1、 加强组织领导，靠实工作责任
为了保证小型农田水利项目建设的顺利进行，各项目县（区）普遍成立了由分管县（区）长任组长，水利、发改、财政及审计等部门和项目所在乡镇主要负责同志为成员的工程建设领导小组，全面负责工程建设的组织协调和日常工作，并组建农民用水户协会，参与工程建设和管理。有部分县区还根据水利工程项目建设程序，参照国家和省上制定的《中央财政“民办公助”小型农田水利项目建设管理办法》，结合自己的实际，制定了“民办公助”小型农田水利项目实施意见，同时完善了项目技术服务、工程质量监督等工作制度，保证了项目建设的顺利进行。
2、 广泛发动引导，调动群众参与热情
“民办公助”项目由县级水利部门会同财政部门按因地制宜、农户自愿、整体推进的原则申报，县级水利部门对用水者协会、村组集体及农村经济合作组织申报的项目进行审查并填写《财政农业专项资金管理标准文本》，逐级联合上报到省级财政和水利部门进行审查。项目下达后，领导小组及时召开有关乡镇、项目区所在村社群众、农民用水户协会参加的会议，把中央和省上关于“民办公助”小型农田水利项目的精神、有关政策和工程建设方案传达到每家每户，让村民采取“一事一议”的方式进行讨论，发动群众筹资投劳，通过进行广泛宣传发动，让群众成为“政策的明白者，建设的参与者，工程的受益者”，使广大村民形成“心往一处想，劲往一处使”的凝聚力，促进“民办公助”小型农田水利工程建设健康、有序、稳定发展。
3 、规范建管程序，确保工程质量
中央项目资金下达后，省上安排项目县编制实施方案，实施方案上报水利厅和财政厅审查批复后由县级水利部门组织协调项目实施，在项目建设过程中，几乎所有项目县都落实了“四项制度”，即全面推行项目法人责任制、招标投标制、建设监理制和合同管理制，规范项目建设，强化质量监控。在施工过程中，严格按照《甘肃省水利工程建设质量监督管理办法》和《甘肃省水利水电基本建设工程质量检验评定标准》，由监理人员负责监督施工单位规范施工，对于不合格工程限期返工，质检合格后才能进入下一道工序。对工程建设材料实行竞价采购，严格质量检测，确保单项及整个工程质量都能达标。在施工现场，设置公示牌，公告项目投资、建设内容、效益指标、工期及责任人，同时，公布“民办公助”项目国家补助资金的数量和农民筹资筹劳数额，接受群众监督。工程竣工后，整理全部竣工验收资料，经审计部门审计后，由县区财政和水利部门进行初验，然后申请省级验收，最后由省水利厅和省财政厅组织，从前期工作、任务完成、工程质量、资金使用、建后管理、工程效益等方面进行最终验收。
4、 严格资金管理，实行专款专用
建设资金实行统一管理，专户储存、专款专用、专账核算，根据工程进度按比例拨款，实行报账制。各施工单位凭票据，经现场技术人员核实，县区水利部门审核后统一汇总，由县区财政局通过银行转账拨付，杜绝了大额现金支付工程款和材料款。审计、监察部门定期不定期监督检查，防止滞留、挪用现象发生，防止无资质的单位和个人非法承包、层层转包工程，保证工程建设资金的使用安全。我省实施的项目，中央补助资金占30%，省级占7～10%，市级占3～10%，县级占3～7%，受益群众自筹占40～60%。酒泉市小农水试点项目55%建设资金是靠群众筹资筹劳，项目区667 m2人均投工最少的10个，最多的25个，折合资金300～600元/667 m2。
5、 明晰工程产权，落实管理责任
为了保证“民办公助”项目建的好，管得住，长受益，各地积极探索建立工程建后管理机制，绝大部分工程逐步走上了规范化的轨道。由国家补助兴建的农村小型水利灌溉工程，产权归集体所有，由村民代表大会选举产生的“农民用水者协会”负责管理，没有成立农民用水者协会的，由村组集体或全体村民推选的专人负责管理，也有些依托当地的水管站管理。
无论采取哪种方式，都必须在县区水利部门的指导监督下，建立健全岗位责任制，制定各项管理规程和规章制度，将各项责任落实到人，保证工程正常供水。由于农民当家作主，民主决策，自主管理，受益区群众普遍爱惜工程，管理的比较好。
6、 强化运行管理，充分发挥效益
工程效益发挥的好与不好，运行管理是关键，工程建成后，水利部门的首要工作是培训运行管理人员，使他们掌握机电设备、阀门等如何开启，设备怎样维护，水量、水价怎样计算，水费如何征收等。水行政主管部门要根据《甘肃省水利工程供水生产成本、费用核算管理暂行规定》，合理核定农村灌溉工程的生产成本，确定工程供水水价，报请物价部门审批后执行。据水利部门提供的资料，大部分工程使用水费专用票据，按方收费，并定期对水价、水量和水费收支情况进行公示，使用水户用上明白水，交上放心钱，接受大家的监督。通过规范的运行管理，合理的水价水费措施，不但使工程良性运行，发挥了最佳效益，还培养出了群众的节水意识。
