（1）受成本效益的限制任何管理措施的执行都会涉及成本问题，内部控制也不例外。一个过于复杂的内部控制系统可能会使人纠缠于繁杂的公事程序之中。内部控制涉及的成本则是包括了设计及实施所消耗的时间，资金和企业的其他管理资源等等。
（2）受人为错误的限制首先，在决策时人为判断可能出现的错误以及人为失误会导致内部控制失效；其次，可能会出现两个及以上人员串通或管理层凌驾于内部控制之上而导致的内部控制失效；再次，内部控制人员的素质不符岗位要求也会限制内部控制的有效性。
（3）受制度滞后的限制因经营环境、业务性质的改变内部控制制度可能落后于经营管理制度，对于不正常的或者未能预料的业务类型可能失去控制能力。由此可见，内控制度流程只能管理日常正常的事情，而对于异常突发的事件就必然要用临时方案予以处理。
（4）高层管理人员滥用职权造成的局限性作为企业经营层和管理层的高层管理者是企业内部控制的坚实后盾，其在内部控制中是否作为，决定着内部控制的生死存亡。由于组织内对较高层次的管理者实质性的监控较少，而高层管理者有可能凌驾于制度之上，这就导致在中级或者高级管理层，一个组织的控制系统遭到破坏是非常严重的。因此，一个单位的内部会计控制在很大程度上受到管理当局的职权是否规范和是否有效地行使的限制。这是当前单位经济活动中内部会计控制制度不能有效发挥作用的关键因素之一。
2.2.5 会计信息系统和内部控制的联系
1.会计信息与内部控制二者相互影响、相互作用，共同保障企业生产经营的有效运行。企业的内部控制制度要求会计信息具有相关性和可靠性，以保证股东、外部投资者、高层管理者对企业财务数据分析及其带来的风险信息，及时准确把握和认识，从而实现控制目的。
2.会计信息系统要求内部控制对其进行保障良好的内部控制有助于防止会计信息失真。首先建立公司监管制度，加强会计法律、法规建设；二是与公司外部审计部门或会计事务所签订监管协议，以保证会计信息资料的真实可靠； 三是建立公司内部控制制度。四是开展会计人员信息系统知识和职业道德修养的培训，建立良好的职业操守，保证内部会计信息系统的安全性。
2.2.6 会计信息系统对内部控制的影响
会计信息系统概念的两种理解，其一：会计信息系统是以计算机为主要工具，利用现代信息技术和通信技术，对各种会计数据进行收集、处理、存储和分析，并为用户提供所需的各种会计核算信息和财务管理信息的计算机信息系统。其二：会计信息系统是对各种会计数据进行收集、处理、存储和分析，并为用户提供所需的各种会计核算信息和财务管理信息的信息系统。可见第二种概念包括了第一种，其范围更广，本文提到的会计信息系统指的是第一种。基于会计信息系统的内部控制是指计算机应用环境下的会计控制，是企业内部控制的核心。
1.内部控制目标的改变
一般来说，企业内部控制的目标就是企业所有经济业务往来活动交易的事项，企业通过内部控制制度的要求，保证公司一系列的控制活动的风险规避、保证会计信息系统出具的财务报告、财务分析资料及管理信息的真实、可靠和完整。同时还要确保计算机系统的安全使用，对输入的会计资料原始数据和输出的财务账目、会计报告的准确性、提高会计信息系统运行的效率和可靠性等。
2.内部控制内容、方式的改变
在计算机网络环境下，会计信息系统的内部控制制度制定严格的内部牵制制度和岗位责任制，结合外部环境的保护，保证会计信息的准确性和企业资产的安全完整。
需要针对信息系统增加其特有的控制（系统使用权限控制、修改程序控制等）和监督。
3.内部控制对象发生了变化
会计信息系统内部控制的主要对象是计算机软件开发设计方案、会计信息系统硬件设备、公司财务管理人员及上机操作的会计人员、信息流和运行规程等组成。信息系统内部控制包括一般控制和应用控制。主要是对企业会计信息系统开发设计、实施运行、监督维护、会计业务处理实施的控制，以保证会计信息系统对数据进行输入处理和输出的控制。
4.内部控制难度增加
作为企业管理信息系统的一个重要子系统， 与其他管理信息子系统有紧密的联系，会计信息系统从其他管理信息子系统和系统外界获取信息，也将处理结果提供给有关管理信息子系统，使得系统外部接口较复杂。同时因计算机不同与人，不具有人所特有的职业判断能力，这使得内部控制难度增加。
2.2.7 会计信息系统内部控制的特点
1.控制形式程序化
在网络环境下，会计信息系统将企业生产管理系统、销售系统以及采购管理系统等核心业务功能统一起来，从而实现企业内部资源信息的集成和共享。同时会计信息系统还能够实现生产预测、生产计划、资金预算管理、成本控制、本量力分析以及绩效评价等多项辅助性的会计功能，从而改变了传统的会计业务处理方式，提高会计电算化管理效率。在网络环境下，会计信息系统内部控制的具体方法和措施，通常都可以编织成相应的程序，无需人工干预自动执行完成，例如凭证类型，操作权限等，其效果比人工控制更准确、更严密、更规范。
2.控制对象二元化
在企业集团的实际工作中，虽然引入了会计信息系统，但实际工作中还避免不了一些手工会计处理工作，是在会计信息系统的辅助下减轻了一定的工作量。会计人员的手工处理工作体现在对财务数据的审核、编辑以及形成自动的财务报表等工作内容，体现了人机交互工作的特点。会计信息系统可自动检测会计科目编码的正确与否，以及会计凭证编码、凭证日期以及金额等多项信息的检验，减少了人工误差和人工审核检查的时间。实现了公司财务管理者和会计信息系统共同对会计信息数据资料的完整性和真实性的管理和控制，提高了会计信息处理的自动化、智能化。
3.控制技术现代化
会计信息系统的实际应用，提现了现代科学技术的进步。在实际工作中，要制定防范保护措施，以保护企业会计信息、防止相关人员作弊和犯罪。现代化的数据在工作中充分发挥作用，利用计算机编码技术、会计信息数据校验技术、网络安全技术、计算机防病毒破坏技术以及指纹识别技术等，防止各类风险，全面开展会计信息统工作。
4.控制内容数据化
大量财务信息和数据被录入到会计信息系统中由计算机进行自动化处理，这样通过计算机软件的运行，将会计原始数据输入到会计信息系统自动生成的。数据安全问题已成为网络环境下企业会计信息系统内部控制措施实施的重点对象。因此会计信息系统内部控制的内容是储存在计算机中的原始会计数据。
