四、增设了行政机关负责人出庭应诉的制度
新《行政诉讼法》第 3 条规定 :"被诉行政机关负责人应当出庭应诉。不能出庭的，应当委托行政机关相应的工作人员出庭。"这是一条极具中国特色的规定，要求行政机关负责人应当出庭应诉，这在世界上恐怕也是唯一的规定。众所周知，代理人制度是现代诉讼中的一个重要制度。因为当事人可能不懂法律或缺少应诉能力，也可能因为事务忙，不能亲莅，可由律师等代理人代理。
但在中国，有些行政机关的负责人受传统观念的羁绊，不屑于当被告，让其出庭感受法庭气氛，接受公正平等教育，很有好处 ;同时，有的行政机关负责人可能由于平时官僚主义，不了解其下属的违法或不当行为，使之出庭应诉，有助于了解情况，改变作风。行政负责人出庭应诉，将有利于解决行政争议。同时，考虑到工作繁重，不能每次都出庭应诉，因而也允许委托行政机关相应的工作人员出庭，当然，也不排除其聘请律师。
五、进一步改革了司法管辖的体制
管辖的问题实际上是行政审判体制的问题。在司法改革浪潮中，我国行政审判体制存在的问题是不容回避的。如何按照党的十八届三中、四中全会的精神，确保人民法院依法独立公正行使审判权，是本轮司法改革的重点和难点之一。
行政诉讼涉及司法权与行政权之间的关系。对于我国行政诉讼中长期存在的司法权威性严重不足、行政审判独立性不强等问题而言，管辖问题需要修改的根源在于避免权力的干预，避免地方保护主义。英国着名法官丹宁勋爵曾指出 :"在所有必须维护法律和秩序的地方，法院是最需要法律秩序的，司法过程必须不受干扰或干涉".
对此，修改后的《行政诉讼法》新增加了两款 :
一是 :"对国务院部门或者县级以上地方人民政府所作的行政行为提起诉讼，"其第一审行政案件由中级人民法院管辖 ;二是"经最高人民法院批准，高级人民法院可以根据审判工作的实际情况，确定若干人民法院跨行政区域管辖行政案件。"对于新增第一款，实际上是对《行政诉讼法》实施过程中产生的所谓"台州经验"的固化，其本质是提级管辖。通过提级管辖，有利于避免干预，使人民法院独立行使审判权。然而，虽然提高审级确有现实必要性，但并不能从根本上解决问题，甚至可能导致恶性循环。
解决现实问题的关键是增强司法独立性。设立跨区域管辖行政案件的人民法院是本轮司法改革的新尝试，也是增强司法独立性的重要举措，其实施效果如何，有待实践的进一步检验。不过，根据全国人大的调研 :"在涉及拆迁安置等方面，由于外地法院不便进行协调，异地管辖反而不利于解决矛盾".
这就需要在实践中进一步总结经验，并在后续的司法解释中予以明确。
六、修改了经复议的行政案件的被告确立规则
在制定原《行政诉讼法》时，也曾有意见认为，经复议的案件，不管复议决定是维持还是改变，都应由复议机关当被告，因为这都是复议机关的意思表示。但有些同志提出，这样做可能会引发基层法院受案不均衡。那时最多的是治安行政案件，治安行政案件属复议前置，这样，市属各区公安分局的治安行政案件，不服的都向市局申请复议，复议后，不管是维持或改变，将都由市局当被告，这样，所有治安行政案件将都由市局所在地的区基层法院管辖，其他区法院将无治安案件。
在治安案件占当时行政案件多数的情况下，区法院之间的受案数量将差异很大，形成不均衡，因此，有些同志提出，可将复议结果不同的案件予以拆分，维持的由原行政机关当被告，改变的由复议机关当被告，如此则各区基层法院的受案数量将会适当均衡。当时也有人担心这样做，如果复议机关不愿当被告，是否会都以维持结案?但有的同志认为不存在这种需要担心的问题。最终还是将维持与改变拆分开。后来的事实证明，由于败诉率是政府依法行政考核体系的硬指标，也是相对容易扣分的项目，同时应诉工作也很麻烦，因此确实存在着复议机关不想当被告而以维持结案的情况，这直接导致复议程序形同虚设，难以发挥作用。因此，这次修改时改为复议决定不管是维持或改变，都以复议机关当被告，促使复议机关必须认真复议。
其实，从世界范围看，居中作出裁决的机关，很多都不当被告，法院有一审二审，一审法院都不当被告。美国的行政法法官也不当被告。不当被告也许更有利于裁决者的公正办案。或者我们进一步可以这样认为 :复议机关当不当被告，取决于复议是监督机制还是居中裁判机制的法律定位。如果是上下级的监督机制，复议程序是行政化的，就应当是被告。如果是裁判化的复议程序设计，复议机关就不应当作被告。只不过，本轮《行政诉讼法》的修改并没有同预期那样与《行政复议法》的修改实现同步，则有关行政诉讼与行政复议相衔接的问题，还有待于《行政复议法》的修改予以进一步解决。
七、增设了行政、民事交叉的案件的处理途径
随着行政权的扩张，行政理念的转换，行政的作用领域、活动范围显着扩大，行政行为的方式也日趋多样化，行政机关越来越多地介入于平等主体之间的民事争议，行政裁决等活动应运而生。这是经济社会发展的必然。但平等主体之间的民事争议由于有了行政权的介入而得以容易和快速地解决。但如果民事争议双方当事人对行政裁决不服，就会同时产生行政争议。在我国现行司法体制下，由于不同性质的争议分别由同一法院内部不同的审判庭适用不同的法律程序来审理，因此就必然会发生民事、行政两种不同性质的诉讼之间相互交织与关联的情况。在轰动一时的"高永善诉焦作市影视器材公司房产纠纷案"中，围绕着三间房屋的所有权争议，纠纷各方当事人分别进行了民事诉讼和行政诉讼。然而历时十余年，产生近 20 份裁判，此案的纠纷并没有从根本上得以化解，这提醒我们必须思考一并处理民事、行政交叉的案件的机制。
本次修改《行政诉讼法》，吸收了最高人民法院司法解释的做法，主张行政、民事交叉的案件，如行政裁决、登记等案件，涉及民事的，当事人申请一并解决相关民事争议，法院可以一并审理。
此外，如果法院认为行政案件的审理需以民事诉讼的裁判为依据的，可以裁定终止行政诉讼。
我们期待，这样的规定，能够解决实践中行政、民事交叉案件审理时的繁复和困难，从而大大方便当事人，提高此类案件审理的效率。我们还主张，在审理这类案件的时候，不必拘泥于是"行政附带民事诉讼"还是"先民事后行政",只要能解决行政争议，在确保公正独立的前提下，什么样的形式都是可以尝试的。在审理这类相互交叉的案件的时候，行政审判庭也可以邀请民事法官参加，组成合议庭，共同开展针对案件的审理工作。
