动物学导论论文（知网范文8篇）之第七篇
摘要：冠状病毒(Coronavirus)在自然界中普遍存在,其宿主广泛,可感染哺乳动物和鸟类,是一种严重危害人类健康和畜牧业发展的病原微生物。本文主要介绍了已知动物冠状病毒的分类、基因组结构、常见的几种动物冠状病毒及其诊断与防治技术,并对动物冠状病毒与最新发现的新型冠状病毒SARS-CoV-2进行了比较,旨在更好的了解和认识冠状病毒及其危害,为防控冠状病毒引起的相关感染提供借鉴。
关键词：动物冠状病毒,SARS-CoV-2,动物学,防治
冠状病毒在分类上属于冠状病毒科，冠状病毒属，是一种有囊膜的单股正链RNA病毒，因其囊膜表面纤突规则地排列成皇冠状，故被命名为冠状病毒。冠状病毒（Coronavirus）在自然界中广泛存在，且极易发生基因重组和变异，导致新亚型或新的冠状病毒不断出现，危害极大。2019年底我国武汉多人出现不明原因肺炎，2020年1月疫情大规模爆发，目前肺炎疫情已蔓延至全球多个国家和地区，引起各界广泛关注。经测序鉴定发现引起肺炎的病原是一种新型的能感染人的冠状病毒，WHO在2020年2月11日将本次新型冠状病毒感染引起的肺炎命名为“COVID-19”(Corona Virus Disease 2019）；同时，国际病毒分类委员会将新型冠状病毒命名为“SARS-CoV-2”(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2）。纵观整个冠状病毒家族，其宿主广泛，主要感染哺乳动物和鸟类，动物为冠状病毒及其重组提供了持久的源泉；对病毒起源进行分析不难发现，很多“新”病毒其实是“旧”病毒打破了物种屏障，从一种动物感染到另一种动物，拥有了跨物种传播的能力。针对目前SARS-CoV-2流行的形势，本文主要对动物冠状病毒的分类、基因组结构、常见的动物冠状病毒及其诊断与防治方面进行综述，并对人与动物冠状病毒的特征进行简要比较，旨在更好的认识和了解动物冠状病毒与新型SARS-CoV-2。
1 冠状病毒的分类
根据遗传特性和血清学的差异，可将冠状病毒进一步分成四类：α冠状病毒（α-CoVs）、β冠状病毒（β-CoVs）、γ冠状病毒（γ-CoVs）和δ冠状病毒（δ-CoVs）。α和β冠状病毒主要宿主为哺乳动物，其中，α-CoVs主要包括人冠状病毒229E(HCoV-229E）、人冠状病毒NL63(HCoV-NL63）、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）、猪流行性腹泻冠状病毒（PEDV）、犬冠状病毒（Canine corona virus,CCoV）和猫冠状病毒（FeCoV）等。β冠状病毒主要包括人冠状病毒HKU1(HCoV-HKU1）、人冠状病毒OC43(HCoV-OC43）、严重急性呼吸综合征病毒（SARS-CoV）、中东呼吸综合征相关冠状病毒（MERS-CoV）、鼠肝炎病毒（MHV）、猪血凝性脑脊髓炎病毒（PHEV）等。γ冠状病毒主要宿主是鸟类，主要包括禽传染性支气管炎病毒（IBV）和火鸡蓝冠病病毒（TCoV）等。δ冠状病毒主要感染哺乳动物和鸟类，主要包括猪δ冠状病毒（PDCoV）、亚洲豹猫冠状病毒（ALCCoV）、野鸭冠状病毒（WiCoV）、鹅口疮冠状病毒（ThCoV）和麻雀冠状病毒（SPCoV）等。大部分冠状病毒只对禽畜有致病性，能感染人的冠状病毒主要集中在α和β属，其中又以β属对人的危害最大，近期爆发的SARS-CoV-2也属于β属冠状病毒。
2基因组结构
冠状病毒是目前发现的所有RNA病毒中基因组最大的病毒，大小在27-32 kb之间。整个冠状病毒家族的结构相似，其基因组5’端含有一个甲基化帽结构，3’端含有一个polyA尾。在基因组5’端包含一个复制酶基因ORF1ab，约占整个基因组的2/3，主要编码病毒的非结构蛋白（nsp）；其余1/3靠近3’端的基因主要编码病毒的结构蛋白。冠状病毒基因组被包裹在由核衣壳蛋白（nucleocapsid protein,N）形成的螺旋衣壳内，其外进一步被囊膜包装呈球状，表面有规则排列的纤突。囊膜由至少3种结构蛋白组成：纤突蛋白（Spike,S）、膜蛋白（Membrane,M）和包膜蛋白（Envelop,E）。S、M、E和N蛋白是产生一个完整病毒粒子结构所必须的四个病毒蛋白。另外还有一些β属冠状病毒编码一种与包膜相关的结构蛋白血凝素酯酶蛋白（hemagglutinin-esterase protein,HE）。基因组结构的差异是冠状病毒分成不同类群的依据，针对差异的基因结构设计检测试剂盒可以有效的鉴别不同的冠状病毒，例如目前获批的SARS-CoV-2检测试剂盒是针对特异性较高的ORF1ab、N蛋白和E蛋白区域设计的。
2.1 纤突蛋白（S)
S蛋白是冠状病毒结构蛋白中最大的蛋白，是一种伸出病毒囊膜16-21nm的球棒状跨膜糖蛋白[1]，主要作用是介导冠状病毒附着在宿主细胞表面受体上，使病毒和宿主细胞膜发生融合，促进病毒进入宿主细胞。S蛋白结构主要包括S1和S2两个亚基，S1主要参与病毒对宿主细胞的识别，S2主要负责介导膜融合。虽然S2亚基不主要参与与宿主细胞受体的结合，但S1和S2之间的相互作用可能协同决定病毒对宿主的嗜性[2,3]。蝙蝠冠状病毒HKU4与MERS-CoV的S蛋白能与人的细胞表面受体DPP4结合，但由于HKU4不能被人的相关蛋白酶激活，因此不能进入细胞质内；而MERS-CoV的S蛋白相对于HKU4包含两个突变，使其能被人的蛋白酶酶切，从而进入细胞；这种差异被认为可能是导致MERS-CoV成为人畜共患病的原因之一[4]。另外有人发现PEDV、TGEV、IBV、CCoV等多种冠状病毒S1蛋白的表达能够诱导细胞凋亡信号，导致细胞死亡[5]。这表明S1蛋白是阻断冠状病毒释放和传播的一个潜在靶点。
2.2 膜蛋白（M)
M蛋白是一种跨膜蛋白，在病毒粒子中含量最丰富，决定了病毒包膜的形状。它在CoV组装中扮演着的中心组织者的角色，与其它主要的结构蛋白相互作用。M蛋白之间的相互作用是形成包膜的主要驱动力，但仅靠M-M的作用力不足以形成病毒粒子[6];M蛋白与S蛋白之间的相互作用对于病毒粒子的组装并不是必须的，但对S蛋白运输到细胞内质网-高尔基体中间体（ERGIC）并掺入到新病毒中非常关键[7];M蛋白与N蛋白相互作用使核衣壳以及病毒粒子内部结构稳定，并促进了病毒的组装[7,8];M蛋白和E蛋白共同构成病毒包膜，它们的相互作用促进了病毒样颗粒（VLPs）的产生和释放[9]。一般认为，病毒与细胞的相互作用是由S蛋白介导的，但近期的一项研究显示，M蛋白在病毒早期感染入侵细胞阶段也发挥着重要作用：HCoV-NL63可通过M蛋白介导与粘附因子硫酸乙酰肝素蛋白多糖的相互作用入侵细胞，并且这种作用不依靠S蛋白[10]。
2.3 核衣壳蛋白（N)
N蛋白是一种磷酸化蛋白，主要作用是与病毒基因组结合形成核衣壳，保护基因组以确保病毒及时进行复制和扩散。在病毒组装过程中，N蛋白与M膜蛋白相互作用，对提高病毒在宿主中的转录和组装效率有重要作用。除此之外，N蛋白还通过病毒基因组5’和3’末端相互作用参与基因组环化和负链RNA的合成过程[11]。氨基酸序列分析发现，N蛋白具有三个不同的高度保守的结构域：N末端结构域（NTD/domain 1）、C末端结构域（CTD/domain 3）以及一个无序的连接区域（linker region,LKR）。有研究对IBV的N蛋白进行定点突变，发现NTD在RNA结合和病毒感染细胞过程中至关重要[12];CTD在α、β和γ属冠状病毒中的序列都较保守，这说明该结构域在不同冠状病毒的结构和功能上存在共性[13]。LKR将NTD和CTD分隔开，因其富含丝氨酸和精氨酸残基所以又被称为SR结构域（SR-domain），该结构域主要参与了细胞内的信号转导以及RNA结合过程[14]。
2.4 包膜蛋白（E)
E蛋白是病毒包膜的组成成分，在病毒粒子中含量较少，在复制周期中，E蛋白在宿主细胞内大量表达，但最终只有小部分被整合到病毒包膜中[15]。E蛋白在细胞内主要定位到内质网、高尔基体和ERGIC，参与CoV组装和出芽[16]。有研究表明，缺乏E蛋白的重组冠状病毒病毒滴度显着降低、病毒成熟过程受到阻碍，这说明E蛋白在病毒形成和成熟过程中起着重要作用[17,18]。
2.5 血凝素酯酶蛋白（HE)
在一些β冠状病毒中还存在着另一种结构蛋白——血凝素酯酶蛋白，分子量大小为120 kD-140 kD。氨基酸序列分析发现，冠状病毒HE蛋白与丙型流感同源，因此推测冠状病毒的HE蛋白是由基因组与丙型流感重组产生。目前对HE蛋白的研究较少，主要认为其在病毒吸附宿主细胞过程中起作用。HE蛋白作为血凝素能结合细胞表面的唾液酸，且具有乙酰酯酶活性，被认为可以促进S蛋白介导的病毒入侵和传播过程[19]。
3 几种重要的动物冠状病毒
动物冠状病毒的主要宿主是与人类生活息息相关的经济动物，包括猪、鸡、鸭、牛等，以及常见的宠物品种猫、狗等，因此了解动物冠状病毒的流行情况和基本特性有助于相关防控工作的开展，对人类生活健康发展有着积极意义。目前发现的动物冠状病毒存在较多重组变异，但一般都只对本自然宿主有致病性，对人不致病，且较少出现跨物种传播情况。
3.1 传染性支气管炎病毒（IBV)
冠状病毒最早于1937年由Beaudetie和Hadson在鸡身上分离出来，他们成功在鸡胚中培养了IBV。随后在加拿大、英国、意大利、比利时日本和印度等国家和地区都出现了IBV感染病例，对养鸡业造成了很大的损失；我国最早于1972年首次报道在广东分离出IBV毒株。在20世纪80年代前，由于使用了Mass型疫苗，我国对于IBV的防控效果比较理想，但在90年代后新基因型的IBV毒株不断出现，其中QX型毒株流行较为广泛。对我国西南地区8株QX型IBV进行序列分析发现，8株IBV存在抗原变异和致病性差异[20]。
IBV只感染禽类，鸡是IBV的主要自然宿主。感染IBV后会导致鸡传染性支气管炎（IB),1～4周龄的幼鸡极易感染且死亡高，感染IBV的雏鸡死亡率一般在25%到30%之间，但由于宿主、病毒或环境等因素的影响，死亡率可能会增加到80%；随着鸡年龄的增长，对IBV的抵抗力会逐渐增强。IB一年四季流行，在冬春季节感染较为严重；有研究表明，大部分IBV毒株在56℃、15分钟或45℃、90分钟条件下会失去感染力，在-30℃环境下可保持多年活性。
3.2 猪传染性胃肠炎病毒（TGEV)
TGEV最早于1946年在美国被报道并分离，随后欧亚多国都相继报道了TGEV的流行情况，而我国则是在1958年首次发现该病。目前TGEV已经成为全球性的猪群传染疾病，因其对养猪业造成极大危害，被世界动物卫生组织列入了B类传染病。1999年许井君等[21]人对大庆地区某猪场的TGEV流行病学调查发现，该病呈流行性发生，且几乎所有猪都发病，10日龄以内的仔猪死亡率极高，可达100%。贺会利等[22]人调查了2015-2017年广西地区规模化猪场主要病毒性传染病的流行情况，发现TGEV的阳性率为10.87%，且近三年感染率呈现上升趋势。
TGEV主要感染不同日龄和品种的猪，患病猪主要症状为呕吐、腹泻和脱水，2周龄以内的仔猪发病率和死亡率较高，同时也能感染猫、狗、狐狸等动物但不致病；感染后存活超过6至8天的仔猪可以恢复，但经常出现发育不良的情况，且这些恢复的猪可以将TGE传播到未感染的猪身上数周[23]。猪传染性胃炎（TGE）的发生和流行有明显的季节性特征，每年11月至次年4月发病率最高，夏季发病较少，这可能与TGEV不耐热但低温条件下较稳定的理化特性有关。
3.3 猪流行性腹泻病毒（PEDV)
目前对养猪业影响较大的冠状病毒病主要是PEDV和TGEV，特别是PEDV近年来在亚洲和欧美都造成了巨大的经济损失，2013-2015年美国每年因PEDV造成的损失为9-18亿美元。事实上，PEDV早在1978年就已经被鉴定出来，但之后几十年相关的病情逐渐减少。然而2010年PEDV又卷土重来，我国出现了PEDV的变异株并迅速在全国流行，所有年龄段的猪都受到PEDV的侵害，80%-100%的仔猪发病并造成了50%-90%的死亡率，对我国养猪业造成了巨大打击[24]。近年来的数据显示，PEDV也是我国猪腹泻病的主要病因。目前，PEDV基因II型中的高致病性流行变异株是我国优势毒株，而基因I型，如SD-M、AH-M、SQ2014和SC1402毒株出现较少[25]。
感染PEDV的猪群可导致猪流行性腹泻（PED），其临床症状与TGE相似，但PED在猪群中的传播速度较慢，一般在4-5周内传遍整个猪场。患病仔猪症状较严重且死亡率高，而成年猪大多无症状。PED的流行也有一定的季节性特征，其多发生在冬季，夏季也有一些报道。
3.4 猪δ冠状病毒（PDCoV)
PDCoV是2012年发现的一种新型动物冠状病毒，由Woo等人在香港发现。后续有研究收集了2007-2011年的猪临床样品，发现PDCoV的阳性率为10.1%[26]。在2004年的一份猪腹泻样品中检测到了PDCoV的病毒RNA[27]，这些证据说明PDCoV在我们发现之前就已经在猪群中存在了很长一段时间。2014年，美国俄亥俄州爆发了大规模的仔猪腹泻，造成了很大的经济损失，经鉴定发现主要是由PDCoV引起；同年，韩国和加拿大也首次在猪群中检测到了PDCoV。目前，PDCoV已经蔓延至世界多个国家和地区，对养殖业造成了极大的危害。
PDCoV主要感染各年龄段的猪，但在体外具有感染广泛物种来源细胞系的能力，可在鸡和小牛中增殖，另外在自然条件下，Egberink等人检测了137份猫血清，发现有2份样品呈PDCoV阳性[28]。与PEDV感染相似，PDCoV感染也会引起严重急性萎缩性肠炎，并伴有短时的病毒血症，导致猪群严重腹泻或呕吐，由此引起的脱水是哺乳仔猪的潜在死亡原因。宋亚兵等[29]人对春夏秋冬四季共420份猪腹泻样品进行检测，发现冬春两季PDCoV的阳性检出率较高，由此推测这两个季节是这一传染病的高发季节。
3.5 猪肠道a冠状病毒（PEAV)
近年来，新型动物冠状病毒不断出现在人们的视野中，2017年在我国广东某猪场又发现了一种新的冠状病毒——猪肠道α冠状病毒（PEAV)[30]，感染该病毒的新生仔猪出现水样腹泻、呕吐、脱水等症状，5日龄以下仔猪死亡率高达90%，但8日龄以上仔猪死亡率降至5%[31]。张帆帆等[25]人收集了广东、福建、江西、湖南、浙江2012-2018年的猪腹泻样本，发现仅在福建省2017年的样本中检测到了PEAV，阳性率为10.29%。对PEAV的序列进行分析，发现这种新型病毒与蝙蝠肠道冠状病毒HKU2的核苷酸同源性约为95%，但不与TGEV、PEDV和PDCoV产生抗体交叉反应。有研究通过Bayesian分析了PEAV的起源和进化历史，推测PEAV出现在约90年前，可能在猪群中已经存在了几十年[32]。PEAV与PEDV类似，两者都能引起新生仔猪腹泻症状并导致死亡，但PEAV临床发病时间较PEDV晚，死亡率稍低。
3.6 犬冠状病毒（CCoV)
CCoV是引起犬冠状病毒病的主要病原，犬作为人类最普遍的宠物种类之一，与人密切接触，因此研究CCoV对公共卫生健康有着重要的意义。CCoV最早由Binn等人于1974年首次报道，随后多个国家和地区都相继报道了该病毒的流行，我国则是在1985年由徐汉坤等人首次报道了CCoV的流行。根据S蛋白的氨基酸序列以及是否存在特异的ORF-3基因，CCoV分进一步为Ⅰ型（CCoV-Ⅰ）和Ⅱ型（CCoV-Ⅱ），不同地区两种血清型的流行情况不同，目前CCoV-Ⅱ是大部分地区的主要流行基因型，少部分地区流行CCoV-Ⅰ。Tomomi等人收集了日本2011年至2014年间101只犬的直肠拭子样本，发现CCoV感染犬标本中CCoV-Ⅰ和CCoV-Ⅱ的检出率分别为88.9%和7.4%[33]。在我国，CCoV-Ⅱ是主要流行基因型，王玉燕等人采集了2003至2004年81份健康犬的粪便样本，没有检测出CCoV-Ⅰ，CCoV-Ⅱ的检出率为86.4%[34];wang等人对东北地区2014至2015年的201份犬腹泻粪便进行检测，结果显示CCoV的阳性率为28.36%，阳性样本中CCoV-Ⅰ和CCoV-Ⅱ分别占15.79%和84.21%[35]。
CCoV的宿主范围较广，除了能够感染不同年龄品种的犬以外，还能感染猪、猫、大熊猫等动物。研究表明，在遗传学上CCoV-Ⅰ与FeCoV联系密切，而CCoV-Ⅱ则与TGEV的序列相似度高。感染CCoV的犬主要症状为急性胃肠炎，临床表现主要是呕吐、腹泻、厌食等，对我国养犬业危害较大。CCoV一年四季均可发生和流行，夏季相对少发。
4 诊断与防治
动物冠状病毒对我国畜禽业发展危害极大，动物感染病毒后主要引起不同严重程度的呼吸道、胃肠道、肝脏和神经系统等疾病[36]，严重损害经济动物的生产效率；且由于易重组变异以及常潜伏于动物体的特点，动物冠状病毒在一定程度上威胁着人类的健康发展，因此，做好对动物冠状病毒的诊断和防控是非常必要的。
在诊断病原方面，一般先根据疾病的流行特点以及患病动物的临床症状进行初步诊断，但部分冠状病毒，如TGEV、PEDV和PDCoV等猪肠道冠状病毒感染引起的临床症状非常相似且存在混合感染，因此需要进行进一步的实验室检测对病毒进行鉴定。动物冠状病毒实验室检测方法主要采用抗原检测和抗体检测相结合的方法。传统抗原检测方法是将待检病毒分离出来后在细胞中进行培养，通过观察细胞生长状况判断病毒种类，诊断疾病；但是这种方法耗时长效率不高，加上部分冠状病毒分离困难，可能会延误疾病的防控，因此还需要结合其他方法进行检测。有条件的实验室可以使用电镜直接观察病毒粒子形态进行判断，这种方法较为便捷快速，但由于待检样品中可能存在和冠状病毒类似的粒子，因此需要进一步进行免疫电镜检测；另外若样品中的病毒粒子含量较少也会影响电镜观察的检出率。血清学检测主要包括病毒中和试验和间接酶联免疫吸附试验（ELISA）方法。前者主要利用已知特异性抗体检测未知病毒，能较快速检出病原体且能区分病毒的血清型，但缺点是抗体较昂贵，不利于较大规模的诊断工作；而ELISA方法相对经济成本低，且操作简便，反应更灵敏，更适用于现场检测以及疫苗接种或接触后监测抗体反应。另外，近年来分子生物学发展迅速，分子检测技术也在动物冠状病毒诊断中得到应用。常用分子检测方法有RT-PCR、巢式RT-PCR、实时荧光定量PCR、限制性片段长度多态性（RFLP）和基因组测序等，由于该技术高灵敏度和高时效的特点，这种方法几乎取代了传统血清学和病毒培养方法。但是若病毒RNA难以提取或已经降解时，就需要使用血清学检测进行诊断。
在动物冠状病毒病的治疗方面，目前市面上的药物疗效有限。新的药物开发主要基于以下几个方向：阻断病毒入侵宿主细胞、抑制病毒在宿主细胞内的增殖以及提高宿主的抗病毒能力等。Sirin等人针对FIPV的3CL蛋白酶研发了几种化合物，发现化合物毛壳色菌素，粘酸和stubomycin具有抗病毒活性，抑制了FIPV的复制[37]。干扰素是机体抵抗病毒产生天然免疫反应中重要的调节因子，具有广谱抗病毒和免疫调节的作用。赵永旭等人在初生仔猪临床防治的实验中发现，口服rIFN-α对PED有较好的防治效果，仔猪存活率达50%-70%，母猪和仔猪联合使用优于单独使用，但是对严重病例的治疗效果不佳[38]。另外还有一些RNA干扰剂、蛋白抑制剂、自噬诱导剂等也是抗冠状病毒药物研究的热点，未来相信会有更多的作用靶点被发现。
另一方面，考虑到动物冠状病毒感染情况和致病性的特点以及经济动物效益的因素，目前对这种病毒的控制是以防为主，防大于治。疫苗接种是预防和控制动物冠状病毒病最为有效的手段。目前的疫苗主要包括灭活疫苗、弱毒疫苗和基因工程疫苗等，前两者是当前应用最广泛的两种。灭活苗相对安全但免疫效果较差；而弱毒苗免疫原性好，免疫时期长，一般认为弱毒疫苗是针对冠状病毒最有效的疫苗。然而弱毒苗也存在一些安全问题，比如毒力返强和散毒的风险。有研究表明，针对FIPV接种S蛋白疫苗会使病情加重[39]。另外，基因重组的倾向性可能使病毒在野外的进化和多样性增加。为了减少重组的可能性，疫苗研发策略在不断改进。有人提出对病毒非结构蛋白nsp1和E蛋白进行大量突变，重新排列基因组的3'端，修改转录调控序列，或者使用突变率高的突变毒株来显着降低病毒毒力[7]。除此之外，加强动物饲养管理也是做好冠状病毒防控工作的重要一环。例如对畜禽进行合理密度养殖，及时清理粪便或其他污染物，对使用的器械水源等进行规律性杀菌或消毒，保持养殖环境的干净、通风、整洁，对出现患病或死亡的动物及时隔离或扑灭；这些措施都能有效降低病毒感染率。
5 SARS-CoV-2与动物冠状病毒
2020年1月30日，WHO宣布将新型冠状病毒肺炎疫情列入国际关注的突发公共卫生事件。截止2020年2月26日，本次SARS-CoV-2疫情已经在全球范围内造成7万多人感染，超过2700人死亡（编者注：截止2020年3月28日，全球确诊感染累计超过65万人，死亡人数超过3万，约一个月时间增加了将近10倍），严重威胁全球公共卫生健康。对于SARS-CoV-2的来源，由于其引起的肺炎症状与SARS-CoV相似，因此最初人们将两者进行了比较。目前的相关研究结果显示，SARS-CoV-2与SARS-CoV的基因组相似度约为79.5%[40]，两者都属于SARS相关冠状病毒，但SARS-CoV-2与SARS-CoV是两个不同的病毒，SARS-CoV-2不是由SARS-CoV的进化或者变异而来，他们是属于平行的关系；在病毒的传播能力上SARS-CoV-2比SARS-CoV强，但毒力与SARS-CoV相比较弱。
除了研究与SARS-CoV的相似度，科研人员在SARS-CoV-2与其他动物冠状病毒的亲缘关系上也做了一些研究：王楷宬等人基于冠状病毒的1ab基因保守区域对SARS-CoV-2与已知的禽源冠状病毒的亲缘关系进行研究，发现两者的亲缘关系较远，可初步排除SARS-CoV-2来源于家禽冠状病毒的可能[41]；中国动物卫生与流行病学中心对SARS-CoV-2与同为β冠状病毒属的猪源冠状病毒PHEV进行了基于全基因组的遗传进化分析，结果表明两者的核苷酸同源性仅为54%[42]；另外，本实验室对SARS-CoV-2与PEDV＿CV777、PEAV＿GDS04＿P12、PDCoV/CHGD/2016、TGEV＿Miller＿M6等猪源冠状病毒的序列进行分析，发现两者的基因组相似度在66.6%-68.6%，与CCoV＿CB/05的序列进行比对，相似度为68.5%，说明这些冠状病毒与SARS-CoV-2的亲缘关系都较远，因此也可初步排除SARS-CoV-2来源于猪或犬冠状病毒的可能。中科院武汉病毒研究所等团队对SARS-CoV-2与其他蝙蝠冠状病毒的序列进行了分析，发现SARS-CoV-2与蝙蝠冠状病毒RaTG13的全基因组序列高度相似，其一致性为96.2%[40]；而在另一项溯源研究中也显示SARS-CoV-2与蝙蝠SARS-like CoV平行进化，且相比于SARS-CoV,SARS-CoV-2与蝙蝠冠状病毒存在着更密切的亲缘关系[43]。
目前的溯源工作还在进行中。由于武汉早期的肺炎患者大部分有华南海鲜市场接触史，相关人员对该地区的585份样本进行了检测，结果发现有33份样品是SARS-CoV-2核酸阳性，且93.9%的阳性样本来自存在野生动物交易的综合市场区，因此起初推测本次SARS-CoV-2很可能来源于野生动物。然而，中国科学院西双版纳热带植物园在ChinaXiv预发布平台发表了一篇题为“Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using the whole genomic data”的研究论文（http：//www.chinaxiv.org/abs/202002.00033），其结果显示华南海鲜市场并非病毒的发源地，SARS-CoV-2可能是其它地方传入，这一结果为寻找病毒的来源以及其可能的中间宿主提供了新的思路。
6展望
近年来，不断有新亚型或新的冠状病毒出现在公众视野中，并且常伴随较大范围的病情危害。当前SARS-COV-2肺炎疫情已经严重危害到中国乃至世界的发展，造成了巨大的损失。相关的溯源研究显示该病毒可能来源于动物或潜伏在动物体内，这使人们开始重新评估其他动物冠状病毒对人类的潜在危害性。事实上，目前的研究显示人类生活中常见动物冠状病毒对人类健康的危害不大，不必过于担心；而对于极有可能是SARS-CoV-2宿主的野生动物，人们则应该避免接触。另一方面，由于动物在冠状病毒传播过程中是其中一个极其重要的生物条件，因此在相关疾病防控中动物是重点措施对象。做好动物冠状病毒的防控工作不仅是畜禽业正常发展的保证，也是维护人类健康的需要。随着各种生物技术的发展与应用，我们对冠状病毒各方面的情况都有了更深一步的认识，这让我们能够更好的了解其致病机理并制定出有效的治疗方案，也为今后处理相关的疾病事件提供了理论支持。
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