一、征收国有土地上房屋应对土地使用权进行补偿的必要性
国务院 2011 年通过的《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十三条规定：房屋被依法征收的，国有土地使用权同时收回。但该《条例》未对征收中的土地使用权补偿作出明确规定，这使得实践中土地使用权人得不到应有的补偿。《国有土地上房屋征收评估办法》第十一条规定：被征收房屋价值是指被征收房屋及其占用范围内的土地使用权在正常交易情况下，由熟悉情况的交易双方以公平交易方式在评估时点自愿进行交易的金额，但不考虑被征收房屋租赁、抵押、查封等因素的影响。另外，国务院法制办《关于 2001 年1月1日以后实施的拆迁，货币补偿款中包括对土地使用权的补偿》文件中，虽然指出货币补偿中包括对土地使用权的补偿，却因为过于抽象和笼统，仍然得不到被征收人的认可。有的时候被征收人从城市中心的繁华地段迁移到郊区边远地段，丧失了周围的市场、学校、医院等良好生活环境，却得不到相应的地段差价补偿，致使被征收人往往拿到补偿款却买不起房子，因此心怀不满，纠纷不断，严重影响到社会的和谐稳定。
从征收的目的来看，应对国有土地上房屋占用的土地使用权给予补偿。房屋征收多是国家因城市建设发展的需要，在使用城市规划区内已经建有房屋及地上建筑物的土地时，经人民政府依法批准，由房屋征收部门对现有房屋及地上建筑物进行拆除，并依法对其所有权人及使用权人给予补偿的行为。显然，房屋征收的目的多数情况下在于取得其占用范围内的相应土地使用权。不难得出，如不对权利人的土地使用权给予补偿，是十分不合情理的。并且在实践中，虽然很多征收是为了公共利益，但也有不少的房屋征收所获取的土地使用权最终是由房地产开发商取得并进行开发营利。当由开发商进行开发营利的情形下，不对土地使用权人进行补偿显得尤为不合理。土地使用权的根本性质是一种用益物权，是私有财产权，具有一定的经济价值。因此，土地使用权不予补偿显然是对权利人的财产权的侵犯，也不利于维护市场经济所需要的公平与合理的竞争秩序。另外，有权利就要有救济，有损失就应有补偿，这是最基本的一条法律原则。既然法律赋予公民和组织享有土地使用权，就应对这种权利的行使提供充分的保障与救济，当土地使用权受到侵害时，法律应当给予补偿与保障。
二、对土地使用权进行补偿的制度设计原则
首先应在制度上区分房屋及其附属物下的土地使用权征收开发的性质，是属于公益性的还是商业性的。因为商业性征收开发的目的主要是基于经济利益和考虑，在性质上属于民事行为，就要按照市场经济的规律办理，要遵循公平、自愿和等价有偿的民事基本原则，实行公平交易与转让，要通过合同法和房地产法进行调整。对于教育与慈善事业、市政建设与环境绿化用地等社会公益事业建设而进行的征收，因其一方面此类建设多是国家发展公益事业，目的是为公众谋福利而进行，客观上也提高了城镇居民的生活水平与质量，使城镇居民从中受益，因此作为受益方的被征收人理应为此负担一定成本；另一方面也是因为政府的财力有限，无力提供与开发商同样的补偿标准，因此对开发的性质进行区分在当前是十分必要的。二是要看土地使用权取得的方式，区分划拨、出让与转让。权利人取得的土地使用权是由所有权衍生而来的，土地使用权的权益大小，主要决定于土地使用权取得的方式、土地使用权的面积、土地使用权的年限、土地的区位等各种因素。征收国有土地上房屋的行为实质就是政府收回土地使用权重新调整使用，而在上述因素中，土地使用权的取得方式才是决定因素。
在通过出让方式取得土地使用权时，土地使用权人向国家支付了相应的土地使用权出让金，自然就成为土地使用权财产权益的合法享有人。因此在出让方式中，征收土地使用权的补偿应归土地使用权人。此时土地使用权补偿标准要根据土地的用途、区位、基准价和剩余使用年限等因素，以评估方式进行确定。《房地产估价规范》作出了明确规定，依法征收房屋占用的以出让和转让方式取得的土地使用权，视为提前收回处理，应在征收房屋补偿估价中包括土地使用权的补偿估价。在通过划拨方式取得土地使用权时，由于土地使用权人没有向国家交纳相应的出让金，土地使用权人未经许可，不得进行出租、转让和抵押等经营活动。《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第四十七条规定：对划拨土地使用权人，政府可以无偿收回。但是，在征收通过划拨方式取得土地使用权时仍然可以对土地使用权人予以适当的补偿。有的在取得划拨土地使用权时并不都是无偿的，有的在取得土地使用权后都进行了相应开发利用，土地价值自然升高。因为通过划拨方式取得土地使用权的，用途只能是法律规定的公益事业，所以补偿私有房屋所有权人享有的划拨土地使用权时，应参照公益性征收的标准予以适当补偿。在通过转让方式取得土地使用权时，主要指的是城市私有房屋，要根据有关法律规定和立法精神，对这类土地使用权不能不加区分地视作划拨土地使用权，而应当对其中很大部分作为专用土地处理。因此，在征收中应当对这些房屋占用的土地使用权价值进行补偿，其中的土地区位差价，进行补偿的标准应按照市场价对待。
