当前，人类社会的司法活动已经进入科学证据时代，司法鉴定已成为诉讼活动中查明和证明案件事实的重要方法和手段。然而，目前我国刑事司法鉴定中存在的诸多问题却让人不无担忧，寄希望于短期内迅速提高我国的司法鉴定水平是不现实的，但这并不妨碍我们借助于公正的司法鉴定程序来促进和保障鉴定意见的可靠性与正当性，减弱错误鉴定意见对案件可能的负面影响。
一、我国刑事司法鉴定之程序正义分析
程序正义是司法鉴定公开、公正的重要保障，但是我国目前的司法鉴定程序在机构中立、过程公开、程序启动等方面存在着违背程序正义的问题。
(一) 鉴定机构的设置存在“自侦自鉴”现象，鉴定机构中立性受损
从理论上讲，司法鉴定在诉讼中的主要功能是从科学技术的角度或知识经验的层面发现事实真相或确认证据真伪，为诉讼活动提供服务，其性质决定了司法鉴定的管理职能应当独立于侦查职能、起诉职能和审判职能。那么鉴定人和鉴定机构的中立就应当是司法鉴定中程序正义的最基本要求之一，否则，就根本谈不上诉讼或审判的程序正义性，更不要说结果的正当性。
随着我国司法改革的进行，2005 年 2 月 28 日，全国人大常委会颁布了《关于司法鉴定管理问题的决定》(以下称《决定》) ，由司法行政部门统一管理鉴定人和鉴定机构。随之，人民法院系统从上至下全部撤销了自己所属的司法鉴定机构，终止了司法鉴定业务活动，侦查机关(公安、国安、检察) 的鉴定机构也停止了部分对外司法鉴定业务，革除了“自管自鉴”“自审自鉴”的弊病。但《决定》同时又规定，“侦查机关根据侦查工作的需要设立鉴定机构”，于是公安部和最高人民检察院保留了自己的鉴定人和鉴定机构，并且实行本部门自行登记管理。
“自侦自鉴”的存在不仅使鉴定机构处于不能中立的地位，同时由于缺乏必要的制约和监督，极易导致鉴定意见的明显倾向性，更可怕的是这些鉴定意见又总是以“科学的法官”的面目进入诉讼而被法院不加以深入审查而采信。侦查机关的这种“鉴侦合一”“鉴检合一”的机制往往会由于缺乏程序的公正而很难保障鉴定结论的科学性，自然也很难得到诉讼当事人的认可。
(二) 鉴定程序启动的权限上具有职权性，权利分配明显失衡
鉴定程序的启动是指由谁来决定是否进行鉴定，其实质是鉴定请求权和决定权的分配。在配置鉴定程序的启动权时，必须在保证鉴定意见客观性的前提下，充分实现对控辩双方的平等对待，防止权利失衡。双方决定鉴定的权利以及对鉴定决定的影响力存在差异，就意味着强势一方在专门问题上的垄断; 而弱势一方则必然在诉讼过程中陷于被动地位，这种强弱反差使平等对抗成为不可能，程序正义也就无从谈起。
我国目前在刑事诉讼中关于鉴定启动制度存在着启动权利分配的不合理问题。侦查机关“为了查明案情，需要解决案件中某些专门性问题的时候，应当指派、聘请有专门知识的人进行鉴定。”(《刑事诉讼法》第一百四十四条) “侦查机关应当将用作证据的鉴意见告知犯罪嫌疑人、被害人。如果犯罪嫌疑人、被害人提出申请，可以补充鉴定或者重新鉴定。”(《刑事诉讼法》第一百四十六条) “人民法院调查核实证据，可以进行勘验、检查、查封、扣押、鉴定和查询、冻结。”(《刑事诉讼法》第一百九十一条)“法庭审理过程中，当事人和辩护人、诉讼代理人有权申请通知新的证人到庭，调取新的物证，申请重新鉴定或者勘验。法庭对于上述申请，应当作出是否同意的决定。”(《刑事诉讼法》第一百九十二条) 由此可见，我国的司法鉴定的启动权由侦查机关、检察机关、法院共同享有，辩方仅有补充鉴定或重新鉴定的请求权，这种不对等直接导致了侦查机关在委托鉴定方面的垄断性。目前司法实践中绝大部分的刑事司法鉴定都是由侦查机关在侦查阶段自行启动的，辩方提出的补充鉴定或重新鉴定的申请有相当一部分被驳回，法官依职权启动的鉴定程序也极少。
控辩双方力量失衡，就会缺乏应有的对抗，司法鉴定因而成为专门机关对付辩方的“专利”，当事人很大程度上丧失了通过司法鉴定向司法机关提出事实证明的权利，司法公正严重受损。
(三) 当事人参与程序机制不足，鉴定过程不公开、不透明
程序公开是民主社会的基本特征，是诉讼公正的基本标准和要求，它既可以为利害关系人参与程序提供保障，又可以引入监督机制，防止权力滥用。对于司法鉴定而言，程序公开不仅意味着鉴定意见公开，还包括鉴定过程的公开。当事人的参与一方面能够满足其知情权，另一方面也可增强鉴定的对抗性、客观性。
在我国现行的刑事司法鉴定活动中，当事人参与鉴定活动受到很大限制。“侦查机关应当将用作证据的鉴定意见告知犯罪嫌疑人、被害人。如果犯罪嫌疑人、被害人提出申请，可以补充鉴定或者重新鉴定。”(《刑事诉讼法》第一百四十六条) “开庭的时候，审判长查明当事人是否到庭，宣布案由; 宣布合议庭的组成人员、书记员、公诉人、辩护人、诉讼代理人、鉴定人和翻译人员的名单; 告知当事人有权对合议庭组成人员、书记员、公诉人、鉴定人和翻译人员申请回避; 告知被告人享有辩护权利。”(《刑事诉讼法》第一百八十五条) 鉴定过程则实行密行原则，当事人基本无权参与，从而使刑事鉴定在某种程度上带有神秘色彩，被老百姓称为“暗箱操作”。这种封闭的鉴定程序，缺乏有效的制约和对抗机制，不仅剥夺了当事人对鉴定的知情权，而且也违背了司法公开、透明原则。同时，这种制度设计难以从源头上减少当事人异议的产生，成为导致重复鉴定、多次鉴定发生的一个重要原因。
(四) 鉴定人出庭作证率极低，质证程序虚化
质证是司法证明的基本环节，也是诉讼活动的一个基本程序。“质证的本质特征在于‘质’，即对证据的质疑和质问，而且这种‘疑’和‘问’都带有当面对抗的性质。”这种当面对抗能更好地保证程序的公正性和合理性，最大限度地实现程序正义。鉴定意见本质上是一种专家意见，并不具有预定的证明力，鉴定人出庭作证就成为判断鉴定意见证明力的必然途径。大陆法系的直接言词原则与英美法系的传闻规则，都做了同样的要求。
在我国的司法实践中，鉴定意见虽然也是一种证据，却往往因诉讼制度设计方面的缺陷，以及鉴定意见具有的科学性外衣而让司法机关忽视了对其进行质疑和质问，导致对鉴定意见的质证基本流于形式。鉴定人不出庭作证，当事人对鉴定意见的效力难以认同，不仅破坏了司法鉴定的公信力，而且违反了程序正义的要求。2012 年《刑事诉讼法》修订将“鉴定结论”修改为“鉴定意见”(《刑事诉讼法》第四十八条) ，这不仅是字面表述的变化，而且还原了司法鉴定这一诉讼活动的本质特征。
《刑事诉讼法》还规定: “公诉人、当事人或者辩护人、诉讼代理人对鉴定意见有异议，人民法院认为鉴定人有必要出庭的，鉴定人应当出庭作证。经人民法院通知，鉴定人拒不出庭作证的，鉴定意见不得作为定案的根据。”(《刑事诉讼法》第一百八十七条) “法庭审理过程中，公诉人、当事人和辩护人、诉讼代理人可以申请法庭通知有专门知识的人出庭，就鉴定人作出的鉴定意见提出意见。”(《刑事诉讼法》第一百九十二条) 这些都深刻地反映了法律对鉴定人的科学定位，对鉴定意见更加科学、客观、理智和审慎的态度。但实践中鉴定人出庭的仍是部分案件，质证程序虚化现象严重。
二、我国刑事司法鉴定程序之完善
以程序正义原则为指导完善我国的刑事司法鉴定制度，需要做到以下四个方面。
(一) 建立鉴定机构统一管理体制，确保司法鉴定的中立性和公正性
2005 年 2 月，《决定》在司法鉴定机构的中立化改革问题上迈出了实质性的一步，但仍然保留了公安机关和检察机关的鉴定机构。目前作为过渡，保留侦查机关的鉴定机构有一定道理，但是这种保留势必给鉴定机构和鉴定人的管理、鉴定意见的质证和采纳带来很大的麻烦。随着司法鉴定机构的规范化，侦查机关的鉴定机构也应当从侦查部门独立出去，转化为完全独立于国家专门机关的司法鉴定机构。从西方国家实践和我国国情来看，将司法鉴定的管理职能全部交由司法行政机关行使是完全可行的。只有这样，司法鉴定才能真正独立于诉讼之外，保持中立性。司法行政机关在管理的过程中，应特别注意实现各鉴定人和鉴定机构地位的平等化。只有保障各鉴定人和机构平等，才能确保其做出的鉴定意见的公正性，保障整个鉴定行业的良性发展。
(二) 赋予当事人司法鉴定申请权，实现控辩双方平等对抗
我国《刑事诉讼法》在将司法鉴定委托权赋予司法机关的同时，仅赋予了当事人重新鉴定和补充鉴定的申请权。从控辩双方平等对抗考虑，还应当赋予刑事案件中当事人鉴定申请权。这样，可以对司法机关的鉴定委托权形成一种制约。但这种申请是否被司法人员采纳，则完全取决于司法人员的意志，当事人的申请并不具有任何约束司法人员的效力。为避免当事人的司法鉴定申请权形同虚设，可借鉴国外的做法，在当事人提出鉴定申请后，司法机关应予充分注意和认真对待，以附理由的裁定或决定的形式决定采纳申请与否，并应允许当事人申请复议一次。为了保护当事人的利益，避免本来应进行鉴定的案件由于司法人员过失或故意不提起鉴定程序而影响案件的及时准确认定处理，可考虑强制鉴定的规则，即法律明确规定某类案件或某种情况必须交付鉴定人鉴定，对此，司法人员无自由裁量权。
(三) 建立当事人充分参与司法鉴定的机制，确保当事人的知情权
要确保当事人的知情权，就必须让当事人参与鉴定过程。那么如何让当事人充分参与到鉴定过程中呢? 借鉴国外立法的相关规定，笔者认为可以做如下设计: 一是允许当事人及其辩护律师参与鉴定过程，如果案件尚未确立犯罪嫌疑人，可委派公益律师提前介入; 二是允许当事人或其亲属聘请的“有专门知识的人”参与鉴定过程(“有专门知识的人”随后还可以在庭审中出庭，正好与《刑事诉讼法》第一百九十二条相衔接) 。当事人一方对于决定进行鉴定的机关、要求鉴定的问题、提交鉴定的材料、进行鉴定的时间和地点、对鉴定的情况和结果所进行的分析论证及所得出的鉴定意见都有权发表意见。
同理，控方对于辩方申请进行的鉴定过程同样有权参与。这样，不仅当事人可以通过“临场见证”消除各种疑虑，而且“有专门知识的人”还可以利用其在专业知识方面的优势代表当事人利益对鉴定意见提出质疑和建议，从而可以有效避免鉴定人作出虚假或错误的鉴定意见。这一制度设计可以提高当事人对鉴定结论的认可度，有效避免实践中出现的多次鉴定、重复鉴定等弊端。
(四) 明确鉴定意见的非终局性，完善鉴定人的出庭作证制度
鉴定意见的非终结性是证据裁判理念的要求，为此，鉴定人都需要出庭接受质证以确认鉴定意见的真实性和正当性。完善鉴定人的出庭作证制度，首先，鉴定人出庭接受质证应成为一般规则。规定鉴定人除非因法定事由应当毫无例外地一律出庭接受质证，否则鉴定意见不能作为定案的根据。其次，应建立鉴定人出庭保护制度。现行《刑事诉讼法》第六十二条的规定仍显单薄，为鼓励鉴定人出庭，应建立一整套完善的保护措施，将“有专门知识的人”纳入保护机制，真正使其免除后顾之忧。考虑到我国的现实情况，对鉴定人的保护机制应当以预防性保护为主、事后保护为辅。再次，应明确规定鉴定人无正当理由拒不出庭作证的法律后果。鉴定人没有法定事由不出庭或出庭拒不回答问题的，应当承担相应的法律责任，给当事人造成损失的应当承担民事赔偿责任，必要时司法行政机关可以给鉴定人行政处罚，情节严重的还应当追究刑事责任。
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