一、新高校会计制度实施中存在的问题
（一）权责发生制执行中存在问题
目前高校会计制度并非是完全的权责发生制，基本上还是采用收付实现制的记账方式。在资产的核算方面，高校资产核算一次性计入支出，尽管新高校会计制度提倡引入折旧或摊销的核算要求，要求高校资产支出能趋同企业资产核算要求，在合理使用年限内分摊成本。然而目前高校采购资产时的会计处理为：借记支出类科目，贷记“银行存款”等科目；同时借记“固定资产”科目，贷记“非流动资产基金”科目。实践操作中依然是资产购入成本一次性计入支出，而在资产使用期间的效益并未确认和计量，固定资产折旧或摊销在高校会计制度中并未详细指出具体的操作，实践操作中固定资产也未曾提过折旧，造成高校资产支出过大，收益和支出无法配比，固定资产折旧或摊销的会计核算要求形同虚设，毫无现实作用。资产从购置、使用、减值到报废的整个过程中，每一个环节都需要确认价值的变动，按照目前高校会计制度的核算要求，购置时一次性计入支出，使用中未曾计提折旧，资产发生减值时也未曾进行会计处理，报废时全额冲减资产价值（借记“非流动资产基金”科目，贷记“固定资产”科目）。可见资产在使用环节发生价值变动并未确认和计量，导致高校资产会计核算的信息失真，高校会计核算配比原则无法实现。在负债的核算方面，高校通过设置“应付账款”“应付票据”“预收账款”“其他应付款”“应付职工薪酬”“长期应付款”等科目进行会计核算。对于高校筹资活动所产生的利息，借入款项产生的利息尽管有专门的“债务利息支出”和“债务本金支出”科目进行核算，但只有在归还借款利息时才在“债务利息支出”科目中反映，对于借款期限和还款方式不同，需要考虑借款利息期间，平摊到各个会计期间，然而在实践操作中却没有进行核算加以反映。在收入的核算方面，高校应收未收的学费收入未计入收入核算。目前高校仍然是按照实际收到的款项计收入，学生欠费收入不纳入收入，这样核算不能体现新高校会计制度的要求。高校收入的核算管理不单单是实际收到的收入，还包括收款的权利，这样才能完整地体现高校的“盈利”能力，掌握高校真正的财务信息。
（二）基建“并账”执行困难
高校基建账务和事业大账是两套账，彼此业务有交叉，资金往来如何处理是难点。新高校会计制度要求高校基本建设投资单独建账核算，同时要求事业大账设置“在建工程”科目核算，基建账至少每个月并入事业大账，合并账务处理。无论是在建工程还是已完工交付的工程，最终都是增加了学校固定资产，理应记入固定资产类科目核算，同时计提折旧或摊销，核算受益期间成本，从而真实反映固定资产投资的效益，保证学校财务数据的真实性。基建来源于财政专项拨款的零余额账户资金部分无法直接转到基建账户用于支付工程款，只能由事业大账代基建账户支付，会计处理是：事业大账，借记“其他应收款”科目，贷记“零余额”账户等；基建账，借记“建筑安装投资”等科目，贷记“其他应付款”科目，从而基建账上的“其他应付款”数据为应付学校大账的款项，要分析考虑内部往来情况，直接汇总数据并作抵销分录处理，将事业大账和基建账的资金往来抵消掉（例如：“其他应收款---基建拨款”科目与“其他应付款---基建拨款”科目相互抵销），从而保证合并以后的数据与实际相符。从高校新会计制度执行情况来看，基建并账过程中资产的调整、收支业务的调整、内部往来业务的调整存在执行不力的问题。
（三）事业支出细分，分摊难度大，会计核算可操作性较差
新高校会计制度规定高校“事业支出”科目被细分为五大类支出科目，包括教育事业支出、科研事业支出、行政事业支出、后勤保障支出、离退休支出。实践工作中费用支出分摊难度较大，会计核算工作细分化程度加大，例如工资就需要按照人员所在部门分摊，借记五大类支出科目，贷记“应付职工薪酬”科目。医疗费报销同样按照人员部门，借记五大类支出科目，贷记“银行存款”科目。高校资本性支出业务，例如购置设备，该设备可能涉及教学科研等多个部门的混合使用，很难具体细分费用类别，会计核算十分困难。新会计制度规定收支科目按政府收支分类细分财政补助支出和其他资金支出，支出又划分为基本支出和项目支出，在基本支出和项目支出下再设经济分类，同时按资金来源性质不同分类。在高校会计制度实际运行操作中，重复经济活动及大量经济业务，难以区分财政补助资金还是事业收入资金。
