越南战争中一战成名。
虽然海豹突击队是为应对冷战中的突发事件而组建的，但它却是在越南战场上真正一战成名。1962年末，海豹突击队第一特种作战大队作为军事顾问抵达南越，并于一年后开始执行常规部署任务。起初，海豹突击队与中央情报局一起在岘港外围执行任务，他们辅助中央情报局特工潜入北越开展隐蔽行动。然而，中央情报局很快就发现他们在北越找不到任何可以扶持的抵抗武装。相反，北越人民军却在南方成功掀起了多次暴动。后来，海豹突击队开始对南越部队实施水下渗透训练，目的是让南越部队从海路进入北越。因此，海豹突击队在越南执行的第一项非常规任务，就是训练当地武装。1965年后，海豹突击队除了担任军事顾问外，也开始以班排为单位在北越控制的桢沙特别区开展直接行动，例如在西贡和南海之间的树林沼泽地带不断进行袭扰作战。他们以14~16人为小队，轮流在桢沙特别区执行任务，活动范围甚至扩展到了湄公河三角洲一带。自1965~1972年，海豹突击队两支特种作战大队先后共投入近400人直接进行作战行动，取得了不错的战果。
在参加作战时，海豹突击队十分重视情报，认为行动成功的关键在于准确可靠的情报。部分经验丰富的海豹突击队指挥官更是搜集情报的能手，他们将当地人收为己用，建立起了完善的情报网。值得一提的是，这些海豹突击队队员并没有接受过情报搜集的专业训练，他们的情报搜集能力都是在完成任务的过程中逐渐摸索锻炼形成的。海豹突击队在越南的大多数行动，与目前其在阿富汗所执行的任务没什么不同，都是反暴乱行动，包括摧毁武器库、炸毁敌军基地或者暗杀越共高级领导人等。一般这些行动都是趁夜色在敌控区内进行。1967年，在海豹突击队的帮助下，南越的侦察部队共击毙了超过2万名越共士兵，俘虏数千人。
在海豹突击队对越南进行轮换部署期间，所有训练和行动都以东南亚地区为假想目标地域。在成立的前10年里，海豹突击队的主要任务就是参与越战。依靠实战练兵，海豹突击队的队员们各个都成为了优秀的丛林战专家。
由于海豹突击队实施了各类无声无息的突击行动，北越军队也称他们为“绿面人”或“秘密蓝眼杀手小队”.他们更贴出悬赏公告，缉拿海豹突击队的军官。根据战后统计，在越南战争中共有48名海豹突击队员丧生，超过200人受伤。而北越方面，仅在海豹突击队的行动中丧生的士兵人数就高达2000人。3名海豹突击队队员在越南战争中因表现优异而被授予荣誉勋章。
改组整编后逐步壮大。
由于军费开支收紧，1984年，2支水下爆破队被改编成为海豹突击队。另有2支水下爆破队被改编成海豹突击队的运输支援队，仅负责支援水下行动和抢滩作战。随着水下爆破队的改编和海豹突击队的扩大，其兵力配置呈现出了变化：海豹突击队第一、三、五、七突击小队部署在加利福尼亚州；而第二、四、八、十突击小队部署在弗吉尼亚州。运输支援队第一队以及“海豹”的后备部队第十七和第十八小队部署在夏威夷。海豹突击队第六小队一直是特战队中最神秘的一支，美国官方至今未公开承认它的存在。而美国媒体都猜测，正是海豹突击队第六小队击毙了本·拉登。
除了真刀真枪的战斗外，海豹突击队有时也参加一些特殊工作。改组后的海豹突击队在之后一段时间里，任务也有所变化。纵观整个20世纪90年代，在这10年中，海豹突击队从事时间最长的一项行动就是依照联合国授权参与实施对伊拉克的石油禁运。为威慑和打击伊拉克的石油走私活动，海豹突击队经常拦停自伊拉克驶出的货船并登船进行检查。这就是众所周知的“拦停、登船、搜查、没收”行动，这也是美国海上禁运战略的核心。萨达姆曾尝试偷偷将石油通过运油船运出，利用夜色掩护驶进与其关系友好的阿拉伯国家海域。但是，海豹突击队会在公海区域直接机降登船。这场猫捉老鼠的游戏直到“9·11”事件后才逐渐消停。
