大部分的食品安全犯罪案件都是其他行政执法部门在执法过程中发现，认为需要刑事立案后移交公安机关。在移交时，一般都没有及时取得合法有效的检测鉴定报告，待公安机关按程序取样送检并得出鉴定结论时，常常会超过了犯罪嫌疑人的羁押期限，只能取保候审或变更案件性质以行政处罚结案。类似这样的情况，在一定程度上放纵了犯罪行为。
2. 部分检测鉴定项目对检材要求高。对于不同的检测鉴定项目所要求的检测鉴定检材都有各自的要求。如病死动物肉案件的检测鉴定中，动物检疫部门只有通过被检测动物的内脏和淋巴才能进行有效检测，但在执法办案过程中，多数都只查扣到肉制品，没有内脏、淋巴，不符合动物检疫部门的检材要求无法检测。这种情况，明知是“有毒、有害”食品，符合两高“司法解释”中的“死因不明的动物肉制品”，但却因没有有效的检测鉴定结论支撑，无法立案侦查。
3. 部分项目无法进行检测鉴定。有的是因为没有检测标准，如“地沟油”，主要是餐厨垃圾、动物内脏提炼或经过多次反复油炸、烹炒后的劣变油等。其成分十分复杂，不同来源的油品成分差异也较大，且国家没有统一的认定标准，因此无法通过对其进行成分检测鉴定来认定。有的是因为目前存在的技术问题无法检测。如生产味精过程中使用的除铁剂——硫化钠，在检测鉴定过程中，通常能检测是否含有钠元素和硫元素，但是不是以硫化钠的形式存在则无法认定。还有其他原因，如面粉中的铝因小麦在生长过程中因各种因素影响导致本身就含有，无法通过检测鉴定来认定面粉中的铝元素是小麦生长时吸收的还是生产面粉过程中后期加入的，属无法检测认定范畴，陈年冷冻肉的安全性问题也无法检测认定，等等。
4. 检测鉴定结论的法律效力认定难。食品安全犯罪案件的危害源，有的有明确的检测鉴定标准，相关检测鉴定单位可以按标准进行检测鉴定，对大部分没有标准的检测鉴定项目则无法进行司法检测鉴定。各地公安机关从各自的办案条件出发，利用各种渠道对涉案物品进行检测鉴定，但其证据力还有待商榷。如湖北某地公安机关在办理一起假酒案的过程中，没有权威机构可以对酒质进行检测鉴定，办案人员想方设法与被假冒的白酒生产厂家进行沟通，由他们对涉案物品进行检测鉴定。在检测鉴定过程中，厂家的技术人员从包装及酒质等方面进行检测鉴定，对包装方面的检测鉴定结论证据力较强，但在酒质方面的检测鉴定结论的证据力则无标准支持。对“老瓶装新酒”的假冒伪劣产品检测鉴定较难，其鉴定结论的法律效力值得商榷。且厂家技术人员本身的鉴定资质是否满足司法检测鉴定要求也值得怀疑。
5. 对违法犯罪嫌疑人追刑认定难。在办案过程中，检察机关严格按照法律规范进行审查，如要求在检测鉴定结论中必须明确“有毒、有害，足以严重危害人体健康”，才能对犯罪嫌疑人做追刑认定。可是离开了剂量去谈物质有毒有害是不科学的，可能造成有的检测鉴定结论无法通过审查。如某公安局要求鉴定在食品中违法添加危害物质的项目（在当地一家食品铺卖的包子中含有明矾），要求必须在鉴定结论中注明食用铝制品会对身体有害，因为检察机关在审查案件时要求必须在鉴定报告中注明食用铝制品会对身体有害才能通过审查。由于在鉴定标准中，无法对“有毒有害”进行量化，导致该鉴定结论无法通过检察机关的审查。如果在鉴定报告书中注明“有毒有害”，此报告又违反鉴定规范。
（三）案件办理对专业知识要求高
涉及食品犯罪的危害源十分庞杂，仅以食品添加剂为例，目前全世界在食品中应用的添加剂品种已多达 25000 余种，直接使用的有近 4000 种，常用的有近1000种，[8]涉及多个不同行业，专业知识性强。
对从事食品添加剂行业的工作人员而言，全面熟悉并掌握各种添加剂的知识是不可能做到的。在食品中应用的添加剂种类繁多、从业人员对添加剂不熟悉都有可能造成危害源。办案民警只有了解危害源，才有可能做到全面防范与打击，其难度可想而知。而在当前各地侦办食品安全犯罪案件的力量中，大部分警力都是抽调其他相关警种成立，有的由刑警组成，有的由经侦民警组成，有的由治安大队负责刑事案件的民警组成。这些民警没有经过专业培训学习，在涉及食品安全犯罪的危害源、作案方式、鉴定程序、鉴定结论的认定等方面都缺乏理论及实践支撑，影响危害食品安全犯罪的打击质效。
（四）犯罪证据收集难
在办案实践中，多数的案源是由行政执法部门发现，认为满足刑事立案条件后，移交给公安机关食品安全犯罪案件侦办部门。行政执法部门在检查前期对涉案的证据已经进行前期处理，由于多数的执法检查人员证据意识与能力不强，提取证据的程序不合法等原因，易造成其移交的涉案证据大多证据力灭失。由于很多证据具有唯一性，灭失后，案件无法立案，造成案件流失。[9]
同时，社会公众的法律意识越来越强，对食品安全犯罪追究刑事责任时要求行为人明知是伪劣食品或有毒、有害食品的情况下才能追责，犯罪嫌疑人易装糊涂或矢口否认其“明知”。
有的犯罪嫌疑人在违法犯罪时，已经将很多书证销毁或使用代码交易，或达成攻守同盟。以上问题给公安机关办案增加了难度。大宗食品违法犯罪案件中，由于涉案物品较多，犯罪嫌疑人往往会把物品藏匿在多个仓库，或以其他品名存放在不同仓库内，不易查找和查扣。
（五）打击难以触及根本
食品安全犯罪链条明显，从食品生产开始，到最后被食用产生危害后果，涉及的人或单位多，范围大。从各地公安机关办理的食品安全犯罪案件来看，大部分都是就案办案，对犯罪源的处理基本上都没有涉及。如对剧毒农药的使用问题，只有发生了危害人身安全的案件后，相关部门才进行查处，也只是对案件行为人进行处理，对危害源—剧毒农药的销售人、生产者都没有触及。有的案件涉及多地，办案人员在异地取证等过程中，也多有被涉案地的相关人员或单位推诿甚至阻挠，造成案件侦办被迫中止。虽然有部分案件在公安部的督办下得到了相关部门（单位）的支持和配合，但这种情况在公安实践中仅占极少的一部分。有的是因办案人员有畏难情绪，追根溯源会造成案件扩大，导致案件越办越大，越办越难，最后可能会无法收尾结案，且产生的次影响可能对自身的安全等方面构成威胁，于是匆匆结案，没有从根本上解决问题。
