科技型中小企业以技术创新为主，此类公司的发展不仅需要雄厚的技术实力，更需要有良好的组织结构。典型的科技型企业以技术为主，采用典型的职能型组织结构。例如，某公司以某专业技术为主，公司的结构最高层可分为技术、运营和销售。各一级职能部门还可以进一步分成二级的职能部门，例如，运营部门可以进一步分为财务、人力、行政等等。在此种职能型的组织中，各个部门各自开展各自的项目工作。
由于各部门的独立运转，各部门之间的协作能力受到了一定的影响，出现了很多的弊端。
1、不以目标为导向，工作效率低
每个企业都会有自己的发展目标，在科技型的中小型企业中尤其要强调这一点，毕竟此类公司起步多靠融资或是不稳定的销售市场。而此类企业若是职能型组织结构，必然主要以各职能部门的经理为主来管控部门中的项目，若职能部门经理没有以目标为中心来思考问题和做事情，各部门都有自己的目标，却忽略了公司的整体目标，会造成公司期望发展方向与实际发展方向相偏离，而且无法及时纠正，相对于大公司有良好的经济基础和销售基础而言，中小企业发展方向的调整应该慎而又慎，稍有差池会造成不可弥补的损失。
2、一个职能部门多个项目配多套人马
以职能型为主的科技型企业，通常某个职能部门都是一个部门有多个项目多套资源多套人员，设备、人员都存在重复设置现象，而职能部门主管并没有意识到此类问题，资源使用效率低下。例如,研发部门的每一个研发项目都有自己的一套人马,犹如麻雀，物虽小五脏俱全。此种结构在大企业固然是好，术业有专攻，可是在中小企业尤其是科技型的中小企业确是弊端,由于科技型中小企业自己的资金来源不稳定，此种组织结构无疑是加重了企业的负担。在某个项目完成后到下一个项目到来之前的空档期，项目组资源处于闲置状态，情况轻的是一段时间内资源闲置，严重的是要解雇职员。
3、企业各部门间信息不对称，形成了各个部门间的“非正规沟通”，协调十分困难
在科技型中小企业中，职能型的组织机构就像大树，信息如同营养，营养单方向的由树根传向树枝，信息也是一样，各部门接受上级领导传达信息的时间、质量都会有所不同。与此同时，各部门之间的几乎没有沟通，对于闲置资源、人员的共享只能通过最高领导去调配，往往最高领导不可作出面面俱到的安排。而且高层领导得到的信息往往只来自于下一级的职能部门主管，信息来源单一，很难作出大而全的准确决策。
4、各个职能部门的项目团队成员不易
产生事业感和成就感。
虽然项目管控数据由单一部门收集，但是必须所有职能部门认真配合提供真实数据才能使管控数据准确无误。如果各个职能部门的员工普遍将公司整体的管控工作视为额外的工作，认为多余本部门主管安排的工作都是额外的工作，就会产生逆反情绪，提供的数据并不真实，使管控工作事倍功半。如果公司的大部分员工有这样的工作意向，不但不会激发员工的工作热情，还会对项目的质量与进度会产生较大的影响。科技型的中小企业就像一个木桶，拼接成木桶最矮的一块木板才是决定公司发展的关键，即使公司的某个职能部门再强，只要公司存在一个短板部门，也会整体减慢公司的前进步伐。
基于以上的问题，我们要采取对应的措施，从优化组织架构内人员的职能入手，进而优化公司智能型组织结构来提高公司项目管理的效率，才能让中小型企业稳步向前发展。
4.1一个职能部门设置一个或多个项目监控员
对于科技型的中小企业的核心部门应该设置职能部门监控人员，可以兼职，来统计公司研发资源及研发人员相关数据，做到职能部门的工作都有数据可查，这些数据不仅可以帮助部门主管高效调控部门资源和人员，更可以方便公司高层领导作出理性的决策。
4.2建立各个职能部门间正式的沟通
渠道，并建立网状闭环式的信息流通渠道设置各职能部门的项目监控人员作为各平级部门交流的接口，由于各部门的项目监控人员掌控各部门项目的主要信息，在协调项目各方面事宜时会相对容易，大大提高了公司整体的办事效率。
除此之外还应在公司内部设置项目把控的专职人员，方便集中收集项目各个阶段的信息数据，并将此数据总结传达给领导层，使公司的信息流变成双向闭环，为公司的决策提供实际的依据。
4.3定期思考、总结项目经验
在公司实际的运营过程中，往往会出现由N个职能部门共同完成一个项目的情况，N个职能部门中的M个项目干系人共同完成了一个工程（M<N），但M个人彼此并不熟悉甚至不认识。如果每个人仅仅考虑自己完成的那个模块，不去思考其他模块是怎么运转的，整个系统是怎么连通的，就会让这个项目的每一部分变得很片面。所以，只有在经历的同时，去思考、总结整个项目，才能将项目完成过程中的优缺点完全显示出来，使项目干系人真正获得成长。
综上所述，经过优化的“职能型组织结构”犹如在水中安装了一个过滤器。首先，此种优化保证了“智能型组织结构”的优势，也吸收了项目型组织结构的优势，其次，它可以使公司的领导层从多渠道了解公司的发展状况，通过实实在在的公司数据，对公司的发展进行决策。
