专项审计调查是近年来审计机关针对具体问题常用的工作手段，其侧重于分析调研，有助于提出加强经济管理，完善政策制度的建议，专项审计调查对于政府行政工作具有其独特的作用。
一、专项审计调查与财务收支审计的基本理论概述
专项审计调查是按照法律法规的要求，采用特定的审计方法，对被审计对象经济、行政、司法等领域的特定事项实施专门审计的审计工作，专项审计调查是审计部门贯彻落实全面审计监督职责，发挥审计监督职能的重要工作。
而财务收支审计则是常规性的，对被审计单位（一般为行政事业单位）的预算管理情况进行审计，侧重于收入支出、基建项目、资产负债等方面的审计。财务收支审计主要审查被审计单位的资金收支是否符合国家法律法规及财政制度的规定，国有资产是否保全等的合法性合规性问题。
二、两者的异同分析
（一）专项审计调查的基本理论内容分析
专项审计调查是受国家财政部门、同级政府部门、纪委、人大等机构的委托，以专门项目为审计范围的专项审计，专项审计调查侧重于获取某个特定领域或项目的审计结论，与一般性的审计有着较大的不同，专项审计调查的主要特点是：专项审计调查主要是对被审计单位的特定领域的问题进行审计的行为，具有审计目标上的特定性。
1.专项审计调查中的被审计对象，可以是一个单位，也可以是一个系统，甚至是行业或地区的特定审计项目，而财务收支审计，一般被审计对象比较固定，专项审计调查的被审计对象具有相当的灵活性。
2.专项审计调查需要严格按照审计工作的制度规范来实施，由于专项审计调查是针对特定项目，所以更需要强调对审计制度和规范流程的遵守，以规避来自各方面因素导致的审计风险。
3.专项审计调查对工作时间要求很严格，专项审计调查需要集中人力物力迅速查明真相，分析原因并及时作出审计结论，为委托方提供具有时效性的审计报告，以有利于及时作出防患于未然的决策，所有专项审计调查适宜需要短时间内分析问题的审计项目。
4.由于专项审计调查往往会步及到法律问题，所以必须基于法律法规所规定的调查程序、调查手段等规制，也要遵循审计准则所规定的审计程序和评价标准，否则如果专项审计调查采取的取证手段、调查方法如果不合法，即程序不合法，那么得出的结论也无法具有法律效力。
5.专项审计调查的范围一般是根据经济运行中出现的问题、社会矛盾、政策法规贯彻实施中的难点和困难来确定，专项审计调查一般由审计机关、政府部门和纪委委托发起，对需要深入调查的重要问题或专门事项进行专门审计调查。
6.专项审计调查的实施主体不仅是单个政府审计机关，也可由多个审计机关来实施，也可联合社会力量，如会计师事务所、资产评估事务所等共同实施专项审计调查。
7.专项审计调查可采用的方法要比财务收支审计多，不仅包括财务收支审计所常用的核对、盘点、函询等专业方法，还有抽样检查、走访约谈、问卷调查、甚至采取法律调查等方法。
8.专项审计调查的流程一般为：准备阶段要进行专项审计调查立项，成立专项审计工作组，制定工作计划、工作方案等。实施阶段要注意对专项审计调查工作在调查阶段所发现的违法违规问题、经济问题进行分析，并及时转入审计程序，以审计工作来对这些问题进行分析，同时要注意选择科学的审计方法，一般是要采取复合性的、多种方法并用的审计方式，例如会计查账与实地勘察、询问与座谈、随机抽查与问卷调差相结合等方式。在报告阶段，应认真撰写专项审计调查报告，要做到数据真实、措辞规范、内容详实、问题明确，切实满足委托方的要求。在审定印发专项审计调查报告后，还要注意做好归档保存工作。
