一、“营改增”后物流公司纳税中存在的主要问题
1.增值税实际税负加重。虽 然本次“营改增”的初衷是降低企业税负，促使企业规范化管理，促进企业的优胜劣汰，但从实际情况来看，很多物流企业在“营改增”后增值税税负不降反升。这是很多物流公司在“营改增”后面临的主要问题。
2.企业发展片面追求“大 而全”“小而全”.物流行业的竞争越来越激烈，很多物流公司为了能够顺应市场变化，提供满足市场需求的服务，公司的业务种类越来越多，基本可以涵盖物流业的所有环节。但是很多企业的管理层一味地追求企业的“大而全”“小而全”,只是简单地将各种业务拼凑在一起，而没有考虑过通过纳税筹划来达到企业既能够拓宽业务，同时使得企业的税收成本降到最低。这直接导致企业在“营改增”范围后，缺乏应对措施，税负上升。
3.“挂靠”经营存在纳税风险。很多物流企业为节约成本，会采用“挂靠”经营这种方式。在“营改增”之前，挂靠经营让物流公司与挂靠者共赢。但是，这种经营方式在“营改增”之后，给物流公司带来一定的纳税风险。 《财政部国家税务总局关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》（财税120131106号）第二条规定：“单位以承包、承租、挂靠方式经营的，承包人、承租人、挂靠人（统称承包人）以发包人、出租人、被挂靠人（以下统称发包人）名义对外经营并由发包人承担相关法律责任的，以该发包人为纳税人。否则，以承包人为纳税人。 ”根据这一文件，如果是实质挂靠，挂靠人不用自行申报纳税，由物流公司负责纳税。而物流公司并不能完全掌控挂靠人的营运收入，在纳税申报时容易出现漏报，存在纳税风险。如果是形式挂靠，虽然物流公司不负有纳税义务，但因为挂靠人一般不会办理工商登记和向税务部门申报纳税，所以对国家税收征管也带来一定挑战。
二、造成物流公司增值税纳税中存在问题的原因分析
1.缺乏纳税筹划意识及专业知识。纳税筹划是企业成本控制的重要环节，其既要为企业节约税收成本，实现企业利益最大化，又要遵守国家法纪，不得偷税漏税。更高的要求是在筹划过程中能够符合国家税收改革的目的，在帮助企业减轻税收负担的同时，能够为国家的经济转型贡献一份力量。因此，对纳税筹划人员的职业素养要求较高，不仅要求其具备全面的税收法律知识，而且要熟悉企业业务流程，熟悉企业财务状况。
2.对销售合同缺乏纳税筹划。很多物流公司一味在追求扩大业务范围，增加业务量。公司管理层只看到营业收入的增加，或者说是利润的增加，但并没有考虑税收筹划。企业在追求量的同时，没有对销售合同进行纳税筹划。例如，对于有形动产租赁业务，在“营改增”之前是按照服务业5%的税率计算缴纳营业税的，在税改之后需按照有形动产租赁收入17%的税率计算缴纳增值税销项税额。大部分物流公司将空余的车辆和设备对外出租，在“营改增”后应根据有形动产租赁业务计算缴纳增值税。虽然该业务充分利用公司资产，为企业带来了更多的收入和利润，但又因为该业务基本无法取得可抵扣的进项税额，所以使得税负较高。
3.可抵扣的进项税额取得来源少。目前物流公司增值税进项税额的主要来源有：一是购置营运车辆，按取得的增值税专用发票上注明的增值税税额允许抵扣；二是支付的燃油费，按取得的增值税专用发票上注明的增值税税额允许抵扣；三是购置办公用品、支付挂车租赁费用等取得的专用发票上注明的增值税税额；四是企业外购的应税服务取得的进项税额允许抵扣。
但是因为很多企业一味追求“大而全”“小而全”,造成很多原本可以通过服务外包方式取得的进项税额都无法取得。例如很多企业自己设有软件研发部门，这需要投入大量的研发成本，而这些成本中很多都是人力成本，是无法抵扣进项税额的。再比如，很多企业自己设有车辆维修部门，自己设有装卸搬运部门，这些部门的人力成本都不低，而该部分成本支出也是无法取得进项税额抵扣的。这就造成很多物流企业可抵扣的进项税额取得来源少，可抵扣的进项税额低。
三、物流公司增值税纳税筹划措施
1.将有形动产租赁合同转为异地作业合同。对于有形动产租赁业务，在“营改增”之前是按照服务业5%的税率计算缴纳营业税的，在税改之后需按照有形动产租赁收入17%的税率计算缴纳增值税销项税额。而该业务基本没有进项税额可以抵扣，所以税负上升很大。如果物流公司转变思路，将有形动产租赁合同转为异地作业合同，则税负可以减轻不少。
例如，A物流公司将一台闲置的3.5吨装卸搬运叉车出租给B运输公司一个月，收取租金30000元，销项税额5100元。 B运输公司需要配备司机一人，支付工资6000元/月，发生燃油费3500元。 A物流公司适用城建税税率为7%,教育费附加为3%.若不考虑所得税，则：按照有形动产租赁合同，该业务无可抵扣的进项税额，应缴纳增值税=30000×17%=5100（元），应缴纳城建税、教育费附加=5100×7%+5100×3%=510（元），税后纯收入=30000-510=29490（元）。 B公司共发生成本=30000+6000+3500=39500 （元），可抵扣的进项税额=30000×17%+3500×17%=5695（元）。
若A物流公司在出租叉车的同时派一名司机一同作业，那么该合同则变为异地作业合同，按物流辅助服务6%的税率计算销项税额。假设A物流公司共收取价款35000元，销项税额2100元，发生燃油费3500元，则：A物流公司应缴纳增值税=35000×6%-3500×17%=1505（元），应缴纳城建税、教育 费 附 加=1505×7%+1505×3%=150 （元），税 后 纯 收 入=35000-3500-150=31350 （元）。 B公 司 共 发 生 成 本=35000（元），可抵扣的进项税额=35000×6%=2100（元）。
通过以上的计算分析，我们发现，这样的转变对于物流公司与租赁方是双赢的。
2.将装卸队搬运、车辆维修业务进行服务外包。很多物流公司的装卸搬运业务、车辆维修业务是附属于其他业务的，公司并不单独对外开展装卸搬运服务和车辆维修服务，只是为了保证公司其他业务的开展而开设的一种辅助性质的服务。这类业务的特点是劳动力成本较高，而支付给工人的工资费用是无法抵扣进项税额的。建议物流公司与专业的劳务公司、汽修公司合作，将搬运工进行劳务外包，将车辆维修业务进行服务外包。一来，从公司管理的角度可以省去很多麻烦；二来，可以要求劳务公司开具增值税专用发票，物流公司则可以凭借发票抵扣增值税进项税额，这是一举两得的事情。
3.通过回购挂靠经营车辆降低纳税风险。物流公司的挂靠经营存在很大的纳税风险，建议公司逐步回购挂靠经营车辆，降低纳税风险。从这次“营改增”税制改革的角度来说，国家的其中一个目的就是让企业的纳税规范化，方便国家对税收的监控。这种不规范的、存在税收漏洞的经营方式是没有生存空间的，必须要做改变。当然，物流公司非常需要这些挂靠车辆，如果没有它们，公司无法承接如此大的业务量。而一次性回购这些挂靠车辆，会对公司的资金流造成很大压力。其实，很多挂靠经营车辆的所有者就是物流公司的司机，如果公司可以和司机达成协议，采用分期付款的方式逐步回购这些车辆是比较好的。对于物流公司而言，回购这些车辆比采购新车的成本要低，而且采用分期付款的方式可以降低对流动资金的压力；对于车辆所有者来说，这样的挂靠经营模式生存会越来越艰难，很多车辆所有者连买车的成本都还没有收回，如果可以将车辆卖给公司，可以保证收回车辆成本。
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