合理建构职务犯罪侦查机构的设置。现有的涉及职务犯罪侦查的机构，在横向上有：各级纪委、各级监察局、各级预防腐败局和各级反贪污贿赂局。
这些机构都在不同程度上负有职务犯罪侦查职能。在纵向上是：各级检察院内设的反贪污贿赂局，这也是法定的职务犯罪侦查机关。在反贪污贿赂局内部：一般设有侦查部门、预防部门和综合业务部门。在新的排除规则背景下，传统的“由供到证”的办案模式必然是行不通的了。这就要求我们把发现、搜集、取得和固定有罪的证据摆在第一位，而不是再像以前一样把取得犯罪嫌疑人的有罪供述作为优先考虑。在立案前发现、搜集、取得和固定有罪的证据，即要在初查阶段扎实工作、投入大量的人力、物力去取得证据。大量人力物力的投入光靠新增是不科学的。在现有机构的整合中挖潜不失为一条可行之路。具体说来就是在横向上将纪委、监察局和反贪局合为一体，优势互补。这不仅解决了人员的问题，而且还有利于集中力量形成合力。在纵向上，为摆脱职务案件查处难、干扰多、阻力大的困境，将省级以下检察院内设的反贪污贿赂局从相应级别的检察院中独立出来，由省级反贪污贿赂局统一垂直领导指挥。在反贪污贿赂局内部增设一个负责对外查询、信息搜集分析的情报技术部门。这个部门的主要职责就是完成初查工作中，在网络上搜集被调查人或单位方方面面的信息，与公安、工商、税务、房产、金融等系统联系或联网查询、取得相关信息。
提高职务犯罪侦查人员的素质。新《刑事诉讼法》下新的排除规则对职务犯罪侦查人员的素质提出了更高的要求。过去的靠“一张嘴，一支笔”打天下取得犯罪嫌疑人的口供从而破案的老办法，显然是过时的了。仅有过硬的获取口供的能力在新形势下是不取得职务犯罪工作的胜利的。因为现行的法律明确规定：不得强迫任何人证实自己有罪。在这种情况下，职务犯罪嫌疑不可能笨到在无任何心理压力的情况下主动供述自己的犯罪事实。即使偶尔有职务犯罪嫌疑人在某些情况下主动交待，但在与律师会见后，他必定会翻供。所以说传统的靠口供破案的方式是行不通的了。职务犯罪侦查人员必须提高自身身体素质、法律素质、心理素质等其它有利于侦破职务犯罪案件的素质。提高职务犯罪侦查人员的身体素质。职务犯罪侦査工作不像检察院其它部门的工作可以按部就班的来。它要求加班加点的时间比较多，出差的时候也比较多，这就需要侦查人员要有强健的体魄和旺盛的斗志。提高职务犯罪侦查人员的法律素质包括：侦查人员的法律素养和操守。侦查人员严格依法取证，确保取证主体、取证手段、取证程序的合法性的法律素质。努力提高职务犯罪侦查人员的各方面的法律素质。提高职务犯罪侦查人员的心理素质包括：面对今后的常态化出庭的压力，侦查人员必须努力提升自身心理的抗压能力。转变以住高高在上的优势心理，熟练掌握在法庭接受法官、律师质询。准确用言语表达来证明取证行为合法性的能力。提高侦查人员有利于侦破职务犯罪案件的其它素质，包括：提高职务犯罪侦査人员熟练运用法 -律允许用的各种技术侦查手段的能力、提高侦查人员规范讯问用语、文明用语的能力、提高侦查人员适应讯问过程全程同步录音录像的能力、提高侦查人员秘密侦查的能力等等。传统的办案方式中，由于取证工作的重心在于提取口供，侦查人员主观上在锻炼个人能力时往往侧重于提高自身的谈话技巧和审讯突破能力，而忽视其他诸如技术侦查、秘密侦查等办案能力的培养。
现在亟需提升侦查人员这些方面的素质和能力。把他们培养成为能从繁多的财务资料、金融数据等初查资料中发现线索、疑点，找出问题和突破点。职务犯罪侦查工作涉及许多复杂的专业知识和特殊技能，所以在业务培训中除学习法律知识外，更应注重侦查技能运用的培训。通过对现有侦查人员的实行系统化的业务培训，使其掌握相应的技能，具备相应的素质。此外，在招录进人时，不应局限于法律专业毕业人员，而应根据职务犯罪侦查工作的实际需要，大力吸收会计、证券、金融、心理学等专业人才，提高职务犯罪侦查队伍的专业化程度。
完善相关的司法解释及配套制度。完善和细化《刑事诉讼法》第五十四条中“刑讯逼供等非法方法”、“釆用暴力、威胁等非法方法…中”等非法方法“的界定。使侦查人员心中有数，哪些该做，哪些该说；哪些不能做，哪些不能说。还有就是”必要的饮食和休息“的具体的标准等法条，都需要进一步的细化与明确。完善相关的配套制度。完善审讯同步录像录音制度。
办案实践中，职务犯罪案件的突破大多数情况下都是从如何以合法的方法取得被调查人的有罪供述入手的。而一旦取得有罪供述，对这一过程的同步询问或讯问录音录像资料就是以后制服翻供的法宝。在翻供的情况下，同步询问或讯问录音录像资料不仅能够洗脱办案机关刑讯逼供的嫌疑，还能起到固定。
证据的作用。完善职务犯罪侦查中非法证据确认后的追责机制。作任何事的关键因素和核心因子都是人，这就是我们常说的以人为本。因为任何事都要由人去办去做，再好的制度、再好的法律、再好的事，都要由人认真的做才能做好。没有解决好人的思想问题，人就不可能为了一人与他没有相关利害关系的事去努力，去费心费力地去把工作作好。只有把人的行为与此行为的后果确立相关明确的惩罚机制和奖励机制，人们才可能遵守相关规定。才有主动性和积极性遵守各种法律、法规、规章和制度。从这个原由出发，我认为，为了从更好的杜绝非法证据旳出现以保障人权，检察机关应该建立一个责任倒查机制。一旦在刑拿诉讼中确认出现了非法证据，就立即启动这个机制倒查是谁的责任。然后根据非法证据收集者的主观过错等相关情况追究其相应的行政或刑事等责任。
