行政执法与生态司法衔接还不顺畅
传统司法与行政完全分离的双轨制，司法机关与行政机关间缺乏有效的配合与监督，以致部分触犯刑事法律的环境案件仅以行政处罚替代刑事打击，即使司法介入也缺乏能动性，介入时机往往滞后，致使损害结果扩大，无法有效地解决环境纠纷。与此同时，检察机关对生态保护行政机关的监督职能也不能得到很好发挥，对生态保护行政违法司法监督容易缺位。一些地方环保部门出于地方经济利益，对环境违法行为视而不见、查而不处、处而不力，甚至对地方重要税源企业的环境违法行为“以罚代刑”“以罚代赔”.
社会公众生态法治意识还不强一方面，当遭受侵害的环境利益为环境公益，或者遭受侵害的环境利益高度分散，使所有受害者皆产生“搭便车”的心理时，普通环境诉讼由于原告缺位，导致环境正义难以经司法裁决得以实现。另一方面，由于立法对环境公益诉讼制度的模糊规定，使司法缺乏对民间环保组织的培育和整合，对公众参与的引导不够，对生态理念在全社会的普及造成影响。由于社会公众生态法治意识不强，生态保护知法、守法、用法的主观能动性未充分发挥，生态保护司法社会公众参与和监督氛围尚未形成。
建立生态保护司法体系的对策建议
创新理念
实践证明，重在法律主体的个体权益救济与定纷止争的传统司法理念难以实现生态环境和资源的有效全面保护。建立生态保护司法体系，必须将司法理念的创新放在首位，建立起与加快推进生态文明建设相适应的生态保护司法理念。一是环境资源实质性保护和改善理念。生态保护司法要将生态环境的实质保护和改善作为首要目标，司法结果上要考虑是否能够实现生态危险的有效消除与生态环境的实质修复。二是经济社会发展与环境资源协调发展理念。生态保护司法中，既要坚持环保优先，又要兼顾不损害或阻碍经济社会的正当发展，在二者冲突时，要发挥司法智慧，实现环保与发展的双赢。三是坚持预防性司法和能动司法理念。生态环境一旦遭受破坏往往难以修复，以事后救济为主要特点的传统司法往往难以实现对生态环境本身的保护，要充分运用司法提前介入、司法禁令等手段，避免生态环境问题的实质性形成或防止生态破坏扩大。
高位推动
生态保护司法体系建设需要各地创新实践，更离不开国家层面的顶层设计、强力推进。一是要将生态保护司法体系纳入司法体制改革的重点内容，加快健全生态司法保护体制，包括机构的设置、队伍的建立、制度的设定以及跨区域、跨行业生态司法管理等，形成明确统一规范的司法规定，继而在全国范围内推动实施。
二是要围绕贯彻落实党的十八届三中、四中全会精神以及《关于加快推进生态文明建设的意见》，在国家层面制定出台建立生态保护司法体系的指导意见，就生态保护司法体系建设的指导思想、重点内容、保障措施等进行规范指导，同时明确国家层面的牵头领导机构，统筹协调全国生态司法保护实践。三是最高人民法院、最高人民检察院、公安部等国家司法机关要加强对地方司法机关开展生态司法保护的指导，对地方生态司法保护实践给予支持，在系统内部形成权威、规范、高效的生态司法保护运行机制。
健全法律
要进一步加大生态立法工作力度，为生态司法提供强力支撑。国家立法要突出指导性，全面清理现行法律法规中与生态司法不相适应的内容，进一步健全生态环境公益诉讼、举证责任、审理程序、裁判形式、执行保障等法律法规，从国家层面对环境刑事犯罪规定行为禁止、行业禁入、生态修复等刑事责任。结合生态文明建设的推进，制定节能评估审查、节水、应对气候变化、生态补偿、湿地保护、生物多样性保护、土壤环境保护等方面的法律法规，修订《土地管理法》《大气污染防治法》《水污染防治法》《节约能源法》《循环经济促进法》《矿产资源法》《森林法》《草原法》《野生动物保护法》等，通过构建系统完备的生态保护法律体系，为生态司法保护强化法律供给，为地方生态立法提供上位法支撑，有效破解生态司法困境。地方立法要强化操作性，坚持因地制宜、体现特色、务实管用、便于操作的原则，立足加强地方生态保护的实际，围绕贯彻落实国家生态法律法规，进一步细化、实化、优化地方生态法律法规，对生态司法保护的范围界定、司法程序、补偿标准、生态修复、司法执行等都要作出具体明确的规定，确保地方立法更具针对性、更有操作性，通过完善地方立法，对地方生态司法保护创造条件、提供依据、强化保障。
完善制度
客观来说，我国生态司法保护还处于“摸着石头过河”的阶段，在制度机制建设方面还有很多空白，既有的制度机制也还没有成熟定型，这要求各级生态保护司法机关在制度机制建设方面大胆探索、积极创新。
一是建立完善以扩大主体资格为特点的当事人主体制度。放宽传统诉讼中对于原告主体与案件“须有直接利害关系”的限制，让关心环保且具有诉讼能力的主体尽量参与到生态司法中来。二是创新法律责任制度。在生态司法中围绕生态环境的修复，规定新型的环境损害责任。如在环境资源刑事立法中，明确规定补植树木、水土保持和改善等以行为罚为主要内容的生态修复责任，在环境行政案件中规定环境修复责任等。三是创新和完善生态司法的程序制度和相应机制。针对生态司法专业性强的特点，建立生态司法机构专门化和司法队伍专业化为内容的生态司法专门化机制；针对生态保护整体性和司法分散性之间的矛盾，探索建立以生态功能或流域为划分依据的跨行政区划生态司法集中管辖、专属管辖制度；针对生态司法案件中行政、民事、刑事多重法律关系缠绕不清的特点，建立以多重法律关系合并审查为主要内容的“三审合一”“审执合一”司法机制，统一司法尺度，节约司法资源，提高司法效率；针对生态司法案件鉴定难、鉴定贵、鉴定周期长等特点，探索建立专家陪审、专家咨询制度和有生态司法特色的调解制度，降低司法成本、满足生态司法的紧迫性需要；针对生态司法结果执行不力的现状，建立以司法与行政联动为基础的执行回访制度，以市场配置、公众参与为特点的裁判执行第三方监督制度，提高司法结果的严肃性和震慑力。
强化保障
生态保护司法体系建设是一项浩大而复杂的工程，需要在投入和配套措施方面强化保障方能有序加快推进。各级党委、政府要自觉将生态司法体系建设列入重要议事日程，加大人、财、物的投入，保证生态司法体系的建设和运行。一是抓紧建立和完善生态司法机构，在人员编制上进行统筹或优先安排，在生态保护司法人员职级待遇和特殊岗位津贴上给予倾斜，尽快组建高素质的生态保护司法队伍。二是在资金、设备、技术等方面给予充足和优先保障，确保生态保护司法工作反应迅速、处理专业、行动高效。三是建立配套生态保护司法结果的保障机制。通过政府划拨、社会捐助、行政或司法罚没资金等渠道，建立生态环境责任赔偿基金、公益生态环境修复基金，解决生态保护司法中生态环境侵权人不明或侵权人无力赔付的问题，以及具体公益生态环境体的保护和修复、一般生态环境公益保护的宣传和司法援助。还要鼓励环境责任保险，由具有生态环境损害责任风险的主体，依据自己的需要，自愿投保，对可能存在的生态环境损害责任进行风险分散安排。生态环境高危企业或其他经营者，则强制其按照一定的费率投保强制责任险，以确保生态环境受害人得到及时、最低程度的赔偿。
