1、土地承包经营权流转立法不完善
首先，农村土地的集体所有权主体不明确。这个问题是农村土地中最基本的问题，其他土地问题的解决都依此为基础。《土地管理法》第8条规定：“农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于农民集体所有；宅基地和自留地S自留山，属于农民集体所有。”法律明确规定，土地所有权主体包括国家和集体，集体作为土地所有权主体其作用不言而喻，其代表的是人口更多的农民群体利益，但现实是集体作为土地所有者并没有发挥其应有的作用，而是沧为上级行政机关的工具，集体作为土地所有权主体名存实亡。
其次，《农村土地承包法》规定了土地承包经营权的流转方式，包括转包、出租、互换、转让或其他方式，其中相对明确的流转方式有转包、出租、互换和转让，上述四种流转方式均为框架性规定，但涵义上不致产生曲解。争议主要针对“其他方式”,所谓“其他方式”无非是立法者自己也不知道还有何种流转方式，但又不能把问题说死，这种情况容易引发争议，因此今后的立法需对此作出具体规定6《农村土地承包经营权流转管理办法》也规定了土地承包经营权流转方式，明确载明了土地承包经营权的流转方式，包括转包、出租、互换、转让或者其他符合有关法律和国家政策规定的方式，同时对土地入股的方式作了规定。
该法规相较于农村土地承包法的规定进了一步，但规定仍不全面，_中还有多种流转方式，如抵押、继承、反租倒包等，法律并未对这些流转方式作出明确规定，未来的立法应致力于将实践经验转化成法律，使得土地承包经营权流转有法可依。
2、土地承包经营权流转市场机制不完善
所谓市场，不仅需要供需双方，同时需要交易平台，土地市场_如此。在土地市场中供需双方是必要的，同时还要为买卖双方提供交易平台。在我国，土地承包经营权的流转一直不活跃，导致土地流转交易平台无法建立，二者在恶性循环中发展，土地流转阻力重重。从目前情况看，土地流转中介机构的缺乏集中表现在如下几方面：首先，缺少土地承包经营权交易机构，在土地承包经营权交易市场建设初期，土地权利交易的信息十分封闭，对于获取信息能力较弱的农民来讲更难获取。在过去的相当长时间内，绝大多数土地承包经营权的流转是通过大海捞针式的选择方式来完成的，如果土地承包经营权都是以这种方式进行流转，那么效率将十分低下，也无法形成统一完善的市场，土地资源依然无法得到最合理的配置。其次，土地价值评价机构十分缺乏。土地作为一项不动产，且是不可再生资源，其蕴含的价值往往较大，所以，对土地价值的合理评价是土地流转过程中相当重要的环节。土地价值评价机构的缺乏将会直接导致土地流转的透明度降低，大大增加了不正当土地流转的可能性，因为交易中襄重要的就是价格问题，价格不透明有可能造成交易双方利益受损。不建立相应的土地产权价格表，土地承包经营权的商品价值性就无法通过市场加以衡量，市场机制仍然无法发挥其作用力。最后，土地金融市场未能建立。完善的i地市场不仅要有土地一级、二级市场，还必须要有场外辅助性市场，即为土地金融市场。因为土地权利流转必然离不开资金的流通，在市场条件下，单独的社会个体所拥有的能量微不足道，土地权利本身价值就很高，且土地的集中经营需要大量资金支持，所以必须要有土地金融市场作为土地流转市场的后盾。
3、农村土地承包经营权流转的制度环境不完善
首先，社会保障制度不完善。土地是农民最后的生活保障，因此农民将土地视为生命，虽然城镇化发展使得农民不再束缚于土地之上，但是农民依然重视土地。土地之外，农民再无其它生活上的社会保障，社会保障的缺乏严重阻碍着农村土地制度改革。中国特色社会主义法律之所以具有特色，不是因为立法手段高超，而是立法总是带有明显政治色彩。现行的《农村土地承包法》规定了土地承包经营权的期限，土地承包经营权权属中转让权和继承权被限制，抵押权被禁止，同时还对土地承包经营权流转受让方和流转方式加以限制。这些法律设计并不以公平正义、效率、公民权益最大化为设计理伞，而是以社会稳定为最高追求目标。
农村缺乏社会保障机制，农民的生存总是处于危险的边缘，农民失去土地后就会失去生活来源，极有可能挺而走险，危害社会。效率与公平永远是矛盾的，我国的法律制度设计者想要公平也想要效率，但最终还是选择了公平，公平没有错，但不是长久之计，当下必须在农村建立完善的社会保障体系，促进农村土地制度改革，效率为先兼顾公平更为合理。
农村社会保障体系的建立是我国城镇化发展的应有之义，农村社会保障体系的内容应包括以下几个方面：一是医疗保险，二是养老保险，三是最低生活保障制度，这三方面是最为重要的三部分，解决好他们就基本完成了目标。我们同时应当做好面对困难的准备，因为我国农村人口数量庞大，农村问题充满复杂性，农村社会保障体系的建立任重而道远。但是，我国城镇化发展已然是大势所趋，不可阻逆，城镇化建设要求我们必须解决好农村社会保障问题。
其次，城乡二元社会结构抑制了农村剩余劳动力的转移。“土地流动的一个必要前提是人口的自由流动，没有人口的流动，不可能实现土地使用权在大规模范围内的流灵？,也就不可能形成广阔的土地二级市场。”?我国从法律上讲城乡区分对待，逐渐形成城乡二元社会结构，农民既代表职业，又代表身份，农民不能像、城镇居民那样享受国民待遇。现行的户籍制度使农民饱受歧视，不能得到像城里人那样平等的就业、医疗、学习机会以及各种基本社会保障，这些都让农民不敢轻易离开土地，剩余劳动力转移受阻。
（四）农村土地征用与补偿制度不合理
我国现行的征地制度主要体现在《土地管理法》和《物权法》中。伴随中国城镇市化进程的加快，因土地征用导致的种种问题日益凸显。总的来看，当前我国的土地征用制度主要存在以下几个问题：
1、“公共利益”的范围界定不明
《土地管理法》和《物权法》均对因“公共利益”征地问题有_涉及。当国家出于“公共利益”的需要，可以依法对集体所有的土地进行征用，征地本身无：可厚非，然“公共利益”的界定却是问题重重，因为法律并没有对“公共利益”:做进一步的阐明，导致多经营性质的土地使用也以“公共利益”的名义征用农民的土地，征地范围难以界定，这也是导致权钱交易的一大诱因。我国法律明确规定了集体土地可用于建设的几种特殊情形，其他绝大部分建设用地必须是国有土地。此处我们应该明确一个问题，我国的国有土地不仅仅指国家所有的土地，同时还有国家从农民手中征收来的土地。细分析之可以发现，因“非公共利益”
建设而需要的用地同样可以农民手中征收，且补偿方面适用公益性征收的政策，其后果必然是土地征收权的滥用，此问题必须从源头上加以遏制，即必须从法律上对“公共利益”的范围加以确定。
2.征地补偿无法与土地价值成正比，农民的合法权益受侵害
首先，《土地管理法》和《物权法》均对被征地农民的土地补偿费用问题作出了规定。具体包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物及青苗补助费，同时还有用于失地农民的社会保障费用。这些补偿费用看似合理，但仅仅是表面上的合理。法律规定的补偿费用全然不顾因土地征收导致的其他损失，如土地承包经营权等各项损失、人口迁移的损失以及对相邻土地造成的损失等。这种补偿方式可以看作城乡二元结构的深层次错误，因为此种补偿方式完全不能体现土地的价值。我国当前法律规定的土地征用补偿费用从经济学上分析是完全站不住脚的，因为它根本就不是按照经济理论制订的，它完全是一种政策性定价。城镇化进程中，征用土地十分频繁，由此引发了非常多的矛盾，如果仍然不加以变革，对中国城镇化的发展无疑是非常不利的。
其次，在得到微薄的土地补偿后，失地农民还将面临巨大生存难题。失地农民群体具有中国传统农民群体的固有特征，他们长期处于社会底层，劳动方式仅限于简单的体力劳动，所受教育较少，缺少利益和市场意识，失地农民在进入劳动力市场后面对的竞争压力十分巨大。他们能够从事的都是劳动强度大、工资待遇低的工种，其生存条件不容乐观，在此，我们不难理解农民将土地视作生命的意义。土地虽然给农民带来的收益十分有限，甚至只能勉强生活，但是一旦土地被征收，农民被推到土地之外，才是真正对农民生存的考验。土地补偿十分微薄，对失地农民没有根本性的帮助，农民的生存还要靠自身寻找出路。
3、土地征收中存在不正当交易，缺少监管
随着城镇化的快速推进，农民土地被大量征用进行城镇建设，这就给了一部分基层干部腐败的机会。法律具有滞后性，几年、十几年前制订的法律完全想象不到我国的城镇化发展会如此迅速，也无法想象土地征用会如此频繁，导致法律对这些问题规定不是很明确。实践中，基层干部在土地征用中往往发挥重要作用，由此引发了一系列违法、腐败行为。《物权法》规定：任何单位和个人不得贪污、挪用、私分、截留、拖欠征收补偿等费用，但是有方针没措施往往只是空口号，只有建立相应机制才能保障被征地农民的利益。万事皆有例外，在诸如北京、上海等大城市，由于种种原因，失地农民受到过度补偿，过度补偿让部分农民受益，然其引发的蝴蝶效应却是一连串的，如会导致补偿费用很少的地区民众心理失衡，激起社会矛盾。同时，当征地补偿可以作为一种牟利手段时，人性的恶面就会显现出来，钱权交易也随之发生，土地征用不再按市场需求发生，而受人为操作。更严重的后果是，当农民已经不再把农业生产作为土地价值实现目的，而是把获取土地征用补偿费用作为目的时，农业、农村，甚至是整个社会的发展将会遭遇前所未有的困境。
