新的《事业单位财务规则》于 2012 年 4 月 1 日实施，与之相配套，新的《事业单位会计准则》和《事业单位会计制度》（以下分别简称新规则、新准则、新制度）于 2013 年 1 月 1 日在全国正式实施。各地为贯彻落实财政部规定，积极开展新制度培训，抓紧更新会计信息系统，取得了明显成效，但在实施过程中，有几个问题亟待明确和解决。
一、关于折旧和摊销
引入固定资产折旧和无形资产摊销是这次新制度改革的一大亮点。新制度要求事业单位按事业单位财务规则或制度规定确定是否计提折旧，并规定了“虚提”折旧和摊销的创新性处理方法。这一处理虽然兼顾了预算管理和财务管理双重需要，对落实“实物管理与价值管理相结合”的资产管理理念、加强内部成本核算具有重要意义，但具体对某类事业单位是否计提折旧和摊销并不明确。
新制度总说明第 5 条规定：事业单位应当按照《事业单位财务规则》或相关财务制度的规定确定是否对固定资产计提折旧、对无形资产进行摊销。而新规则对固定资产和无形资产是否计提折旧和摊销只字末提，无法“按照执行”。 新准则第 23 条规定：事业单位对固定资产计提折旧、对无形资产进行摊销的，由财政部在相关财务会计制度中规定。因此，只能根据相关财务制度的规定界定是否计提折旧和摊销。财政部已经公布了《医院财务制度》《高等学校财务制度》《科学事业单位财务制度》《中小学校财务制度》等 10 个行业财务制度，其中医院、高等学校和科学事业单位财务制度已明确要求计提折旧和摊销，而其他行业财务制度对此没有明确。
根据新制度总说明及行业财务制度的有关规定，结合事业单位分类改革的要求，对某个具体事业单位来说，判断是否计提折旧和摊销，建议按“行业制度优先”的原则确定，即行业财务制度明确要求计提折旧和摊销的必须计提；没有明确的，由主管部门会同同级财政部门，根据事业单位分类改革要求确定，原则上列入公益二类事业单位的应当计提，公益一类事业单位可暂不计提；主管部门没有明确要求的，事业单位可自主确定。
二、有关折旧年限
对于必须计提折旧的事业单位，新制度规定了两种折旧方法，即平均年限法和工作量法。对于大多数事业单位来说，选用平均年限法的可能性较大。而采用平均年限法计提折旧的前提是必须合理确定各类各项固定资产的折旧年限。医院和科学事业单位固定资产折旧年限已由财政部和原卫生部、科技部作出明确规定，而新事业单位会计制度对固定资产的折旧年限没有具体规定。建议省级以上财政部门和主管部门尽快对此明确。
三、修购基金的提取
新规则第 33 条规定：对于不计提折旧的事业单位应该提取修购基金。修购基金按照事业收入和经营收入的一定比例提取，专项用于固定资产维修和购置，在相关购置和修缮科目中各列支 50%。第 34条规定：各项基金的提取比例和管理办法，国家有统一规定的，按照统一规定执行；没有统一规定的，由主管部门会同同级财政部门确定。为规范专用基金的提取，财政部专门下发了《关于事业单位提取专用基金比例问题的通知》，对提取比例作了原则性规定，明确了职工福利基金应在年度非财政拨款结余的 40%以内确定。但是，文件并未对修购基金的提取比例作出原则性规定，只是明确将确定权交由省级财政部门，由其参照通知有关规定，结合本地实际确定。到目前为止，绝大多数省级财政部门还没有给予明确，建议尽快加以明确。
四、职工福利基金的使用
新规则第 33 条规定：职工福利基金专门用于单位职工的集体福利设施、集体福利待遇，并要求地方主管部门会同同级财政部门确定具体管理办法。长期以来，由于各地对集体福利设施和集体福利待遇的理解不一，职工福利基金在使用时无章可循，比较混乱。建议省级财政部门会同同级主管部门尽快出台职工福利基金使用管理制度，细化管理办法，明确基金的列支范围、列支方式和开支标准。
五、加强单位负责人的培训
为保证新制度有效实施，财政部及时下发了《关于贯彻实施事业单位会计准则和事业单位会计制度的通知》，明确要求地方财政部门加大对事业单位负责人和会计人员的普及性培训，加强对所属事业单位贯彻执行新制度的指导和监督。虽然各地积极落实财政部意见，开展了逐级培训，但培训大多限于事业单位会计人员。多数事业单位负责人对新制度实施没有概念，对贯彻落实新制度、全面提升事业单位会计核算和财务管理水平极为不利。建议由上级财政部门举办专门针对下级单位负责人的培训，以增强他们执行新制度的意识，从而保证新制度的贯彻实施。
六、相关制度的配套
目前高等学校、中小学校、文化、体育等 10 个行业财务制度已经颁布并正式实施，但仍有文化、广播电视、体育、文物等几类事业单位会计制度至今没有出台，导致这些行业还不能执行新会计制度，因此必须加快出台与之配套的行业会计制度，从而保证改革的一致性。
