在反腐败斗争深入开展的今天，经济责任审计论文越来越重要，可总的说来我国经济责任审计工作开展的时间还不长，再者没有国外可借鉴的经验，因此还存在很多的难题。具体表现在：
一、责任界定难
当前审计发现的很多经济大案，发现很多问题，但法人代表却一无所知。那么，这个里面应该是有责任的，应不应该追究领导的责任？领导负什么责任？如果追究，追到哪一层的领导？如何追究？是经济责任审计的一大难题。表现在三个方面：一是前任责任和后任责任划分不清，究其原因主要有：一是有些领导人在任职初期，财务状况未经审计确认，未办理一定的交接手续；二是在干部上任时，上级主管部门没有规定明确的任期经营目标，使审查经营成果和业绩没有量化指标依据，导致责任划分的模糊；三是经营和经济活动具有连续性的特点，前任遗留的问题往往对后任产生较大的影响。四是直接责任与主管责任难以区分。长期以来，我国对干部的管理，特别是对行政、事业单位领导干部的管理缺乏明确而具体的职责要求，一个单位的领导干部究竟称职不称职，谁也说不清。五是集体决策和个人决策分界模糊。重大的经济决策由集体讨论通过，一旦出现违纪违规行为，就很难划分是谁的责任更大些，以至于不能明确谁需担当责任。
二、控制风险难
在经济责任审计中，容易出现对审计事项处理不准，定性不准的问题，给审计机关造成损失。原因包括外部风险和内部风险。外部风险主要有①经济责任审计相关法律法规不健全、不完善，相对滞后，使审计的法律依据不足。②经济责任审计的当事人一般都是权力的领导者，他们多年编织的“权力网”、“感情网”在经济责任审计中会从四面八方向审计人员和审计机关网来，软磨硬缠、利诱威胁、明点暗示，无所不能，使审计人员和审计机关的原则性、独立性和责任心受到严峻的挑战。内部风险存在于①“就账查账”
模式依然是现行的审计方法；②审计力量不能满足当前经济责任审计工作的需求。我国的现代经济责任审计是在改革开放之后才真正发展起来的，起步较晚，时间短。经济责任审计涉及的内容很广，包括了财务、审计、管理、投资、法律等多方面的知识，因此，只具备审计专业知识，已难以应付繁重的审计工作。从全国来看，经济责任审计大体上占县级审计机关项目总量的50%至60%，有的县级审计机关甚至占总工作量的70%以上。在机构改革中精简机构和人员，能增加审计人员的单位比较少，而且据不完全统计，许多地区的审计机关审计人员的精简比例仍高于25%。再者，国家关于经济责任审计的统一法规已制定完成，并自2005年1月1日起正式实施，全国各级审计机关的经济责任审计范围将从县级领导干部扩大至地厅级干部。经济责任审计范围扩大后，审计力量一定时期内的缺乏成了更加棘手的问题。
三、对策
1.合理界定经济责任
经济责任界定应遵循“实事求是、客观公正”原则，把责权相挂钩，从经济责任的性质、责任、大小、范围等多方面去把握经济责任的界线。
2.规避外部审计风险
经济责任审计是一项新的审计监督形式。要建立和健全与之相配套的法律法规，使经济责任审计有章可循，有法可依，使经济责任审计工作程序化、规范化、标准化、制度化。涉及到人时，要严格遵守保密制度和回避制度，切实履行审计程序。同时，要争取群众的支持和参与，抓住审计重点，保证审计质量。
3.建立档案，完善机制
对被审计对象进行动态的纵向比较和横向比较，为纪检、组织部门考察干部，为上级党组织选人用人提供准确的依据。由此，要建立经济责任审计档案，把每一次审计资料整理成册，编上卷号，以供随时查阅，使之成为党政领导干部管理信息库的重要组成部分。
4.坚持先审后离
经济责任审计的一系列过程最终归结到审计成果的运用，运用的好坏是经济责任审计的关键。我们应把离任审计向任前、任中发展，把好三个关：一是任前“选贤关”。对拟提拔干部进行审计，使廉洁勤政、政绩突出的得到肯定并受重用，使政绩平庸者受到促进和鞭策，使违法违纪者受到惩处。二是“警示关”。结合干部的日常管理监督和年度考核，尤其是对群众反映强烈的领导班子和领导干部，有重点地进行审计，使有问题的干部得到及时处理或诫勉，使没有问题的干部得到澄清或防范。三是离任“交接关”。对离任干部进行审计，使走者清楚，使接者明白。上一任的问题，对下一任也是警示，防止了离开的一走了之，避免了新官不理旧账。
综上所述，在改革开放攻坚发展的关键时期，党风廉政建设和反腐败斗争正面临新形势和新任务，加强对干部的管理和监督，促进干部廉洁自律，正确履行职责显得尤为重要。因此，作为中国执政党对干部监督管理而产生的具有中国特色的经济责任审计在新的时期更显示出了重要地位，它是客观现实的需要，也是审计发展的必然。在遵循“积极稳妥、量力而行、提高质量、防范风险”的原则下，完善我国的审计法律、法规，使经济责任审计有法可依，同时扩大审计覆盖面，提高审计对象级别，在审计方式上有所增加和创新，做出正确的评价，并将成果透明化，很好地进行运用，使经济责任审计真正成为保护国家财产、保护群众利益的有效工具。
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