海湾战争中再立奇功。
海湾战争期间，海豹突击队可谓出尽风头。当时海豹突击队几乎倾巢而出，他们为空军指示目标，自行摧毁其他手段无法除掉的防空目标与地面目标，执行夜间沿海巡逻、特种侦察、搜救搜雷、牵制作战和渗透作战等任务。1991年1月16日，“沙漠风暴”行动伊始，海豹突击队乘坐橡皮突击艇，接近海岸，获得了大量有关敌沿海防御的高价值情报。近岸海上封锁也是海豹突击队的拿手好戏。他们登船检查、活捉俘虏、猎取文件，无所不能。地面战尚未打响时，伊军将科威特沿岸的科拉岛作为收集盟军海空情报的前沿侦察阵地，对盟军威胁较大。1月24日凌晨，16名海豹突击队队员一举抢占该岛，俘虏29人。
在“沙漠风暴”之后的“沙漠军刀”行动中，为保证地面战争取得彻底胜利，美军采取了声东击西的战术：在科威特沿海摆出主攻部队强行登陆的架式。为增加可信度，美军总司令施瓦茨科普夫将海豹突击队也派了上去，执行转移伊拉克军队视线的欺骗任务。
1991年2月23日，“沙漠军刀”行动前夜，海豹突击队奉命执行代号为“欺骗”的佯攻任务，任务目的是使伊军相信多国部队将对科威特沿岸发动两栖登陆作战。夜幕降临后，一支由6名海豹突击队队员组成的小队悄悄地登上了2艘快艇。为防止暴露目标，快艇驾驶员关闭了艇上的照明灯，以每小时40海里的速度向科威特沿海驶去。到达岸边后，他们立即开始行动，卸下炸药包，将定时器定在2月24日凌晨1点，而后转身游回大海。他们还每隔5分钟就从快艇上扔下1包1千克左右的炸药并将其引爆。伊拉克两个装甲师火速向科威特海岸扑来。海豹突击队的“欺骗”行动直接造成了伊军战术上的误判，为“沙漠军刀”行动创造了有利条件。可是谁能想到，仅靠6名美国海豹突击队队员就调动了伊军两个装甲师。
组建中队后实施独立作战。
在阿富汗战争和伊拉克战争中，海豹突击队在各种环境中执行了各类侦察和突击任务。例如，实施海上作战，在阿富汗的深山中搜索恐怖分子，或是在伊拉克的城镇乡村中进行侦察。自2000年起，海豹突击队扩大编组规模，组建起了海豹突击队中队。一支海豹突击队中队一般下辖3~4支独立作战小队，每支作战小队又包含2个排的兵力以及1个整编战斗支援组。这种拥有独立情报搜集能力和目标打击能力的作战小队，在各战区内极大地提高了美国海军特种作战能力。海豹突击队完善的独立作战能力在反恐战争中也发挥了巨大的作用。
“9·11”事件后，自小布什总统发布追杀基地组织头目本·拉登的命令时起，海豹突击队就开始以各种想定模拟训练追剿拉登。美国在拉登可能藏身的地方都派出了大量情报和特种作战人员不间断地搜集情报，拉网排查。与此同时，海豹突击队也根据不同的情报和拉登可能藏身的地域，设定不同的场景，进行模拟训练。在接受任务后，又进行了临战前的紧急训练，保证了在执行任务时能够游刃有余，最终圆满完成了作战任务。辉煌战绩后的挫折与失误。
20世纪90年代以来，海豹突击队的战功显赫。例如：
1991年1月，索马里爆发内战，美国大使馆被袭。海豹突击队连夜搭乘直升机前往营救。他们巧妙地控制了当地一个武装头目，最后成功从大使馆救出了281名人员。
2003年3月26日，美英联军在纳西里耶遭伊拉克军队伏击，一名名叫林奇的女兵被俘，海豹突击队再度出手。潜入林奇所在的萨达姆医院，消灭了守卫，救出了林奇。
2008年8月，一名美国工程师在阿富汗遭绑架，奉命施救的海豹突击队在准确定位后，于10月14日晚，派遣24名队员乘坐直升机在距离绑架者约3英里的地方降落，爬上位于600米高处的山洞，在绑架者还未来得及做出反应之前将其击毙，成功地救出了人质。
然而，在海豹突击队的历史上，也不尽是光荣事迹。2004年，他们就曾卷入虐囚丑闻。此外，在索马里逮捕艾迪德和在哥伦比亚逮捕大毒枭埃斯科瓦尔的行动中，海豹突击队都出现了重大失误。
2005年，在阿富汗实施的“红翼行动”中，海豹突击队更是遭遇重大挫折。在清除塔利班武装头目艾哈迈德·沙阿的行动中，海豹突击队第十小队的一个4人小组在执行任务时，被3名当地的牧羊人发现。经过激烈的争论，最终海豹突击队队员们决定放走这3个人。但仅仅过了1个多小时他们就遭遇了塔利班武装的围攻。在与塔利班2个多小时的激战中，海豹突击队员先后有3人战死，最后1人也身负重伤，危在旦夕。喀布尔附近的美军基地在收到求救信号后立即派出了救援小分队实施增援，却不料在悬停救援时被隐藏在密林中的塔利班武装人员用火箭弹击中机身，最终迫降失败，机上16人全部阵亡。这次行动是海豹突击队自1962年成立以来执行任务中伤亡最惨重的一次，也是“海豹”历史上最黑暗的一天。
