《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》指出，要“确保依法独立公正行使审判权检察权”“改革司法管理体制，推动省以下地方法院、检察院人财物统一管理”.如何优化司法预算管理体制，通过确立司法预算独立来保障法院审判权行使不受行政权的干预是司法改革中无法回避的问题。但在当前预算管理体制下，司法预算运行状况存在诸多问题，应当借司法改革之机，优化我国司法预算运行程序，构建“央-省”二阶分层的独立司法预算。
一、目前我国司法预算运行中的问题
1. 司法预算在预算科目中的归类不科学
根据我国目前的财政管理规则，法院预算的收入主要包括法院行政事业性收费收入（ 诉讼费、培训费、资料工本费和住宿费以及其他缴入国库的法院行政事业性收费） 、法院罚没收入、基层公检法司转移支付收入等； 而法院的支出被列入国家安全支出项目中，主要科目包括行政运行、一般行政管理事务、机关服务、案件审判、案件执行、“两庭”建设、事业运行、年终结余及社会保险积极预算年终结余等。①但这样的预算科目设置将法院的预算置于行政预算之内，成为了政府预算的一个组成部分，这与我国《宪法》对法院与政府的关系规定是相悖的。
根据我国《宪法》规定，各级人民大表大会选举产生各级政府、法院和检察院，也就是说行政机关与司法机关是分立的，而现行的财政预算管理科目中，将司法预算置于政府预算之中，将法院的收支活动都定义在“政府收支分类”中，这在实际上造成了司法预算的不独立，混淆了司法机关与行政机关的定位。在美国，由于历史上初审法院司法经费由地方政府负责，也导致初审法院在很大程度上是地方政府的一个组成部分，而不被看作是州司法部门的一个基本的行政要素，②及至美国通过司法改革将初审法院的经费保障由州财政负责，这一现象才有所缓解。但与美国不同的是，我国的司法预算并不是单独编制的，而是嵌入式的内生于政府预算中，将法院的收支认定为政府收支的科目设置，实际上是从财政预算角度认为法院隶属于政府，这与现阶段依法治国和司法改革的理念是相冲突的。
2. 司法预算地方化导致地方性司法干预
目前我国法院的司法预算主要由同级政府财政负担，这直接导致法院与地方政府之间存在依附关联。一方面地方政府的财政收入水平决定了司法预算的充足程度，法院就更倾向于做出带有地方保护性质的裁判以保证地方经济发展； 另一方面，各级地方党委或政府经常在会议或文件中要求或者“建议”法院为地方经济的发展“保驾护航”,由此催生了法院“地方化”倾向。特定地方在特定时间内的公共收入是相对固定的，有限的财政资源在法院与政府之间进行的分配实际上就是一种总量均衡的博弈，法院要想争取更多的司法经费，就必须同其他政府部门进行款项申请的竞争，这使得地方法院的领导不得不花费大量的时间和精力与政府部门（ 尤其是财政部门） 的领导搞好关系，而在这个过程中，政府领导甚至一般工作人员就可能利用这种依附关系对个案进行干预。
3. 司法预算不独立不利于司法公正
由于司法预算的不独立导致前述的地方政府干预司法现象，直接造成了对司法公正的不利影响，这在行政诉讼案件中表现得尤为突出，即使原告胜诉，在执行过程中法院也要多方协调，在冻结行政机关银行账户后也不敢轻易划扣。在民商事案件中，银行、国企等地方性纳税大户以及与政府具有千丝万缕联系的当事人，都可以通过各种政府部门向法院施加压力，迫使法院作出对其有利的判决。在刑事案件中，有学者专门对司法经费与冤假错案的关系进行了分析，得出了司法经费的充足程度与冤假错案的发生概率成反比的结论。虽然有学者研究表明，司法经费的充足程度与法官审判效率相关性很弱，①但与司法公正的程度息息相关。美国学者上世纪就开始研究司法预算的消减对法院运行及司法人员薪酬的影响，学者也多次批评由于政府部门对司法院预算的“袭击”所造成的对司法公正的不利影响。②美国学者对5826 起死刑案件进行的研究结果表明，当政府投入的司法保障经费从最低水平上升至平均水平时，上诉死刑误判率就会下降 60%.要防止立法、行政等部门通过控制司法经费影响法院公正审判，就要保障司法经费独立。
4. 部分地区司法经费到位慢，且有挤出效应
司法预算独立的前提是必须保障不同经济发展程度地区的司法经费充足，只有在这个前提之下司法预算独立才是有意义的。由于我国东西地区间的经济发展水平差异，许多省份无法保障自身的司法经费，由省直接管辖法院人财物之后，司法支出如何保障，是司法改革必须考虑的问题。为解决地方司法经费不平衡和欠发达地区司法经费来源，可以从发达国家和地区借鉴先进经验。有些地区司法经费由中央统一保障，例如英国和我国台湾地区，④而有些国家，则在直接拨款之外采用裁量补助、综合补助、财政返还、特别基金这些财政转移支付形式来补充地方法院的经费缺口。
转移支付是我国法院司法经费的重要来源之一，相对于直接拨款而言，转移支付可以更有效地缓解由于地区发展不均衡造成的司法经费差距。但由于司法预算的不独立，在司法转移支付过程中掺杂了大量的行政意志，造成了资金到位不及时以及司法经费的挤出效应。首先，从司法转移支付资金到位的时间来讲，远远低于法律法规规定的时间。根据财政部的规定，各省财政应当在每年年底前将下年度对政法机关的转移支付资金的 50% 进行预下达，且当年 8 月份前应当将剩余部分下达完毕。但在现实中，由于繁琐的审批手续和个别人为的原因，第二期转移支付资金往往要到年底才能到位，有些地区甚至要到次年才能到位，造成了司法经费到位率的低下，甚至产生了寅吃卯粮的情况。
其次，部分政府将司法转移支付资金擅自“统筹安排”,在司法经费支出达到最低标准后就不再继续拨款，形成了“中央增加支付，地方减少支出”的挤出效应，山西某市对下辖 16 家法院的财政支持经费从 2007 年至 2012 年下降了 46. 2%.⑤而部分地方政府由于财政资金困难，甚至只是部分拨付专项司法转移支付资金，而将剩余部分用于政府其他部分支出，更加剧了司法经费的紧张。
5. 司法预算不独立导致司法服务的地方化差异
由于司法预算嵌入式内生于政府预算中，导致法院经费与地方财政收入状况关联度极高，而由于我国经济发展地区性的不平衡，法院经费保障情况也呈现地区性差异，一些偏远、欠发达的地区财政收入低，无法满足司法经费的支出需求，直接导致了司法服务的地区性差异。首先，对于经济欠发达地区而言，法院经费保障不力，法院不得不采取各种手段来节约有限的经费资源，在办案过程中为降低司法成本尽量采用简易程序、尽量简化审判程序、尽量采用不开庭方式审理，这对当事人权利的保障是十分不利的。对于多重管辖权的案件而言，当事人更容易选择经济发达、办案经费充足的法院来受理自己的案件以保证自身权利，这就形成了有选择性的“管辖套利”.其次，许多地区的司法保障不到位，导致大量的司法工作人员流失，在有些地方“一人庭”“无人庭”已不是个别现象，①这更加剧了司法服务地区供给的不平衡。
二、司法预算改革的价值选择
要解决目前司法机关“腰杆”不硬、不能有效防止地方干预的问题，必须要建立符合司法内在规律要求的司法预算管理制度，只有这样司法的独立性才能得到内在的保障。优化司法预算的改革必须符合以下几个价值标准。
1. 司法预算应当独立于行政预算
司法预算独立是保证法院事权独立的应有之义。现代预算法理论认为，预算不仅仅是预算单位的收支计划，其本质是通过对预算单位收支行为的规范来规范其财政收支，进而通过对财权的管理实现对事权的管理。也就是说，预算的本质就是通过收支行为来管理事权，在法院的司法预算由政府来汇总、编制、执行的情况下，这意味着政府可以通过司法预算来干预法院的事权。与行政机关上下级之间的领导关系不同，我国目前上下级法院之间是指导的关系，其目的就是为了充分保障当事人的诉权，使其权利在二审终审制度中得到充分保障，由法院内部自己建立预算编制、执行程序更符合司法规律。
从世界各国司法预算管理考察实证中可以发现，司法预算独立是现代民主、法治国家的通行做法，且司法预算独立不仅仅应当是政治管理角度的问题，更应当有明确的立法依据。例如日本的《裁判所法》就规定“裁判所的经费是独立的，应当计入国家预算内”,甚至许多国家将司法预算独立上升到了宪法层面，由宪法加以专门规定，例如菲律宾、玻利维亚、萨尔瓦多等国。在实行司法预算独立的国家，行政机关不得干预司法预算的编制和审批，即使在预算编制过程中，行政机关负责汇总司法预算形成国家公共预算，也不得修改司法预算的内容。例如萨尔瓦多宪法规定行政机关将司法预算纳入总预算时不得作出任何改动，即使国会认为司法机关作出的司法预算有修改的必要时，也应当提前征询最高法院的意见。
