可以从以下两个方面建立对中介机构的管理制度：
第一，明确应向税务机关上报审核的筹划类型。对中介机构为纳税人进行税务筹划的业务范围进行分类，属于税务筹划敏感类型的，建立事前裁定制度，由税务机关对其中涉嫌避税的交易提供判断意见。税务筹划类型的分类可以依据对避税地的风险等级分类来确定，如将黑名单国家列入重大风险等级。也可以设定一个税额，即当中介机构出具的筹划方案能够减少的税款达到一定数额时，必须向主管税务机关申请裁定。
第二，加大处罚力度。由于非居民企业是设立在我国境外的企业，为其进行税务筹划的中介机构往往是我国境外机构，我国国内法对其直接处罚权有限。我国税务机关可建立境外中介机构黑名单，对于有过在我国提供不良税务筹划偷逃纳税义务历史的机构，可限制其在我国开展业务。对于我国境内中介机构，则可实施加大罚款金额，吊销其执业资格等措施。
第五节 建立公允价值评估的双面机制
一方面税务机关应自身加强公允价值评估人才建设，引进在评估方面素质较高的专业人员，按不同行业特点设计出适合的公允价值评估方法和指标评价体系。
税务机关应加大人才培养的力度，培养这一领域的专家型的人员，以满足纳税人的需求。
另一方面，应加大与在公允价值评估方面有丰富经验的中介机构的合作。中介机构与纳税人的联系比税务机关更紧密，其对纳税人真实情况的掌握程度也比税务机关更深入。税务机关应利用它们的人才资源和社会资源为征税服务。但在这一过程中，税务机关也要注意防范中介机构恶意获取税务机关内部资料，以此来为纳税人作出不良税务筹划。
在 APA 方面，还可借鉴美国经验，专门设计一套适用于中小企业的预约定价安排，简化 APA 应用、延期、续签等环节，降低纳税人参与 APA 的门槛，充分发挥事前控制的作用。改进 APA 使之同样能够适用于遵从度更低的纳税人检查。为扩大 APA 发挥作用的层面，还可发行 APA 培训教材，对纳税人进行指导。对于纳税人的申请文件列为保密，提高纳税人申请的积极性和谈签的成功率。另一方面，还应推进税务机关与中介机构的合作，通过购买中介机构的服务来评估公允价值。
在 APA 的适用期限方面，应对面临不同商业环境的企业区别对待，对于受商业环境影响变化较大的企业，应适用短期 APA,而对于商业环境相对稳定的企业，可以适用长期 APA.在 APA 培训教材中，可对出于不同环境的企业培训，为其选择适合自己的 APA 期限加以指导。
在举证责任方面，应将股权转让价值公允的主要举证责任转移到纳税人，而税务机关承担审核的责任，增加纳税人对税法的违法成本。关于这一点，国税发[2009]2 号文中也作出了强调被询问人的法律责任的相关规定。这样既可以达到使税务机关的涉税风险降低的目的，也可以促使纳税人在法律规定的范围内采用合适的价格来转让股权，从而降低纳税人的涉税风险。
第六节 明确规范非居民企业股权转让的征管细则
对于征税过程中涉及的股权转让日、汇率的确定以及外币的换算等，以及其他相应的含糊规定，也应有更加明确的规定，以此加强事前控制。非居民企业股权转让业务有时会涉及一连串股权转让交易，在后一次股权转让交易时，税务机关是否认同先前间接转让的股权成本应以明确。在间接转让交易中，若转让股权的非居民企业因具有合理的商业目的而被税务机关确定为在我国没有纳税义务时，股权受让方以其收购股权的价格作为将来的股权转让成本，在后续交易中，主管税务机关对此是否认同也应加以说明。
对于非居民企业的股权登记信息，应建立定期检查更新制度，分析企业股权的结构变化，及时发现非居民企业股权转让中的税收征管风险，做好事中控制。
对于一些不明确或者可操作性不强的法条，要加以具体化，增强其可操作性，最好是在税务机关处理非居民企业股权转让的各个环节，均拟定可供参考的准则，在涉及到业务操作层面的细节时，应有相应的法条支撑，并且该法条应是意思表达清晰而无异议的，统一执法尺度，这对减少税务机关和非居民企业征纳双方的争议和纠纷具有重要的作用。
在法律法规层面明确规范，在 CTAIS 系统中准确监控，对于税务机关来说可提高征管效率，减少争议；对于非居民企业来说，明确的规范不仅为其提供了涉税行为的指导，也有利于非居民企业对自身行为的审查。税务机关对非居民企业涉税行为的准备监控，能够及时发现和纠正非居民企业的不当涉税行为，通过事前和事中控制，起到降低非居民企业在股权转让税收征管中的风险。
