20世纪末到21世纪初，是我国软件产业与软件公司较快发展的时期。在这个阶段各种成熟的中文软件相继问世，直接推动了中国软件产业的兴盛和电子计算机的普及。这个阶段的特点是在我国的软件工业快速发展的同时也受到了来自国际软件公司的竞争与冲击。最典型的如1996年Windows95和中文版Office等应用软件在中国的发行，严重地挑战了我国的软件行业。在这种情况下，我国找出自己发展的正确方向，在国际软件公司未涉及的领域，找准目标，快速发展。例如：适合中国特点的管理软件、翻译软件、安全软件、教育软件、财务软件等等。这些软件的崛起不仅弥补了Windows95的冲击造成的损失，而且为国内的软件企业重建起到了很好的示范作用。我国的软件产业20世纪末到21世纪初稳健、有序、快速的增长。软件产业的销售额从1996年的90亿元增加到2001年的287亿元，5年的时间增长了3倍多。经过十几年的努力，我国成功研制出C0SIX操作系统，是我国第一个拥有自主知识产权的64位UNIS中文操作系统，此系统于1999年通过鉴定。这个系统的建立，是我国中文操作系统史上具有里程碑意义的事件，是我国软件产业走向成熟的重要标志。
在这个时期，我国的软件产业有两方面的显着变化。第一，各级政府加强对软件产业的支持力度，制定了一系列有利于软件产业发展的政策。例如，国务院2000年18号文件《鼓励软件产业和集成电路产业发展的若干政策》等一系列文件。第二，软件企业经过发展形成了三个重要的特点。第一是积极建设软件园区，在国家政策的扶持下，全国各地建起了不少的软件园区，为后来软件产业的发展奠定了基础；第二是软件企业在管理上与国际接轨，实行国际通用的规范化的管理；第三是软件企业规模变大，在20世纪90年代以前，我国基本上没有大的软件公司，而到了90年代末、本世纪初，大型软件公司迅速增加。涌现出了中软总公司、东软集团、用友集团、北大方正等一些大的软件公司。到2001年，我国1000人以上的软件企业有56家，软件收入高达354亿元，占整个软件行业收入的61%，我国的大型软件企业这时在行业内起着主导的作用。在这个阶段，我国的软件公司在企业管理、融资和国际合作方面也做了许多有益的尝试。例如，引进海外的高级管理人员，并且进行国际质量标准ISO9000系列和CMM系列的认证，与国外的企业合作，例如我国的联想集团与美国的CA合作，建立了联想冠群公司等。在本世纪初，我国的软件产业同样也存在资金不足的困难，这时，许多软件企业通过上市来融资。尤其是互联网成熟后，软件企业成为市场的宠儿，人们纷纷把资金投向软件企业。就在2001年，我国软件企业上市的就有数十家，如齐鲁软件、用友软件等。
软件园区的建设是中国政府为加强软件产业建设采取的一项有效措施。软件园区的建设是从1990年开始的。软件园区的全面启动是在1995年之后，国务院陆续批准了一些属于国家火炬计划的软件园。这些软件园在全国各地遍地开花，形成了万紫千红春满园的景象。最有名的软件园如北京园、天津华苑园、成都西部园、沈阳东软园、武汉园、长沙园、济南齐鲁园、杭州园等8大软件园。到20世纪末，8大软件园区实现产值约50亿元人民币。全员劳动生产率达到每人每年约35万元人民币。企业员工总数约14000人左右。2001年，为贯彻国务院关于《鼓励软件产业和集成电路产业发展的若干政策》，国家计委和信息产业部为北京、上海等11个城市的软件园区举行了命名大会。软件产业在中国政府和国家政策的支持下迅速发展。在这11个软件园区中，做的最成功的有4个，即北大方正、科利华、用友软件和东软集团。
1.北大方正集团。方正集团是我国出版界高科技的代表。方正集团最早始于1975年，国务院决定上马478工程，也就是汉字信息处理工程。北大教授王选接受了478工程中的子项目“汉字紧密照排”的研究任务。经王选带领的研究小组的努力，于1979年研制成功“光华I号型机”。又经过20多年的不断改进，到90年代末，终于研制成功能处理彩色图文、多种语言文字的大型电子出版和管理系统。该系统拥有自主知识产权，是我国高科技产品的杰出代表。在国内，占领了85%以上的市场，并出口到十几个国家和地区。该出版系统的主要研制者王选2001年获国家科技最高奖。
2.科利华集团。科利华集团是我国生产教育软件的一面旗帜。科利华集团创办于1989年，第一年的产值5万元，到1998年产值达到3.8亿元，9年间翻了7600倍，它的发展是一种量子式的跳跃发展。科利华推出的CSC校长办公系统和电脑家庭教师以及“面向21世纪教育信息化全面解决方案”把我国教育软件推向了新的高度。
3.东软集团。东软集团创建于1991年，开始创业时，只有3个人，3万元，5台PC机。经过10年的发展，到2001年，总产值超过25亿元，集团总人数约3600人，其中76%的是学士、硕士、博士及海归人员。集团的市值超过60亿元。东软集团开发出几十种应用系统和公共平台，为国内3000多家大中型企业服务，同时它也是国际性的集团公司，同日本、美国、韩国等国家有许多合作项目。
4.用友软件公司。用友软件是财务软件中的龙头老大。用友创办于1988年，创办人为王文京和苏启强。用友发布了1990年版的用友财务软件和UFO财务报表软件后，1991年成为财务软件的龙头老大。1997年用友的销售额上升到2亿元，1998年上升到3.2亿元。国内市场占有率为40%，2001年股票成功上市。
