中医学的特色是辨证论治，是指导中医诊治疾病的基本原则，是取得最佳临床治疗方案和最佳疗效的基础。虽然中医学在几千年的发展过程中积累了丰富的经验，并形成了其临床论治的独特体系，但在中医内科学与针灸学临床辨证治疗过程中又有异同，现将辨证论治异同分述如下。
1 整体辨证
中医内科学在辨证体系中以脏腑辨证为主体，而脏象学说是脏腑辨证的核心，五脏藏而不泻，六腑泻而不藏，这是脏腑功能共性的一面，同时各个脏腑的生理功能又各不相同，这是脏腑功能中相异的一面。由于各个脏腑的生理功能不同，所以在病变过程中，所反映出来的症状和体征也各不相同，根据各个脏腑的生理功能，结合病因、病机来判断其病理变化，这是中医内科学脏腑辨证的理论依据。
针灸学在辨证体系中，是以经络学说为主要的辨证方法及理论核心，应用于针灸临床，主要根据经络循形分布（包括经络的交接、交叉、交会）属络脏腑，联系器官、生理功能、症候特点，通过辨证归经、辨位归经等来确定疾病的经络归属，这是经络学说辨证的理论依据。
2 治疗方法
2.1 中医内科学治疗原则 1）早治防变；2）治病求本；3）扶正祛邪；4）调整阴阳；5）调整脏腑气血；6）三因治宜。
2.2 针灸穴的治疗原则 《灵枢·经脉》曰：“盛则泻之，虚则补之，热则清之，寒则留之，陷下则灸之，不盛不虚者，以经取之。”
3 思维模式
3.1 中医内科学辨证思维模式 中医内科学是以“理、法、方、药”为基本思维模式，最终起治疗作用的是中药。由于中医内科学以中药为主，故相对应的辨证论治是根据药物的性能及其治疗作用，结合“八钢”辨证，充分体现中药“四气、五味、升降浮沉、归经、有毒、无毒”，以中药的某些偏盛、偏衰，纠正疾病的阴阳偏盛，“以偏纠偏”，以祛除病邪，消除病因，恢复脏腑功能。如在辨证过程中忽略了经络学说的辨证依据，何以谈药物的归经，正如《医学入门·运气》所说的“医者不明经络，犹人夜行无烛”，都强调了经络学说在中医内科的重要地位。提示我们在重视脏腑辨证的同时，运用经络学说，在诊治疾病中可获良效。
3.2 针灸学辨证思维模式 针灸学是在发展过程中逐步形成的“理、法、方、穴、术”为一体的独特辨证论治模式，由于针灸是以输穴治疗为主，输穴具有双相、良性调节的共性和某些相对特异的个性，通过合理的输穴配伍，选择适当的针灸措施，针刺手法与治疗时间，发挥对机体的整体调节作用，泻其有余，补其不足，才能恢复机体的阴阳平衡。在现行的辨证治疗过程中，往往忽略了脏腑辨证，何以谈联络脏腑器官，沟通上下内外，何以谈调整任督，调整阴阳，何以谈治病必求于本。因此，我们在实际辨证治疗过程中，应将脏腑辨证和经络辨证有机地结合在一起。
4 讨论
人体是一个有机整体，人与天地相应，身体一旦发生疾病，局部可以影响到全身，全身的病变也可以呈现在某一局部，内部的可牵连及外，外部的也可传变入里，内外结合统一审查，才能真正发现病所在之本源。同样，中医内科学、针灸学是中医学理论体系发展不可或缺的学科，只有二者相互补充印证，从整体观念出发，结合脏腑经络学说，将两者有机地结合在一起，有效促进中医学的发展。正如：
《金匮要略·脏腑经络学说先后篇》所说：“见肝之病，知肝传脾，当先实脾”。“人能养慎，不令邪风干忤经络，适中经络，未流传脏腑，即医之”……都体现了这种精神。
