1.2 模型分子的获得
本文截取晶体数据库中 2CRD 晶体中不同长度残基多肽作为模型分子。依次截取含有 3、4、6、8、10、12 个氨基酸侧链的残基多肽链，这些残基又分为含二硫键和不含二硫键两种。长度为 4、6、8、10、12 的氨基酸残基体系所带的净电荷数分别为 +1、+2、+3、+3、+4.3 表示截取的蛋白质侧链个数为 3 个，3s 中的 s 则表示截取部分含有二硫键。
2 结果与讨论
2.1 ABEEMσπ 方法计算模型分子的电荷分布
依据ABEEMsp的电负性均衡方法，使用我们所拟合的参数，计算模型分子的电荷分布。将 ABEEMσπ 与从头算方法计算模型蛋白分子的电荷分布线性相关性结果列于表 1 中。表 1 ABEEMσπ 与从头算方法计算模型蛋白分子的电荷分布线
从 表 1 中 可 以 看 出， 对 于 我 们 研 究 的 所 有 体 系，ABEEMσπ 方法所计算的电荷与从头算方法所计算的线性相关方程的线性方程的斜率接近 1.07,截距接近于 0.003,线性相关系数在 0.96 以上。由此可以得出，ABEEMσπ 方法所计算的电荷分布与从头计算的结果有很好的一致性。
3 结论与展望
本文应用原子 - 键电负性均衡（ABEEMσπ）方法，计算了不同长度多肽体系的电荷分布，得到的结果与量子化学方法计算的电荷分布的结果有很好的线性相关性，说明本文所拟合的价态电负性和价态硬度参数是合理的。与传统的量子化学方法相比，ABEEMσπ 方法可以大大地节省计算时间。
参考文献 :
[1]Bontems F C, Roumestand,et al. Refined Structure ofCharybdotoxin: Common Motifs in Scorpion Toxins and InsectDefensins [J]. Science, 1991, 254: 1521.
[2]Zhao D X, Liu C, Wang F F, et al. Development of a polarizableforce field using multiple fluctuating charges per atom[J]. J CompTheory Comput., 2010, 6: 795-804.
