近年来，电子档案优势突显，但因其载体的特殊性与传统纸质档案在保管上有很大的差别，这就给档案管理工作带来了新的课题。
1.载体的差异。纸张的耐久性取决于纤维素的性质，尽管纤维素在一定的条件下，可发生水解和氧化反应，但只要我们在档案保护过程中，注意排除发生两大化学反应所需要的条件，就可以使纸质档案的寿命达到上百年甚至上千年。
而电子文件的载体材料是磁性物质和光盘。它们具有易产生静电而吸引尘埃导致卷曲、易与磁粉脱离、伸长后不易恢复等缺点。粘和剂起着连接底基和磁粉的作用，它具有易热胀冷缩、磨损、脱落、粘连、生霉等缺点，若保存不当直接影响信息再现。磁粉中的磁性氧化物颗粒的剩磁感应强度是记录和再现信息的决定因素，它极易受外磁场影响而导致褪磁、消磁等。光盘是利用激光进行信息存取的，常用的记录介质主要有碲、碲合金、硒、碳铝化合物以及一些在激光热效应作用下易产生物化性质变化的材料。这些材料不稳定、易氧化、易与碱溶液发生反应。与纸质档案载体相比，电子文件载体材料的寿命要短得多，一般仅5-15年。
2.环境条件影响的差异。不适宜的温湿度对磁性载体、光盘和纸张均有影响。对纸张而言，高温高湿，可促使纸张发生水解--氧化反应，可使字迹材料发生扩散、洇化现象。
而电子文件载体在温度过高或过低条件下，聚酯底基易膨胀或收缩变形，影响激光束精确定位和数据的读写。对纸张而言，即使灰尘已经对其产生实质性的损害，如磨损纸张、形成“档案砖”、产生色斑和霉斑等，也可通过修复手段在很大程度上恢复其所记录信息。而灰尘一旦对电子文件载体造成危害，载体上所记录的信息可能会局部丢失，在计算机系统上便无法读出原始信息，使电子文件失去保存价值。磁场和机械震动对纸质档案无任何影响，对电子档案而言，磁性载体则是最重要的影响因素。光线和有害气体对纸张的危害主要是促进纸张发生水解氧化反应，导致纸张强度的降低。有害气体和光线，特别是紫外线对电子文件的破坏力更大。有害气体在一定条件下腐蚀、破坏磁性载体和光盘，致使盘基、带基老化变质和磁粉脱落，使电子文件信息丢失。
3.技术寿命的差异。纸质文件一旦形成，其制成材料、字迹材料、字迹三者永远地结合在一起，它的寿命与其内部诸要素和保护环境条件有关。而电子文件的寿命不仅与其内部诸因素和保护环境条件有关，更与技术革新有关。因为电子文件是通过计算机将信息与载体结合在一起而形成的，必须通过计算机才能识读。一旦技术过时，信息就无法读出。
技术过时的表现有两个方面，一是技术革新，使旧的存贮技术消失。二是由于商业性的原因，使由单个厂家生产或销售的电子文件设备会由于厂家的破产或改变产品生产而很难找到配套产品。技术过时对电子文件安全性的影响显得更为重要。因此，对于电子文件中数字化信息的长期存取而言，技术过时比载体损坏是更为严重的危害。针对技术过时，目前在理论上提出三种解决办法：将阅读电子文件的设备与软件保存到某种技术博物馆中 ; 在纸与缩微胶片上制作拷贝 ; 将电子文件转换为尽可能中性格式的文档。这三种方法都将花费大量的人力和物力。最近，国际化标准组织提出确立统一的国际化标准，使不同系统和不同软件的数据可以进行互换。
这种方法不失为解决技术过时的有效途径。
4.信息保护的差异。纸质档案保护工作的目标是使档案的载体--纸张“延年益寿”,因为载体和记录的信息是结为一体的，保住了纸质文件的形体，以文字记录的信息就得以保存。对电子文件而言，信息与载体是可分离的，电子文件信息与载体的可分离性，使文件信息随时面临着被修改、盗窃，甚至被销毁的危险。此外，电子文件信息保护方面还面临一个不可忽视的隐形杀手--电脑病毒。电脑病毒是一种程序，它通过修改其他程序，并把自身的拷贝嵌入而实现对其他程序的传染。因此，如何保护信息不受损害是电子文件保护的重要课题。目前，保护电子文件信息的途径主要有防火墙技术、存取权限控制、数据加密法、数字水印法、数字时间印章法等。其中，数据加密法是指按确定的加密变换方法对未经加密的数据处理，使其成为难于识读的数据 ; 数字水印法是利用某种技术方法把作者的标志如印签、花纹等隐藏于电子文件中。然而，因为电子文件的加密和解密技术在不断地发展，保护电子文件信息的技术只能是相对的。
