1.2.3 逐步发展期（2003年-2008年）
改革开放30年以来,随着经济的迅速发展,我国克服了粮食供应不足的困难,粮食的总产量和消费量逐年增长,基本解决了温饱问题.虽然2003年以前食品安全行政检查制度的运行存在诸多不足，但是“20世纪90年代初至21世纪初中国食品安全状况确实得到了长足的改善,但是从2002年开始,中国的食品安全状况出现明显下滑的趋势.”①食品安全事件开始频频发生,所以人们更加关注食品安全问题.2003年3月10日,十届全国人大一次会议第三次全体会议通过了“关于国务院机构改革方案的决定.”在此次国务院第五次机构改革中,在原有的国家药品监督管理局的基础上组建了国家食品药品监督管理局。国家食品药品监督管理局在以往主要对药品安全管理进行综合监督的基础上,对食品、保健品的安全管理也进行综合监督。此外,第五次机构改革中又新组建了商务部,对流通领域的食品安全进行宏观管理,同时负责食品安全行政检查协调机制的建设。国务院第五次机构改革中的上述作法，标志着我国食品安全行政检查制度进入了一个新的发展阶段，即我国食品安全检查体制从多部门具体检查为主转向以综合协调和具体检查并进的体制。从此,我国政府重视食品安全行政检查的程度也不断增强.
2003年7月，国务院制定了定期开展食品药品安全专项检查工作的方案.从2003年开始开展的食品安全专项检查工作主要围绕着重点环节、重点食品、重点行业以及重点区域展开。其中重点环节指的食品源头、生产、加工以及消费环节.
重点食品主要是消费者食用率最高的粮食、蔬菜、水果、肉类、水产品以及豆制品。重点行业指的是小作坊、小摊点.重点区域指的是城乡结合部和农村.通过一系列有针对性的食品安全专项检查工作，查处了一大批食品安全违法行为,进一步规范了食品行业的秩序,有力地保护了消费者的合法权益.2004年9月1日，国务院发布了《国务院关于进一步加强食品安全工作的决定》。决定中再次明确对涉及食品安全行政检查部门的职能分工作出调整.决定第3条第1项指出,“进一步理顺有关监管部门的职责.按照一个监管环节由一个部门监管的原则，采取分段监管为主、品种监管为辅的方式,进一步理顺食品安全监管职能,明确责任.
农业部门负责初级农产品生产环节的监管；质检部门负责食品生产加工环节的监管，将现由卫生部门承担的食品生产加工环节的卫生监管职责划归质检部门;工商部门负责食品流通环节的监管;卫生部门负责餐饮业和食堂等消费环节的监管；食品药品监管部门负责对食品安全的综合监督、组织协调和依法组织查处重大事故.按照责权一致的原则,建立食品安全监管责任制和责任追究制.具体由中央编办会同有关部门组织落实。这次职责调整任务繁重,各有关部门要从大局出发,认真细致地做好各项准备工作,确保2005年1月1日顺利实施.农业、发展改革和商务等部门按照各自职责,做好种植养殖、食品加工、流通、消费环节的行业管理工作.”根据上述决定，我国从2005年1月1日开始实施食品安全分段监管的体制.从此，食品安全行政检查开始逐步采取“以分段检查为主、以品种检查为辅”的体制.
为了保障行政机关发布的食品安全信息的及时、客观和准确，实现不同食品安全行政机关之间信息的共享，有效解决食品安全问题，保护公众的利益，2004年11月22日，国家食品药品监督管理局等8个部门联合发布了《食品安全监管信息发布暂行管理办法》.此办法第2条规定:“国家食品药品监督管理局和国务院其他有关部门在各自职责范围内发布食品安全监管信息适用本办法.”
在这一时期,中央一级的食品安全行政机关结合本部门的食品安全检查职责，制定和颁布了一系列部门规章.其中最值得一提的是国家质量监督检验检疫总局.从2003年4月开始国家质量监督检验检疫总局发布了一系列关于食品安全检验及检查方面的部门规章.这些部门规章主要是2003年4月发布的《进境水生动物检验检疫管理办法》、2003年7月发布的《食品生产加工企业质量安全监督管理办法》、2004年5月发布的《进出境转基因产品检验检疫管理办法》、2004年6月1日发布的《食品安全规制体系要求》、《食品安全规制体系审核指南》、2005年1月发布的《进境水果检验检疫监督管理办法》、2005年5月发布的《定量包装商品计量监督管理办法》、2005年9月1日发布的《食品生产加工企业质量安全监督管理实施细则（试行）》。这一实施细则中主要规定了质量技术监督部门应对食品生产加工企业的食品质量安全进行检验和监督检查.2005年8月，国务院公布了《进出口商品检验法实施条例》.2006年4月29日，第十届全国人民代表大会常务委员会第二十一次会议通过了《农产品质量安全法》.
2006年2月27日，我国公布了《国家重大食品安全事故应急预案》。该预案指出,“卫生、工商、质检、农业、商务、海关、环保、教育等部门应当按照各自职责,加强对重点品种、重点环节、重点场所,尤其是高风险食品种植、养殖、生产、加工、包装、贮藏、经营、消费等环节的食品安全日常监管.”2007年7月26日,国务院颁布并实施了《国务院关于加强食品等产品安全监督管理的特别规定》。该规定第15条规定了行政机关的产品安全监督管理职责.2006年12月26日，卫生部公布了《新资源食品管理办法》,并于2007年12月起实施,卫生部于1990年7月28日和2002年4月8日发布的《新资源食品卫生管理办法》和《转基因食品卫生管理办法》同时废止.《新资源食品管理办法》在第五章“卫生监督”章节中规定,县级以上人民政府卫生行政部门应加强对新资源食品的生产经营和使用情况以及对监督抽查和日常卫生监督管理.此外，还应对新资源食品食用安全信息收集报告情况进行检查.
尽管我国政府已经开始逐步重视食品安全,也采取了诸多措施,但是这一时期一般或重大食品安全事件仍然频频发生.2008年我国发生了震惊世界的“三鹿奶粉事件”,在三鹿奶粉中检测出非法食品添加物“三聚氰胺”.该事件被我国确定为重大食品安全事件。“据卫生部统计,三鹿毒奶粉事件受害婴幼儿近30万人,6名婴幼儿死亡.”①这一事件对中国食品信誉带来了恶劣的影响,也使公众对政府的食品安全监管能力产生质疑，迫使我国政府不得不采取一系列措施进一步加强食品安全监管特别是食品安全检查.我国政府在最短的时间内应对了“三鹿奶粉事件”,使患儿得到了相应的赔偿,并使三鹿集团的相关责任人员也得到了应有的刑事处罚.
“三鹿奶粉事件”的发生促使了一系列关于乳制品安全检查以及其他食品安全检查的法律法规、其他行政规范性文件以及政策的出台.为了进一步加强食品安全监管,保护消费者的身体健康和生命安全,2007年8月27日,国家质量监督检验检疫总局公布实施了《食品召回管理规定》.此规定第一次较全面、系统地规定了食品召回制度。此规定中涉及的食品安全检查主要是对食品生产者主动召回、质监部门责令召回的进展情况和食品召回后的处理过程的监督检查。中国工业和信息化部于2008年9月18日发出了《关于立即开展对三聚氰胺生产、销售和使用情况进行检查的通知》，通知的第2条指出:“本次检查的重点,一是尽快查明三聚氰胺生产企业的详细情况,包括企业名称、地址、从业人员、2007年和2008年1~8月经营状况,三聚氰胺产品产能、产量、品种规格等；二是彻底查清企业已生产产品的销售去向，包括销售地区、数量、主要用户等，特别是向食品和饲料生产企业销售情况.对装备水平低、管理落后、销售混乱的企业,要重点进行清查;三是迅速组织对乳制品、饲料生产企业产品质量安全状况的摸底调查.通过产品抽查、企业自查等形式,掌握企业在原料收购、生产加工、产品销售环节使用三聚氰胺的情况.”此通知下达后,各地的工业主管部门与质检、工商、卫生等部门迅速展开了行政检查.检查中发现“乳制品加工企业在原料奶收购和产成品出厂环节均未建立对三聚氰胺的检测制度,产品全过程质量控制存在漏洞.”此后,根据检查中发现的问题和不足,制定和实施了一系列相应的条例和规定。如国务院制定的《乳制品质量安全监督管理条例》于2008年10月6日开始实施.此外,“三鹿奶粉事件”的发生,使包括食品在内的产品免检制度暴露出严重的弊端.因为免检制度,一些知名企业生产加工的食品不必接受行政机关的检查，只能接受公众监督，而公众又很难识别其食品安全.因而如果这些企业不注重自我检查,就很难保证其生产加工食品的安全性,这时免检制度就失去了存在的意义.因此，2008年9月18日,国家质量技术检验检疫总局公布了《关于废止<产品免于质量监督检查管理办法>的决定》，取消了包括食品在内的产品免检制度.免检制度的取消，提升了行政检查在食品安全领域的重要地位,促使行政机关进一步加强对食品安全的检查.
总之,这一时期我国政府开始高度重视食品安全问题,并颁布了一系列涉及食品安全行政检查的法律规范,也确立了以“分段检查为主、品种检查为辅”的食品安全行政检查体制，但是整个食品安全行政检查制度的建设仍不规范，仍有待于进一步完善.
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