生态保护司法体系是以生态环境保护为主要目的的全部司法制度、体制、机制、活动的总和。我国以往更多依靠行政手段保护生态环境的力度和效果已不适应时代和现实需要，探索建立新的以法治为基础更加有效的生态保护机制成为必然选择。
建立生态保护司法体系的重要性
建立生态保护司法体系是加快推进生态文明建设的现实需要。长期以来，因单纯追求经济指标而导致的生态行政“不作为”,与有限的生态行政管理资源难以实现“好作为”并存，加强生态环境保护这个重大课题一直没有得到很好解决，以往更多通过行政管理、公益倡导等方式保护生态环境的做法已不能完全适应加快生态文明建设的需要，探索建立新的更有效的生态保护体制机制是大势所趋。法治是现代社会最成熟最定型的制度形式，建立生态保护司法体系不仅是加强生态环境保护的重要举措，也是开创社会主义生态文明新时代的重要保障。
建立生态保护司法体系是完善我国法治体系的必然要求。完善中国特色社会主义法治体系，应当着眼于从深层次和整体上解决问题，把经济关系、政治关系、文化关系、社会关系、生态文明关系等各种基本社会关系合理纳入法律调整范畴。具体到生态文明领域，必须发挥司法公正对社会公正的重要引领作用，建立完善相配套的生态保护司法体系，加快建立有效约束开发行为和促进绿色发展、循环发展、低碳发展的生态文明法律制度，强化生产者环境保护的法律责任，大幅度提高违法成本，努力形成完备的生态法律规范体系、高效的生态法治实施体系、严密的生态法治监督体系、有力的生态法治保障体系，实现生态文明建设领域科学立法、严格执法、公正司法、全民守法。
建立生态保护司法体系是创新社会治理的重要内容。随着经济社会的发展，老百姓对环境质量的要求越来越高，生态维权意识越来越强，已经从“求温饱”转向“求环保”,从“求生存”转向“求生态”,要求参与环境资源保护的呼声也越来越高。各地环境诉求呈逐年增长趋势，每年因生态环境问题引发的群体性事件也不断增加。生态治理不仅要解决环境保护与经济发展的问题，而且要解决环境保护与社会稳定问题，迫切需要创新治理方式、提升治理能力。生态保护司法体系的建立，有利于以法律的手段制裁污染环境、破坏生态等违法行为，切实保障自然资源和环境保护制度的落实，维护人民群众生命健康，促进社会和谐安定，推动经济社会可持续发展。同时，通过司法机制保障人民群众生态环境知情权、参与权、监督权和受益权，有利于形成“尊重自然、顺应自然、保护自然”的理念共识，依靠群众力量参与生态保护、建设生态文明。
建立生态保护司法体系是国外发达国家保护生态的成功经验。在可持续发展理念的指引下，发达国家针对严峻的环境资源问题，通过完备立法，强化执法机制和机构建设，加大资金、技术投入，增强人们环境意识等手段，在较短时间内，基本有效遏制了环境资源问题恶化的局面，甚至改善了环境污染、资源破坏的状况，妥善处理了生态保护和经济社会发展的关系。并在生态保护司法体系方面，为我们提供了很多有益借鉴。比如，美国的环境公益诉讼制度规定公民可以个人名义对政府、企业、社会组织等的生态环境破坏行为提起诉讼；澳大利亚设立环境保护专门法庭负责环境法的实施；韩国在中央和地方设立环境纠纷解决委员会，以调解、仲裁等方式处理环境纠纷。
当前生态保护司法体系存在的问题
我国生态保护司法属于“自下而上”探索推进模式，没有形成全国统一的生态保护司法体系，既有生态司法保护机制也是“摸着石头过河”,已不能适应我国加快推进生态文明建设的需要。
生态环境法律法规还不完善
当前，我国生态保护法律法规还缺乏系统性、整体性和协调性，法律供给不足，给生态保护司法带来了困境。在国家法律层面，我国已出台了多部生态保护法律，但与建立生态文明法治国家的目标还相距甚远，主要是现行环境法规内容不健全，操作性不强，缺乏配套法规、规章和实施细则。比如，《环境保护法》虽然明确了环境公益诉讼的原告主体资格，但对环境公益诉讼的管辖设置、举证责任、裁判形式、执行保障等关键问题尚无明确规定。《刑法》及相关司法解释完善了环境犯罪的刑罚制度，但是在双罚制以及责任人处罚等制度上仍不完善，不能有效遏制恶性环境事件的发生。另外，我国现行刑事法律还缺乏针对生态环境犯罪的恢复性刑罚种类。在地方法规层面，立法数量相对较少，地方特色不明显， 可操作性较差，没有充分发挥地方环境立法针对性强的优势和特点，不能满足生态环境保护的实际需要。如四川省《环境保护条例》的内容绝大部分是《环境保护法》的翻版；2011年出台的《太湖流域管理条例》虽然规定了上下游之间的补偿，但没对因补偿产生的纠纷如何加以调处进行规定。
生态保护司法体制机制还不健全
生态环境案件的公益性、复合性、专业性、恢复性和职权性等特点，决定了生态保护司法受理难、举证难、鉴定难、审理难和执行难。对此，必须有一揽子与之配套的体制机制。但很多地方工作还较为滞后，突出表现在三个方面。
一是机构还不健全。目前，我国虽然已有18个省（市）设有专门环境法庭，但还有一些资源大省和生态脆弱地区，如山西、黑龙江、内蒙古等地生态保护司法机构的构建进展缓慢。在具体实践中，各地机构名称又不尽统一。比如公安系统设有生态保护分局、环保公安分局，检察系统设有生态保护检察局、环境资源检察处，法院系统设有生态保护审判庭、环境保护审判庭、环境保护法庭、环境保护巡回法庭、生态资源审判庭、环境与资源保护审判庭等。在人员配备上，生态保护司法人员总量、业务素质都还不能满足需要。
二是职责界定不清。有些地方林业公安与地方公安并存，共同担负着生态环境保护的职责，就生态案件管辖范围而言，因存在着交叉而出现纷争。有些地方适当扩大环境诉讼受案范围，将食品药品类刑事案件纳入环保法庭管辖范围，但公安部对公安机关内部不同警种的管辖案件进行了分工，这必然面临着公安机关内部的重新分工问题。
三是运行机制不顺。案件审判专业化不足，大多依赖于传统的诉讼程序，难以应对生态案件专业性、技术性的特点。生态保护司法鉴定、评估等司法辅助技术支持缺乏专业部门，生态保护案件侦办面临取证难、固定证据难、鉴定难、鉴定贵等难题，影响案件的定性和诉讼。比如，对涉水、涉气方面的环境案件作相应的司法鉴定，各地尚没有具备司法鉴定资质的专业部门，相关案件办案成本高、效益低。
