农业作为传统的行业与高速发展的电子商务融合的过程中，两者之间必然会有很多的不可协调的矛盾或者是技术上的滞后性，我国的农业电子商务本身就处在不断的探索和完善过程中，其在很多方面的发展还是赶不上电子商务发展的速度。
（1）网络基础建设落后，硬件设施不足。
据统计，我国农业电子商务网站在全国电子商务网站总数的占比大约为2%,与我国九亿的庞大的农民市场相比，显得微不足道。全国的涉农网站数量也很多，但仅占全国网站总数的10%左右。虽然近些年来在国家政策的扶持下，我国农村地区的互联网基础设施有了很大的改善，但是“信息不平等”等问题仍然存在城乡之间，农村的网络基础条件很贫乏。尤其是以乡镇为代表的农村山区网络建设更是薄弱地带，更谈不上幵展电子商务活动。农民没有条件也没有办法及时的从网上获取自己需要的信息。农村的网上银行服务也很落后，根本就没有开通网上支付业务。
这些硬件条件的缺失在很大的程度上影响着我国农村农业电子商务的发展。
（2）政府的支持和引导不足。
电子商务发展比较好的国家，电子商务的发展都得到了国家和政府相关机构的大力支持。美国和欧洲的一些国家在农业电子商务方面取得的成绩足可以证明这点，我国作为一个政策主导型国家，更应该在这方面发挥本身优势。但目前我国政府和相关部门无论是从立法角度，还是从政策支持、财政投入等方面都做的还不够，都未形成一套完整的政策法规体系。比如，目前存在的农产品流通政策和机制不健全，农产品流通途径不规范，导致监管空白等问题，使我国农业电子商务在国际舞台上失去了竞争力。目前政府支持力度仅仅限于对单个示范企业的推动上，没有考虑到整体电商的发展，只关注于点，而忽略了面。而对于我国大部分地区，尤其是中西部地区的农业电子商务的基础薄弱，就更加需要政府部门的大力支持和引导，鼓励农民参与到农业电子商务的活动中去，从而实现更好更快的发展。
（3）互联网普及率不高，农民上网比例低。
目前互联网的发展很不均衡，城市互联网的利用率明显高于农村地区。2012年中国互联网中心发布的数据显示，截至2013年12月，中国的网民规模达到6.18亿，农村人口达到1.77亿，占总体网民比例为28.6%,城镇居民互联网普及率为47.4%,而乡村居民的互联网普及率仅27.5%.尽管这种差距在不断的缩小，但是增幅还是低于城镇水平，在互联网用户分布排名前十的城市中，东部和中部等发达地区的城市比较多，西部地区互联网用户很少，仅有新疆一个地区进入前十的行列（见表2.1）。西部地区的网民在使用互联网方面仍有很大的提升空间。
（4）农业电子商务意识薄弱
尽管电子商务的发展在全球范围内已经产生了很大的影响力，但是对于受教育程度不高的农民用户、地方政府还有和农产品相关的一些企业，他们并没有完全意识到电商带给他们的惊喜，仅仅沉浸在传统的农业交易模式上，对于农业电子商务的发展仍持有怀疑的态度。对农业电子商务缺乏基本的了解和足够的认识，同时也没有内在的动力驱使他们对电子商务做深入的了解。从农产品在社会物流总额中的占比可以看出，企业等对农产品电子商务的发展意识仍很微弱（见表2.2）。
（5）涉农网站的建设亟需加强
据不完全数据统计，我国目前的涉农网站约在10000家左右，但从整体上来说，目前除了几个比较有影响力的国家级农业网站以外，其他网站农业的信息资源内容比较少，且重复率很高，有用的，针对性的信息比较少，信息更新周期比较长，时效性较差。网站设计缺少个性和专业特色，大多数网站的形式和内容都差不多，很多网页上专门的针对农民的信息比较少，各个网站之间的关联性比较差，大多数都是政府的宏观政策和决定，对农民没有参考价值和实际意义。
农业网站应该及时的更新信息，为农民提供时效性最强的信息服务，每个省市都应该根据自己的所在地区的特色产业建设个性化的农业网站，从而能够起到很好的推销作用，做到真正的为农民服务。
（6）农村电子商务人才缺失
农业电子商务不仅需要一大批能够精通网络信息技术，而且还需要能够熟悉农业相关专业知识的综合性人才，但目前我国对农业信息网络人才重视不够，投入不足，很多大学专业设置欠缺，专门针对农业服务的专业更是寥寥无几，使得这方面的人才有很大的空缺。加上我国农民的整体素质和文化水平都比较低，他们还不能独立的应用网络来从事农业活动，能够给农民培训的专业人才又很少，无法对他们进行及时的培训和指导，从而使得农民对于网络营销的认识不足，这些都严重制约了农业电子商务的发展。
2.3.2影响农业电子商务发展的内在因素
农产品本身就具有季节性和区域性的特点，加上本身品种繁多，没有统一的标准，生产和流通没法很好的实施，尤其是生鲜产品的冷链运输条件比较苟刻，对农业电子商务的发展非常不利。
（1）农产品标准化不统一
成功的电子商务都需要依托一套完整的标准体系，对交晃对象的品质分级标准化、包装规格化以及产品编码化。我国目前的农产品标准比较落后，更谈不上和世界接轨。由于农产品本身的特殊属性，季节性强，在自然环境中易变质、易腐烂。
其在生产的过程中也会受到很多因素的影响（比如天气，地理因素等），有些因素甚至是不可控。农产品品种比较多，这些都给农产品标准化实施设置难题。随着经济的快速的发展，品牌效益在电子商务中也发挥着很大的作用，而我国的农产品知名品牌却不是很多。目前农产品的行业认证体系不够完备且并不具有权威性，导致现在市场上有很多以次充好、鱼目混珠的现象，严重的影响了农业电子商务的发展。
（2）物流体系的不健全
物流配送决定着电子商务能否最终实现，是电子商务中至关重要的环节。农业电子商务也不例外。对发达国家和成功的电商企业进行分析，不难发现他们对于物流配送环节都相当的重视。现在我国的物流业也取得了一定的进步和发展，但是都基本分布在城市，能够延伸到农村的很少，这严重制约着农业电子商务的发展。而且农村农户居住比较分散，道路状况差，农产品尤其是生鲜产品，从农村到城市的运输条件要求比较高。我国目前的物流配送范围仅限于县城区域，乡村涉及的很少，最多就是邮政可以完成一些最基本的物资配送，这些配送都没有达到一定的技术手段，无法完成农产品的配送。农产品配送体系尚没有建立，物流成本居高不下，农民无法实现增收，制约着国民经济的发展，这对于农业电子商务发展的影响更是显而易见。
