随着经济的发展，政府投资建设项目力度日益加大。为保障国家资金有效运行，《审计法》第二十二条规定，“审计机关对政府投资和以政府投资为主的建设项目的预算执行情况和决算，进行审计监督。”工程决算审计是最全面的审计，包括整个建设项目立项报批程序、前期费用（含征拆费用）、招投标、合同签订、工程结算、财务收支以及投资效益审计等内容，涉及的被审计单位多，主要包括建设单位、施工单位、监理单位、设计单位、采购单位等。所以，加强工程决算审计，是全面掌握建设项目全过程的审计，对保证建设资金合理、合法使用，正确评价经济效益，总结建设经验，提高建设项目管理水平都具有十分重要的意义。
一、审前调查，做好审计实施方案
一个审计项目在实施前，审计组组长或主审要对该审计项目作审前调查，初步了解被审计单位及项目建设的基本情况，主要包括项目建设的建设规模、投资规模、概预算执行情况，管理机构、施工企业、勘察设计、监理、材料供应商等单位名称等；批准立项建设文件及其内容，资金来源渠道及使用情况；以及建设单位内部控制制度的建立及以前年度接受审计情况等。根据审前调查情况，做好审计部署，安排好人员。在人员安排上要注意工程审计组与财务审计组人员的配合问题。
二、列出审计资料清单，接收审计资料
在向被审计单位下达的《审计通知书》附件中注明审计资料清单，主要包括项目建议书、可行性研究报告、立项批准书、用地规划许可证、国有土地使用证明、工程规划许可证、开工许可证、施工许可证、设计概算书，招投标文件、中标通知书、各种承包合同或协议书，工程竣工报告或竣工验收单，会计报表、会计凭证、会计账簿等会计资料或其他相关资料等。
三、有重点地展开工程决算审计
（一）建设项目建设程序的审计
在实际工作中，应该严格按照建设程序，重点审查建设项目是否按规定经过相关部门立项审批，是否为“三边工程”,实际执行情况是否超过了概算并分析超过的原因，建设项目超概算后是否在原审批单位重新审批等。
例如，项目开工日期先于施工许可证的颁发日期，存在未按规定办理相关手续擅自开工的违规行为；入场施工日期先于施工图设计备案日期，存在边设计、边施工的违规现象；在未编制初步设计概算并经发改委进行审批的情况下，将投资总额由5亿元调整为6亿元进行招标，超过原批准概算20%,存在擅自调整原审批概算金额的违规行为等。
（二）建设项目招标投标审计
决算审计中，利用倒查法，通过审阅账套中工程款支付情况，很容易取得与建设项目相关的施工单位名称，沿着这条主线，通过询问，了解建设项目的招标情况，特别注意一些零星工程是否为肢解工程、是否进行了招标。审查围标与串标行为，可以通过审查外围数据，例如到建设工程交易中心审查各投标单位交纳投标保证金的情况，是否由一家单位账号交纳几个投标单位的投标保证金，竞标后建设工程交易中心是否按原交纳渠道退还投标保证金；中标后，建设与施工单位是否按时签定施工合同，合同内容条款是否与招标内容一致，是否发生了实质性的变动，例如建设项目以工程量清单的方式进行了招投标，招投标均明确计价方式为工程量清单综合单价，但签订的建设合同中约定的结算方式为“按实结算”,税前造价下浮4%,存在合同约定的结算原则与招投标内容规定不一致的违规行为。
（三）建设项目财务收支审计
1.建设资金来源方面的审计
重点审计建设资金的来源渠道及到位情况，资金来源是否合法，有无非法集资、摊派和收费。比如，国家建设项目的资金来源可按单位性质，有财政全额拨款的，有中央下拨专项资金地方政府配套的（修改后的预算法无地方政府配套资金），有自筹资金等。对于财政全额拨款及中央下拨的专项资金，根据财建[2002]394号《基本建设财务管理规定》，必须专户管理专账核算，有些单位就未按此规定执行，将财政建设资金拨到单位基本账户，与单位其他营业性质的资金捆到一起使用，混淆对财政资金的挤占挪用是非，达到了内部资金的调剂。对于单位自筹部分资金，就要结合国家相关税收制度及国家固定资产投资项目资金比率的相关规定来进行审计。一些行政单位自筹建设资金不是通过正规渠道向上级单位申请，而是分摊到下属自收自支事业单位。这种情况可根据下属事业单位来款年份，追查至下属单位当年会计报表及相关会计凭据，查明是否将事业收入或营业收入在未交或漏交税费的情况下上缴建设项目资金。对于政府通过招商引资建设项目的，在资金来源这块，主要根据《关于固定资产投资项目试行资本金制度的通知》的规定，审核投资商的项目资金是否按要求到位、是否影响到了工程按质完成。
