质谱（ MS） 分析主要包括液相色谱 - 质谱联用（ LC - MS） 和气相色谱 - 质谱联用（ GC - MS） ,液相色谱又分为超高效液相色谱（ UPLC） 和高效液相色谱（ HPLC） .非靶向性代谢组学的分析，色谱可选择与飞行时间（ TOF） 、静电轨道阱（ Orbitrap） 、离子阱飞行时间（ IT - TOF） 、四极杆 - 飞行时间（ Q -TOF） 等质谱联用； 靶向性代谢组学的分析，色谱可与三重四极杆（ QQQ） 或四极杆离子阱（ Q - Trap） 等质谱串联，用多反应监测器（ MRM） 进行检测。大气固体分析探针（ Atmospheric solids analysis probe,ASAP） 结合质谱技术（ ASAP - MS） 采用毛细管吸取的方式进样，操作简单，可用于较复杂物质的离子检测，例如鼠的尿液以及狗和鼠的胆汁，能有效地将样品来源归类，但其产生的数据不如液质和气质全面，可以用于样本筛选方面[26].近年来逐渐发展了高集成和高通量的微流控芯片与质谱联用的方法，林金明等[27]在这方面做了很多工作，将微流控芯片与电喷雾质谱联用技术相结合用于细胞分析及药物动力学的研究，使细胞药物代谢研究和细胞间信号传递的研究深化到分子水平。
　　
　　1. 3 数据处理。
　　
　　代谢组学常用的数据处理软件有仪器公司的软件（ 例如 Waters 的 MarkerLynx,Thermo Fisher 的SIEVE,Agilent 的 MassHunter,Applied Biosystems 的 Marker View 等） 和一些公开免费的数据分析网站（ 例如 XCMS[2,34,36,43 -46],MzMATCH[36,47],MZmine[8,45 -46],Metalign[45 -46],Metaboanalyst[22,41,48],Melt-DB[46,48],metaP - Server[48 -49]等） ,还有专门的数据处理软件（ SIMCA - P,Matlab,SAS 等） .代谢组学常用的数据库主要有一般化学数据库（ 如 PubChem） 、代谢通路数据库（ 如 BioCyc） 、代谢物数据库（ HMDB） 、质谱数据库（ 如 NIST） 等[50].Xia 等[48]制定了 Metaboanalyst 软件处理代谢组学数据的标准，在格式化和上传数据、处理和标准化数据、鉴定有显着性的物质、利用代谢富集分析和代谢通路分析来阐明可能的生物机理方面提供了一系列流程，并且对比了 Metaboanalyst,MeltDB,metaP - Server,SIMCA - P,SAS 软件在处理代谢组学数据时的优缺点，发现 Metaboanalyst 网站在处理数据时应用较广，可以进行单变量分析、多变量分析、聚类分析、富集分析和通路分析。MeltDB 网站则可以结合其它组学的数据。XCMS 网站可以结合其它物质的数据库。各个代谢组学软件或网站的特点详见表 2.