1 划清审计类别，是农村承包合同审计监督职能运用的基础。
1.1 其他方 式承包合同审计。
是指农村审计机关对集体经济组织按照效益优先、兼顾公平的原则，通过招标、拍卖、公开协商等方式，将集体资产承包给本集体经济组织成员或集体经济组织以外的单位和个人所签订承包合同的审计。其特点：一是承包双方当事人是平等的民事主体关系，发包方是集体经济组织，承包方可以是本集体经济组织内部的农户、联户和成员，也可以是经本集体经济组织大部分成员同意的外部企事业单位和个人；二是审计对象主要是集体资源性资产和固定资产的发包行为；三是承包期有长有短，由双方协商确定；四是对承包人取得的土地承包经营权和固定资产使用权按照债权方式予以保护。
1.2 流 转合 同审计。
是指农村承包合同管理机关在办理土地流转手续时，运用审计监督职能，对当事人原承包合同和所签订的流转合同的合法性进行审查的活动。其特点：一是开展流转合同审计是当事人的自愿行为，须经当事人的申请方可实施；二是流转合同审计是农村承包合同管理机关开展土地流转鉴证活动的必备条件；三是农村土地流转合同审计与办理农村土地流转手续同时进行。
1.3 突击审 计。
不预先把审计目的、内容和日期通知被审计单位，而对农村集体经济组织隐藏事实、账外私自发包集体资产行为所进行的临时性审查行为。其特点：一是具有强制性；二是经主管部门批准，审计人员可直接持审计通知书实施审计；三是审计对象是农村固定资产和资源性资产的账外发包行为。
2 掌握审计内容是农村承包合同审计监督职能运用的关键。
2.1 审 查合 同主体。
审查合同主体的合法性，应审查签订合同的当事人是否符合法律规定。
2.2 审 查发 包程序。
一审发包的集体资产产权是否清晰，是否属于集体经济组织所有；二审承包方案是否经村民大会或村民代表大会三分之二以上成员讨论通过；三审发包价格是否履行评估手续；四审其他方式承包合同是否依法履行招标、拍卖、公开竞价程序；五审是否履行了相关审批程序。对承包人实施的土地流转行为，审查是否经共有人同意等。
2.3 审查合 同内容。
审查合同内容的合法性时，应当重点审查合同内容是否存在损害国家、集体或第三方利益的条款。
2.4 审查合 同意思。
农村承包合同约定的内容应当是双方当事人真实意思的表述，违背当事人意愿的合同不具有法律效力。
2.5 审查合 同条款。
依据相应的法律法规对合同条款进行认真审查，确定合同条款有无遗漏，各条款内容是否具体、明确、切实可行，避免因合同条款不全和过于简单、抽象、原则，给履行带来困难。
2.6 审查合 同文字。
确定合同中是否存在前后意思矛盾、词义含糊不清的文字表述，并及时纠正容易引起误解、产生歧义的语词，确保合同的文字表述准确无误。
2.7 审查合 同手续。
一是审查合同是否需要经农村承包合同管理机关批准或登记，如需经批准或登记，是否履行了相关手续；二是如果合同附有生效期限，应审查期限是否届至；三是审查合同双方当事人是否在合同上签字或盖章。
2.8 审 查清 洁条款。
清洁条款的审查就是农村审计机构对合同中的条款、数字、期限等改动之处进行审查。
3 履行法定程序，是农村承包合同审计监督职能运用的保证。
开展农村承包合同审计，是农村审计机关依法行政行为。
审计人员在对农村承包合同进行审计前，应当根据实际情况对被审计单位的集体资产存量、管理及使用情况进行调查摸底，认真履行审计程序，制定审计方案，下达审计通知书。对农村土地流转合同的审计，可在农村承包合同管理机关办理流转手续时进行，对涉嫌违法的承包合同和流转合同禁止流转，对违规合同建议更正，对标注、条款、期限、费用约定不明的合同，建议当事人予以完善。
4 纠正违法合同是农村承包合同审计监督职能运用的目的。
4.1 一方以 欺诈 、 胁迫的手段订立合同。
是指资产发包人或承包人故意隐瞒真实情况或故意告知对方虚假的情况，欺骗对方，诱使对方作出错误的意思表示而与之签订资产承包合同的行为。
4.2 恶意串 通 , 损害集体或第三人利益。
是指合同的双方当事人非法勾结，为了谋取私利，而共同签订损害集体或者第三人利益的承包合同。
4.3 损 害社 会公共利益。
是指当事人所签订的农村承包合同的履行，会违反公共秩序或者破坏社会公共道德等。
4.4 违反法 律 、 行政法规的强制性规定。
是指集体在固定资产、资源性资产发包合同中和农村土地流转当事人签订流转合同时，违反法律、行政法规强制性规定中的效力性规定，合同履行将损害集体经济组织或承包方的利益。
