企业所得税每年征收的税额占我国全部税收收入的20%以上，成为了我国税制中不折不扣的主体税种，而且企业所得税对于国家调节收入分配，实施宏观调控等方面有着重要的作用。从2008年开始我国实行新的企业所得税法，将内外资企业所得税进行统一，所得税税率都按照25%征收，另外专门设定了两档优惠利率，被认定为小型微利企业的企业减按20%缴纳企业所得税，被认定为高新技术企业的企业减按15%缴纳企业所得税。同时新企业所得税法对于税前列支标准进行了说明，对从事有利于环境保护和能源消耗如节能减排、垃圾处理等的企业享受企业所得税“三免三减半”的优惠政策。新税法一定程度上保证了公平，有利于优化产业结构，减轻了企业的税负，但是大部分发达国家为了促进企业发展普遍釆用了 10%至15%的税率，显然我国的企业面临的税负要更高，使得我国的中小企业将面临更大的压力，这都不利于企业的进一步发展。而且由于我国幅员辽阔，各个地区发展并不平衡，各个行业间也存在差距，实行同等税率也有失公允，不利于解决区域、行业间发展的差距。
营业税的相关优惠政策包括提高起征点和免征，按照2011年财政部发布的实施细则，起征点在原来的基础上进行了较大的提升，照顾了低收入的中小企业的利益，减轻了税收负担。主要包括有：2009年1月开始大学毕业生、农民工从事个体经营的，2年内免征营业税、城市维护建设税、教育费附加；对持再就业优惠证的下岗人员从事个体经营的，3年内按每户每年8000元依次扣减其当年实际应纳营业税、城市维护建设税、教育费附加；国有企业下岗职工创办新的中小企业，对从事社区居民服务业的，可在3年内免征营业税、个人所得税、城市维护建设税及教育费附加。这些优惠政策一定程度上促进了社会的公平，但是受益面却十分有限，许多像个人独资企业、合伙企业等中小企业，因为注册性质的关系而不能享受优惠政策，使得这部分企业承担较大的税负。
3.2.2中小企业的资金难题
一直以来融资问题一直是中小企业发展的掣射，中小企业融资难的问题一直是各级政府和经济学家关注的焦点，尤其是金融危机的蔓延，使得中小企业处境更是雪上加霜。正规的银行机构不愿意贷款给中小企业是不争的事实，这种状况使得中小企业不得不从民间组织或小型金融机构贷款，无形中需要付出更高的利息，加大了中小企业的融资成本。而且中小企业本身的利润就不高，使得再投资的积极性减弱，资金的不足更是阻碍了中小企业对科技研发的投入力度，尽管国家有关部门针对目前的现状做了一系列努力和部署，如重点满足劳动密集型企业和成长期的技术创新型企业的信贷需求等，但是并未发生根本性改观。而现行的营业税收政策并未采取积极的措施，使得中小企业的融资处境依旧困难。这样的直接后果就是间接融资比例不断加大，应税利息管理难度大，税收不断流失。
除此之外，资金占用问题也制约了中小企业的发展，尤其是对于刚刚通过一般纳税人认定的中小企业。首先增值税专用发票的领购和使用是限额限量的，而且当月第二次领购增值税专用发票时还需预缴税款，具体为上次领购时开具销售额的3%,同时纳入抵扣还需要相关部门对取得的增值税专用发票认证相符，这就使得新办中小企业阶段性实际缴纳税款大于按照增值税暂行条例计算得出的应纳税额，使得中小企业的资金问题更加突出，因为这种缴税方式导致了对中小企业的资金占用，对其经营活动造成了严重的影响。因为资金的不充裕一直是中小企业的突出问题，资金的占用更会影响企业的再投资和生产。
3.2.3中小企业部分税收优惠政策不尽试用
首先，《企业所得税法》中明确规定，“国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15%的税率征收企业所得税，” 但是在认定的高新技术企业中中小企业所占的比例很小，这就表明大多数从事高新技术的中小企业无法享用15%的优惠税率；企业开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，可以在计算应纳税所得额时加计扣除。在研发经费方面，据有关统计资料显示，目前我国中小企业投入技术开发的经费约占全国研究经费的40%,远低于发达国家70%的水平，尚有超过50%的中小企业未建立专门的研发机构，也就是说税前扣除项目的加计扣除政策在中小企业计税过程中实施也颇有难度。其次，企业发生的与生产经营有关的业务招待费支出，按照发生额的60%扣除，但最高不得超过当年销售（营业）收入的5%.,这意味着，当企业销售（营业）收入超过1500万元时，业务招待费可以比原来多计提2%.但是事实上，中小企业的销售收入超过1500万是非常不容易的，因此这项优惠政策中小企业中的绝大多数都无法享受。再次，尽管《企业所得税法》规定小型微利企业可以享受20%的企业所得税，但是从政策中对小型微利企业的定义来看，其界定标准要比工业和信息化部等联合公布的小型微型企业标准的范围严格很多，这也就造成了口径不一，从而增加了执行的难度，也使得一部分企业失去了享受优惠的机会。
3.2.4其他方面存在的问题
另外，核定征收加重中小企业负担。在现行企业所得税征管过程中，由于大多数中小企业财务核算水平的限制，使得主管税务机关多采用核定应税所得率或核定应纳税所得额的方式征收企业所得税，这种做法对于销售利润率低的企业尤其不公平，同时也不能真正的体现企业盈利状况。而且采取核定征收的企业按照规定是不能同时享受小型微利企业所得税优惠政策的。
