随着社会政治经济的不断发展和完善，国家越来越重视医疗制度的改革。现阶段无论是医院的内部管理策略还是外部经营方案都发生了相应的改变。2012年新的医院财务会计制度的颁布实施就对医院的会计核算工作产生了重要的影响。怎样将新的财务会计制度有效应用到医院的会计核算工作中来，成了医院内部管理必须面对的一个挑战。新的财务会计制度充分考虑到了医院核算工作的方方面面，大大弥补了以往会计制度的不足。
一、现阶段医院会计核算中存在的问题
医院在成本核算的过程中，成本核算的方式及制度还有待完善，它忽视了成本核算的重要性，对成本核算整个过程控制不足，成本核算工作效率不高。同时，由于旧的财务制度的影响，医院的成本核算数据缺乏完整性。目前的成本核算工作主要是对医院的各项支出收入进行汇总、归档，单一地进行统计核算，致使医院的管理者不能事先地对各项成本开支的可行性以及科学性作出预先的判断和控制，只能通过会计核算统计的数据了解医院经费支出的最终状况和结果。
医院的财务管理方式及管理观念都相对落后。成本的核算都不是单独进行的，也没有按照费用和固定成本将会计科目加以分类，导致费用界限混淆不清。且财务管理部门工作人员的职业素养参差不齐，成本核算意识不强，内部管理的考核机制和监督机制也不够完善。在旧财务会计制度的影响下，医院费用的分摊主要采用间接分摊或者直接分摊的方式来进行，这就造成医院成本管理的明细不明，使得收支以及成本结余情况不能够准确地呈现。有些财务管理决定和方式还是以获取利益为目的，造成医院资产管理情况较为混乱。
二、新财务会计制度对医院会计核算的影响
（一）新财务会计制度促进医院会计核算工作不断完善
新财务会计制度充分考虑到了医院会计核算工作中的各个项目。针对会计核算的相关要求，树立公立医院的卫生公益性质，增加了公益核算的内容，考虑到了医院的公益支出；加入了债权和股权两个方面的投资核算；引入权责发生制，利用该项原则对医院的收入和支出进行调控，真实的反映医院的客观经营状况，在“财政应返还额度”资产类科目中，核算实行国库集中支付的医院应收财政下年度返还的资金额度；在固定资产的管理方面，规定对固定资产计提折旧要依据其寿命的长短等等。新财务会计制度对医院在实际经营中的相关问题也做出了预计，使医院的会计核算制度不断朝着规范化的方向发展。
新的财务会计制度要求医院在医药销售方面实行零差价销售策略，取消对药品售价与进价之间差价的核算，即取消“药品进销的差价”和“药品支出”等科目，不再对医院的购进药品进销加成。这将有效降低人民群众的负担，使广大人民能够看得起病、买得起药，在有效维护公立医院性质的同时，还要体现医院的综合能力，全方位的规划医院的收入与支出。同时，取消对总的药品账目的核算，将药品纳入库存物资科目进行核算。
新的财务会计制度要求医院科学的制定收支管理和相关分类。对医院收入、支出类会计项目作了相关的规定，医疗成本包含医疗与药品支出两个方面，医疗收入包含医疗与药品收入两个方面，将药品收支统一的纳入医疗费用之中。此外，新财务会计制度还增添了科研和教育两个核算科目，从而使医院的财务管理变得更加完善，也使医院的各个核算科目之间达到了一种相对平衡，使会计核算的数据信息变得更加真实可靠。
新的财务会计制度对医院净资产的核算也做出了相应的调整。新的核算制度增加了待冲基金科目，这是一个全新的核算科目，它包括待冲教育基金以及待冲财政基金两个具体方面，它不仅能够反映出相关的会计信息，而且还能够反映出科研教育、财政补助等方面的预算核算信息。
新的会计制度还加入了医疗风险基金核算的内容，要求将一部分的医疗收入预提用于医院的医疗事故赔偿工作。
（二）新财务会计制度使医院成本核算体系更加规范
新的财务会计制度对医院成本核算的对象做出了明确的界定，规定成本核算对象主要包含五个方面的内容：病种、科室、诊次、床日以及项目，对三级医院的成本核算对象做了特别的要求，要求三级医院必须将医疗服务等纳入核算范围内。
